Dans une étude récente publiée dans Le microbe Lancet, les chercheurs analysent les incidences mondiales des infections nosocomiales en laboratoire (LAI) et des fuites accidentelles d’agents pathogènes de 2000 à 2021 pour identifier les modèles, les risques et la nécessité d’améliorer les stratégies de déclaration et de gestion.
Étude: Infections contractées en laboratoire et évasions d’agents pathogènes dans le monde entre 2000 et 2021 : un examen de la portée. Crédit d’image : Sirichai Saengcharnchai/Shutterstock.com
Arrière-plan
Les LAI sont des infections contractées suite à une exposition à des agents biologiques en laboratoire, tandis que les fuites accidentelles d’agents pathogènes hors des laboratoires (APELS) se produisent en raison de violations du bioconfinement. Ces deux événements sont importants pour les travaux des laboratoires cliniques, de recherche, universitaires et de fabrication pharmaceutique.
Au début du 20ème siècle, les enquêtes LAI ont été initialement menées pour identifier leurs causes et éviter des incidents similaires ultérieurs. Des recommandations récentes mettent l’accent sur des stratégies fondées sur les risques et sur des données probantes pour réduire les incidents LAI et APELS en adhérant à des normes élevées de biosûreté et de biosécurité.
Néanmoins, des recherches supplémentaires sont nécessaires pour mieux comprendre la dynamique, les causes et les conséquences des LAI et des APELS afin de guider le développement de protocoles de biosécurité et de systèmes de reporting mondiaux plus efficaces.
À propos de l’étude
Les chercheurs ont recherché la littérature publiée entre janvier 2000 et septembre 2021 sur PubMed en utilisant des termes spécifiques liés aux LAI et aux APELS. En plus des articles évalués par des pairs, les rapports en ligne proviennent de bases de données telles que la base de données internationale sur les infections acquises en laboratoire de l’American Biological Safety Association, ProMED et le serveur belge de biosécurité. Ces articles et rapports ont été soigneusement examinés, y compris les documents de référence qui y sont mentionnés, principalement en chinois, anglais et allemand.
L’extraction des données a été soigneusement effectuée par deux auteurs qui ont indépendamment recherché et vérifié l’exactitude des informations, un troisième auteur validant les données. Ces informations ont ensuite été méthodiquement compilées dans des tableaux récapitulatifs qui classaient les incidents en LAI et APELS. Des détails détaillés sur chaque incident ont été enregistrés, notamment le type d’agent pathogène, le nombre de cas et de décès, la cause et l’emplacement géographique.
La portée de l’étude a été spécifiquement adaptée pour inclure les LAI parmi le personnel, le personnel et les étudiants des laboratoires et étendue aux LAI dans les environnements hospitaliers ou de laboratoire de recherche associés aux activités de formation universitaire et collégiale. Les cas APELS ont également été inclus s’ils entraînaient des infections chez le personnel de laboratoire et dans la communauté au sens large. L’équipe a exclu les rapports manquant de suffisamment de détails, ceux ne se rapportant pas directement aux LAI ou aux APELS, ou les cas d’exposition à des agents pathogènes sans infection.
Les LAI et les APELS ont été classés en fonction des similitudes d’activité, avec des classifications « inconnu » pour les résultats non concluants et « non déclaré » pour les cas sans identification explicite de l’agent causal. Les incidents APELS ont ensuite été divisés en catégories « internes » et « externes » en fonction de la cause, de l’emplacement et de l’étendue de la violation du confinement.
À l’aide de Stata/BE 18.0 pour Mac, les chercheurs ont classé les agents pathogènes causals, les groupes à risque d’agents pathogènes, le nombre de cas et les emplacements géographiques. Les données récapitulatives ont été visualisées à l’aide des logiciels Microsoft Power BI et R, qui ont fourni des informations importantes sur les tendances et les modèles des LAI et des APELS au cours de la période de deux décennies.
Résultats de l’étude
Dans la présente étude approfondie, 164 rapports ont été initialement identifiés, dont 94 traitaient de 309 LAI qui répondaient aux critères d’inclusion. Plus de 90 % de ces rapports provenaient de revues à comité de lecture, tandis que 9,6 % étaient des articles en ligne. Sur le plan géographique, la plupart des signalements provenaient d’Europe, d’Amérique du Nord et d’Asie, en particulier des États-Unis d’Amérique, qui représentaient une proportion importante des cas individuels de LAI.
Concernant les pathogènes responsables des LAI, 309 cas ont été attribués à 51 pathogènes. Salmonella enterica Typhimurium (S Typhimurium) était le plus répandu, suivi de Salmonella enteritidis, virus de la vaccine, Brucella spp, et Brucella melitensis. Les agents pathogènes ont été classés en divers groupes à risque (RG), les agents pathogènes RG2 étant les plus courants.
La principale cause de ces infections a été identifiée comme étant des erreurs de procédure, qui ont contribué à un pourcentage important de cas, suivies par des causes inconnues et des blessures par piqûre d’aiguille. Les erreurs de procédure étaient la cause la plus fréquente d’issue fatale dans les LAI.
Aux Etats-Unis, S. Typhimurium, S. enteritidis, et Cryptosporidium spp. étaient prédominantes, alors que la Chine a signalé des cas principalement causés par Brucella spp. et le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV). Une évaluation détaillée des risques pour différents groupes d’agents pathogènes a permis de mieux comprendre la prévalence et l’impact de divers agents pathogènes bactériens, viraux, parasitaires et fongiques, ainsi que des prions.
L’étude a en outre détaillé 16 incidents d’APELS impliquant des agents pathogènes bactériens et viraux. Bien qu’ils ne provoquent généralement pas d’infections, ces incidents présentent des risques potentiels d’exposition pour le personnel, la communauté environnante ou les animaux. Notamment, certains APELS étaient liés à d’importantes épidémies, telles que les infections à brucellose en Chine.
Les incidents APELS impliquaient principalement des agents pathogènes du GR3 et étaient souvent des violations externes, dont la plupart se produisaient dans des laboratoires de recherche ou universitaires, avec un nombre notable signalé dans des installations de production de vaccins. Géographiquement, ces incidents ont été le plus fréquemment signalés aux États-Unis, suivis du Royaume-Uni, de la Chine et d’autres pays.
