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Pourriez-vous commencer par nous donner un aperçu de la nouvelle application CellDrop et de son importance dans le domaine de l’analyse des hépatocytes ?
L'application Hepatocyte de la dernière version du logiciel CellDrop est le premier algorithme de comptage automatique de cellules conçu spécifiquement pour compter les hépatocytes (cellules hépatiques). Il s'agit également de la première application de comptage de cellules de DeNovix développée à l'aide d'algorithmes d'apprentissage automatique.
De plus, il est important de noter que le CellDrop ne contient pas de consommable tel qu'une lame ou une cartouche jetable. Cela élimine un coût important lié au comptage des cellules et réduit la quantité de plastique consommée en laboratoire.
Quels sont les principaux défis du comptage automatique des hépatocytes et comment l’application d’hépatocytes CellDrop résout-elle ces problèmes ?
Le comptage des hépatocytes à l'aide de compteurs de cellules automatisés présente des défis considérables. Ces cellules sont non seulement grandes et de forme irrégulière, mais elles peuvent également présenter une autofluorescence et contenir plusieurs noyaux. De plus, les échantillons d'hépatocytes comprennent souvent d'autres types de cellules, tels que des lymphocytes et des érythrocytes, ce qui complique le processus de comptage.
Ces facteurs compliquent considérablement les algorithmes utilisés par les compteurs de cellules basés sur l’image, même les plus avancés, ce qui rend difficile la différenciation des cellules individuelles des amas ou l’identification des cellules d’intérêt au milieu des débris. Avec l’application CellDrop Hepatocyte, nous avons travaillé avec des experts du domaine et avons formé un algorithme d’apprentissage automatique pour compter les hépatocytes comme ils le feraient sur un microscope en utilisant du bleu trypan.
Ensuite, nous avons ajouté les capacités de fluorescence à double canal du CellDrop à l'algorithme pour mieux distinguer les cellules vivantes des cellules mortes et les débris des cellules.
Comment les performances de l'application CellDrop se comparent-elles aux méthodes traditionnelles de comptage des hépatocytes en termes de rapidité, de précision et de fiabilité ?
La vitesse de comptage de l'application Hepatocyte est beaucoup plus rapide que celle d'un humain, et la zone comptée est environ 3,5 fois plus grande que celle qu'un hémocytomètre manuel compterait, ce qui donne un échantillon plus grand et, par conséquent, plus représentatif, mais je pense que le principal avantage est la cohérence.
La façon dont je compte les cellules peut être légèrement différente de la façon dont vous comptez les cellules ou même la façon dont je compte les cellules le vendredi après-midi peut être légèrement différente de la façon dont je les aurais comptées le mardi matin. L'application Hepatocyte élimine tout cela et normalise les comptages entre les personnes et les laboratoires.
Légende : Hépatocytes morts (entourés en rouge), hépatocytes vivants (entourés en vert), lymphocytes (entourés en bleu), noyaux libres (entourés en jaune), cellules non nucléées/débris (entourés en gris). Crédit image : DeNovix
Pourriez-vous discuter des applications potentielles de l’application dans la découverte de médicaments, la recherche en toxicologie et en virologie et de la manière dont elle pourrait changer le paysage dans ces domaines ?
Les numérations cellulaires doivent être très précises et cohérentes dans ces flux de travail où vous utilisez des modèles hépatiques pour étudier l'effet d'un médicament ou d'un pathogène. Étant donné que les cellules hépatocytaires proviennent directement d'un organisme modèle, puis sont plaquées et traitées expérimentalement, de petites variations de densité ou de viabilité des cellules entre les cycles peuvent avoir un effet statistiquement significatif sur le résultat.
Bien entendu, cela nécessite que les chercheurs collectent davantage de données pour confirmer ces différences et ralentit l’ensemble du processus. La standardisation fournie par l’application CellDrop Hepatocyte simplifiera ce processus pour nos clients et produira des données robustes et reproductibles.
Quelles fonctionnalités ont été intégrées à l’application pour garantir une utilisation facile pour les chercheurs, et dans quelle mesure est-elle accessible pour différentes configurations de laboratoire ?
Le CellDrop est doté d'une fonction de mise au point automatique qui garantit la cohérence des plans focaux, et l'application Hepatocyte dispose d'une nouvelle fonction de seuillage automatique pour déterminer les seuils de fluorescence vivante/morte. Ces outils, ainsi que l'algorithme de comptage par apprentissage automatique, garantissent que le comptage des hépatocytes est rapide, facile et cohérent.
CellDrop est accessible au budget moyen d'un laboratoire de biologie cellulaire. Nous proposons un certain nombre d'options d'achat différentes parmi lesquelles les clients peuvent choisir en fonction de leur débit et de la disponibilité des fonds d'achat.
Quels ont été les premiers retours des premiers utilisateurs de l’application et comment cela a-t-il influencé le développement ultérieur ?
C'était assez excitant et un peu stressant la première fois que j'ai utilisé l'application Hepatocyte sur le terrain pour un véritable test bêta. Heureusement, nous avons eu l'aide de nombreux scientifiques compétents pour peaufiner l'algorithme en cours de route, et le laboratoire a été ravi des résultats.
