Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont étudié la protection conférée par une infection antérieure par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) pour prévenir la réinfection par les sous-variants BA.4 ou BA.5 Omicron chez les résidents du Qatar.
Sommaire
Arrière plan
Les sous-variantes Omicron BA.4 et BA.5 (B.1.1.529) ont été détectées pour la première fois au Qatar début mai 2022 et sont devenues prédominantes le 8 juin 2022. Les deux sous-variantes ont provoqué une augmentation des réinfections en raison de leur capacité substantielle à échapper aux anticorps neutralisants. provoquée en réponse à une infection naturelle et à la vaccination contre la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). Des études antérieures ont également utilisé avec succès la méthodologie test-négative récemment développée pour déterminer les PE du SRAS-CoV-2.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont adopté une méthodologie de test négatif similaire et une conception d’étude cas-témoins pour déterminer l’efficacité des infections précédentes dans la prévention des réinfections Omicron BA.4 ou BA.5. Les chercheurs ont en outre classé les infections antérieures comme pré-Omicron contre Omicron pour l’estimation des EP, en fonction de la date du début de la vague Omicron au Qatar, c’est-à-dire le 19 décembre 2021. Ils ont évalué et analysé les données intégrées d’information numérique sur la santé du Qatar. à partir du 5 janvier 2022.
Les données comprenaient des informations sur chaque réaction en chaîne par transcriptase inverse-polymérase (RT-PCR) et test antigénique rapide (RAT), le statut vaccinal, les détails de l’infection clinique, les enregistrements d’hospitalisation et de décès, ainsi que les informations démographiques associées depuis le début de la pandémie. Les chercheurs ont apparié les groupes de test et de contrôle dans un rapport de 1: 5 selon le sexe, le groupe d’âge de 10 ans, la nationalité, le nombre de comorbidités, les tests de laboratoire, la raison du test et la méthode de test (PCR ou RAT). Alors que l’équipe a examiné tous les enregistrements des tests du SRAS-CoV-2 pour les groupes de test et de contrôle, elle n’a finalement analysé que les échantillons appariés.
Ils ont adopté deux méthodes pour les évaluations de l’étude. Tout d’abord, ils ont estimé l’efficacité de l’infection précédente dans la prévention de la réinfection (PE) à l’aide du test de défaillance de la cible du gène SARS-CoV-2 spike (S) (SGTF), qui sert de proxy pour les infections BA.4/BA.5 , entre le 7 mai 2022 et le 4 juillet 2022. Ils ont également évalué tous les diagnostics d’infection BA.4/BA.5 entre le 8 juin 2022 et le 4 juillet 2022, lorsque ces sous-variantes dominaient l’incidence des cas au Qatar, pour déterminer les EP .
Notamment, l’EP est la réduction fractionnaire de la susceptibilité à contracter une infection par le SRAS-CoV-2 parmi les personnes précédemment infectées par rapport à celles qui ne l’étaient pas. Pour les sujets testés, l’équipe n’a inclus que le premier test positif au SARS-CoV-2 survenu au cours de la période d’étude, mais tous les tests négatifs au SARS-CoV-2 et vice-versa pour le groupe témoin. Dans certains cas, la positivité prolongée de la RT-PCR classe mal la réinfection. Par conséquent, les chercheurs ont considéré une infection documentée ≥ 90 jours après une infection antérieure comme une réinfection par le SRAS-CoV-2. De plus, ils ont inclus tous les témoins appariés qui répondaient aux critères d’inclusion afin de minimiser les différents types de biais potentiels.
L’équipe a utilisé des distributions de fréquence et des mesures de tendance centrale pour décrire les cas et les témoins. Pour les comparaisons de groupe, ils ont déployé des différences moyennes standardisées, qui indiquaient la différence de la moyenne d’une covariable entre les groupes divisée par l’écart type regroupé. Ses valeurs <0,1 indiquaient une correspondance optimale. L'équipe a calculé les PE comme un moins le rapport entre la probabilité de l'infection précédente dans les tests positifs au SRAS-CoV-2 et la probabilité d'une infection antérieure chez les témoins. En outre, ils ont utilisé la régression logistique conditionnelle pour calculer les rapports de cotes (OR) et les intervalles de confiance (IC) à 95 % associés. Enfin, ils ont effectué des analyses de sensibilité pour valider les résultats de l'étude tenant compte du statut vaccinal.
Résultats de l’étude
L’équipe a séquencé le génome entier de 82 échantillons positifs au SARS-CoV-2 prélevés au hasard entre le 28 mai 2022 et le 10 juin 2022. Dans ces échantillons, Omicron BA.1, BA.2, BA.4 et BA. 5 ont causé des infections dans 1,2 %, 46,3 %, 11 % et 41,5 % des cas, respectivement. De plus, ils ont séquencé 93 autres échantillons aléatoires positifs pour le SRAS-CoV-2 avec des valeurs de seuil de cycle RT-PCR (Ct) ≤ 25 entre le 5 juin 2022 et le 25 juin 2022. Les résultats ont montré qu’Omicron BA.1, BA. 2, BA.4 et BA.5 ont provoqué des infections dans 4,3 %, 20,4 %, 7,5 % et 67,7 % des cas, respectivement. Pour la durée de l’étude, les résultats du SGTF pour 84 autres échantillons aléatoires positifs pour le SRAS-CoV-2 ont montré que 96,4 % et 3,6 % des infections étaient dues à BA.4/BA.5 et BA.1, respectivement.
Une précédente infection pré-Omicron offrait une protection efficace de 15,1 % contre la réinfection symptomatique BA.4/BA.5, alors qu’elle augmentait à 28,3 % pour les réinfections BA.4/BA.5, quels que soient les symptômes. Une infection antérieure par Omicron conférait une protection plus élevée contre la réinfection BA.4/BA.5 qu’une infection pré-Omicron. En conséquence, son efficacité était de 76,1 % et de 79,7 % contre les réinfections symptomatiques et toute réinfection BA.4/BA.5, respectivement. Les sous-variantes Omicron BA.4/BA.5 présentent un potentiel plus élevé pour échapper à l’immunité que BA.1/BA.2. Ainsi, une infection antérieure conférant une protection était plus faible contre BA.4/BA.5 que contre BA.1/BA.2.
conclusion
La conception test-négative de l’étude actuelle a garanti que la mauvaise classification du statut d’infection antérieur avait un impact minimal sur les EP estimées. De plus, étant mise en œuvre sur la population totale du Qatar, l’étude avait une probabilité minimale de biais. Dans l’ensemble, conformément aux résultats précédents, il a démontré qu’une infection antérieure due aux sous-variants Omicron BA.1/BA.2 conférait une forte immunité contre la réinfection ultérieure par BA.4/BA.5.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
