Un nouveau Recherche environnementale Un article de recherche de journal traite de l’association du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) avec une éruption cutanée morbilliforme. Ces résultats ont également fourni des preuves de la circulation précoce du SRAS-CoV-2 dans le nord de l’Italie avant le début de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).
Étude: Preuve moléculaire du SRAS-CoV-2 dans des échantillons prélevés sur des patients présentant des éruptions morbilliformes depuis fin 2019 en Lombardie, dans le nord de l’Italie. Crédit d’image : OneSideProFoto / Shutterstock.com
Sommaire
Arrière plan
En décembre 2019, le SRAS-CoV-2 a été isolé pour la première fois en Chine à la suite de rapports faisant état de patients hospitalisés souffrant de pneumonie atypique. Peu de temps après, des expériences d’évolution moléculaire ont révélé que le SRAS-CoV-2 s’était probablement propagé aux humains à partir d’un réservoir de chauves-souris ; cependant, son mécanisme de débordement d’origine reste discutable.
Malgré l’absence d’un calendrier définitif sur la date d’apparition initiale du SRAS-CoV-2, des études évolutives antérieures indiquent que le virus a probablement circulé en Chine pendant plusieurs mois avant que la première épidémie ne soit enregistrée à Wuhan, en Chine. Peu de temps après, un nombre croissant de cas ont été signalés dans plusieurs pays européens et nord-américains à la mi-janvier 2020.
L’Italie a été le premier pays européen à signaler une transmission communautaire soutenue du SRAS-CoV-2. Ce pays est devenu par la suite l’épicentre de l’épidémie en Europe, la Lombardie étant la plus touchée.
La souche SARS-CoV-2 qui a circulé en Lombardie, ainsi que dans une grande partie de l’Europe peu après sa détection initiale en Italie, différait de la souche Wuhan-Hu-1, qui était le génome de référence identifié à l’origine en Chine. En fait, certaines des différentes mutations présentes dans cette souche comprenaient A23403G (Spike D614G), C14408T (RdRp P323L) et C3037T (synonyme). Cette souche, qui a depuis été nommée B.1 dans Pangolin et 20A dans NextStrain, est souvent appelée haplotype DG1111 et comprend une signature mutationnelle αβ.
Plusieurs études suggèrent que le SRAS-CoV-2 circulait dans de nombreux pays avant sa détection officielle. En fait, l’acide ribonucléique (ARN) du SRAS-CoV-2 a été détecté dans des échantillons d’eaux usées obtenus au Brésil et dans le nord de l’Italie en 2019.
Le SRAS-CoV-2 a également été détecté dans les échantillons respiratoires d’un patient français atteint d’hémoptysie, les poumons et le sang d’un patient milanais décédé d’une insuffisance circulatoire aiguë et les prélèvements oropharyngés d’un enfant lombard suspecté de rougeole en décembre 2019. Viral De l’ARN et des antigènes ont également été détectés dans des biopsies cutanées en paraffine de femmes à Milan atteintes de dermatose en novembre 2019.
Plusieurs manifestations cutanées ont été rapportées chez des patients diagnostiqués avec la COVID-19. Ces manifestations peuvent survenir à n’importe quel stade de la maladie.
En plus de la durée, du pronostic et de la gravité variables de ces effets dermatologiques, ces symptômes peuvent même survenir en l’absence des symptômes respiratoires courants du COVID-19, rendant ainsi le diagnostic encore plus difficile.
En 2019, les cas suspects de rougeole et de rubéole étaient deux fois plus élevés que la moyenne des deux années précédentes. De plus, le pourcentage de cas suspects testés négatifs est passé de 30% à 70% lors de la première vague de la pandémie et à 100% d’ici 2021.
L’incidence accrue de la rougeole et de la rubéole, combinée aux manifestations cutanées associées au COVID-19, a conduit les chercheurs de la présente étude à rechercher si le COVID-19 pouvait provoquer des éruptions cutanées morbilliformes.
À propos de l’étude
L’étude actuelle a été menée par le réseau des laboratoires italiens de référence pour la rougeole et la rubéole (MoRoNet) et le laboratoire de référence infranational accrédité par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) pour la surveillance de la rougeole et de la rubéole.
Au total, 435 échantillons d’urine, de sérum et d’oropharynx ont été prélevés sur 156 patients testés pour le SRAS-CoV-2. Tous les échantillons inclus dans l’analyse actuelle étaient négatifs pour la rougeole et la rubéole.