Depuis lors, nous avons reçu de nombreux retours positifs, ce qui a été incroyablement gratifiant après les nombreux mois passés en développement, à peaufiner le logiciel pour répondre aux attentes élevées de nos clients.
En tant que responsable de ce projet, quel a été l’aspect le plus gratifiant du développement de cette application et quelles sont vos aspirations quant à son impact sur la communauté scientifique ?
Mon cœur est toujours au laboratoire, j’ai donc vraiment apprécié travailler en étroite collaboration avec les chercheurs sur les hépatocytes et traiter/analyser les échantillons utilisés dans le développement d’algorithmes.
J'ai également pu effectuer une grande partie du travail pratique de formation du modèle lui-même et le voir commencer à fournir des résultats solides et cohérents. Je vois l'énorme potentiel des algorithmes d'apprentissage automatique pour la recherche scientifique. Ce fut un plaisir de contribuer, à petite échelle, à faire avancer cette technologie.
Avant de commencer à travailler chez DeNovix, j'ai passé beaucoup de temps dans des laboratoires d'études supérieures en tant que chercheur. Le comptage des cellules semble simple, mais chacun le fait différemment. Au fur et à mesure que les gens suivent des flux de travail complexes, nous pouvons confirmer qu'ils ont bien compté leurs cellules. Aider les gens comme cela est vraiment gratifiant pour moi.
Quelles connaissances avez-vous acquises en développant un produit visant à résoudre un problème auquel vous étiez déjà confronté en tant que chercheur ?
Pour moi, le principal enseignement à tirer de cette expérience est l’importance cruciale de la cohérence. Quelle que soit la méthode utilisée (algorithme d’apprentissage automatique, approche initiale du comptage des cellules ou comptage manuel), il y aura toujours des défis et des ambiguïtés en marge. Il y aura toujours des questions et des incertitudes dans ces zones grises.
Tant que vous faites les choses de manière cohérente, ce que fait par définition un compteur de cellules, je pense que vous pouvez comprendre tout le reste de la partie comptage des cellules du processus.
Comment votre technologie de comptage cellulaire a-t-elle été accueillie par la communauté scientifique ?
Notre compteur de cellules est récemment apparu sur le Reddit Lab Rats. Quelqu'un avait téléchargé une image de cellules qu'il avait comptées à l'aide de notre appareil, reconnaissable grâce à l'interface du logiciel. Il a demandé de l'aide pour identifier un problème et, avant que je puisse lui offrir mon aide, dix autres personnes avaient déjà fourni des réponses. Il a été vraiment gratifiant de constater l'engagement de la communauté et de voir notre technologie en action, fonctionner correctement et faciliter les discussions.
À propos de l'intervenant
Dan Schieffer a rejoint NanoDrop Technologies Inc. en 2006 alors qu'il terminait sa licence en biotechnologie à l'université du Delaware. Après avoir contribué au développement du NanoDrop 8000 et du NanoDrop 2000, Dan a accepté un poste d'assistant d'enseignement et de recherche à l'université de Villanova. À Villanova, il a contribué au développement d'un nouveau système FRET basé sur la cytométrie de flux pour élucider le rôle de l'organisation de la membrane cellulaire dans l'activation des cellules T CD4+. Dan a ensuite occupé un poste d'assistant de recherche à l'université de Pennsylvanie, où il a effectué des criblages génétiques à haut débit pour découvrir de nouvelles voies du système immunitaire qui régulent la pathogenèse des virus transmis par les insectes. Dan a rejoint DeNovix en 2013. Il est titulaire d'une maîtrise en immunologie de l'université de Villanova.
À propos de DeNovix Inc.
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Des produits primés pour les sciences de la vie
Nos produits primés à plusieurs reprises comprennent le produit Life Science de l'année décerné par les examinateurs et le sceau Platinum. Spectrophotomètre/fluoromètre série DS-11 et CellDrop™ Compteur de cellules automatisé. CellDrop est le premier instrument de ce type à Compter les cellules sans lamesCes instruments puissants intègrent la technologie brevetée DeNovix avec un logiciel facile à utiliser conçu par des scientifiques du vivant pour des scientifiques du vivant.
Les chercheurs nous disent qu'ils apprécient les performances de pointe de l'industrie, le fonctionnement de type smartphone et la connectivité flexible des instruments. Lorsque l'assistance est nécessaire, l'équipe DeNovix est là pour vous aider. DeNovix a reçu le prestigieux prix du service client de l'année en sciences de la vie, basé sur des évaluations indépendantes publiées par des scientifiques du monde entier !
CellDrop : Produit de laboratoire durable de l'année
Le compteur de cellules automatisé CellDrop a été récompensé comme produit de laboratoire durable de l'année par SelectScience® Prix du Choix des Scientifiques®!
DirectPipette brevetée de CellDrop™ La technologie de pointe de ce compteur de cellules le distingue des autres compteurs de cellules et permet d'éviter l'utilisation de lames de comptage de cellules. Cette innovation permet d'éviter chaque année l'utilisation et l'élimination de millions de lames en plastique à usage unique.