Des échantillons de 44 cas ont été prélevés entre août 2019, qui a coïncidé avec l’augmentation inattendue des cas suspects de rougeole/rubéole, ainsi que fin février 2020, qui étaient considérés comme des cas pré-pandémiques.
Douze échantillons ont également été prélevés entre mars 2020 et mars 2021 et ont été qualifiés de cas pandémiques. De plus, des échantillons prélevés sur 100 cas entre août 2018 et juillet 2019 ont été utilisés comme témoins.
Un total de 289 échantillons d’urine et oropharyngés ont été analysés pour la présence d’ARN du SRAS-CoV-2, suivis d’une analyse de séquence. Les sérums de 38 cas pré-pandémiques, 98 témoins et 10 cas pandémiques ont été analysés pour l’immunoglobuline A anti-SARS-CoV-2 (IgA), IgM et IgG.
Des essais de neutralisation par réduction de plaque ont été utilisés pour déterminer les titres d’anticorps neutralisants.
Résultats de l’étude
Une infection positive au SRAS-CoV-2 a été identifiée dans 11 cas pré-pandémiques et deux cas pandémiques. Sur ces 13 sujets, l’ARN viral a été détecté dans des échantillons d’urine et respiratoires pour six et sept patients, respectivement. Notamment, l’ARN viral n’a été détecté dans l’urine que des cas pandémiques.
Sur les 11 échantillons pré-pandémiques testés positifs pour le SRAS-CoV-2, neuf ont été prélevés en 2019. Le premier échantillon d’urine positif pour le SRAS-CoV-2 a été prélevé le 12 septembre 2019 chez un enfant de huit mois. qui avaient également des taux sériques détectables d’IgG et d’IgM du SRAS-CoV-2.
Aucun des échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2 n’était positif lorsque le protocole de diagnostic par réaction en chaîne par polymérase (PCR) en temps réel a été utilisé. Cela indique que tous les échantillons présentaient de faibles charges virales inférieures au seuil de détection.
Quatre échantillons pré-pandémiques étaient positifs pour les anticorps anti-SARS-CoV-2, les IgM étant les plus fréquemment détectés. Un seul de ces échantillons de sérum contenait des anticorps partiellement neutralisants.
Inversement, des anticorps neutralisants ont été détectés dans deux échantillons pandémiques. Cependant, ces deux échantillons étaient négatifs pour l’ARN du SRAS-CoV-2.
Douze échantillons prélevés avant que le premier échantillon positif au SRAS-CoV-2 susmentionné ne soit prélevé le 12 septembre 2019 étaient positifs pour les IgA, IgM et IgG. Seuls quatre de ces échantillons présentaient une neutralisation partielle.
Les premiers échantillons pré-pandémiques testés positifs pour le SRAS-CoV-2 étaient principalement localisés à Brescia et à Milan, la plupart des cas milanais étant localisés dans le nord-ouest de Milan. Tous les échantillons pandémiques ont également été localisés dans la province de Milan.
Sur les 11 cas pré-pandémiques, cinq ont été collectés entre le 12 octobre 2019 et le 23 octobre 2019, alors que tous les échantillons pandémiques ont été collectés au début de 2021.
La plupart des séquences virales ont été obtenues à partir d’échantillons pré-pandémiques et présentaient plusieurs mutations majeures, notamment C3037T, A23403G et C14408T, qui appartenaient au groupe de mutations β. On pense que les souches pré-pandémiques du SRAS-CoV-2 sont à environ six mutations de la souche progénitrice du SRAS-CoV-2 et appartiennent à la lignée αβ, qui a produit toutes les principales souches en circulation à ce jour.
conclusion
L’étude actuelle confirme que le SRAS-CoV-2 circulait dans le nord de l’Italie fin 2019, comme l’a confirmé la présence de matériel génétique du SRAS-CoV-2 dans plusieurs échantillons d’urine et d’écouvillonnage oropharyngé. Il est important de noter qu’aucun des échantillons testés positifs pour le SRAS-CoV-2 n’a été obtenu auprès de patients ayant des antécédents de voyages internationaux.
Les résultats de l’étude suggèrent également une association entre les éruptions morbilliformes et l’infection par le SRAS-CoV-2. Cependant, de futures études sont nécessaires pour mieux comprendre la relation entre ce type d’éruption cutanée et le COVID-19.
De futures études rétrospectives dans les zones de circulation précoce du SRAS-CoV-2 qui utilisent des méthodes métagénomiques sont nécessaires pour déterminer avec précision l’histoire évolutive et le moment de l’émergence du SRAS-CoV-2.
