La variante Omicron du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) s’est révélée être une variante d’évasion très efficace et de loin plus infectieuse que la variante Delta. Une nouvelle préimpression disponible sur le serveur de préimpression medRxiv* examine l’étendue de la protection offerte par les réponses des lymphocytes T à la primovaccination et/ou à l’infection naturelle par le virus.
Étude : la réactivité des lymphocytes T à la variante Omicron du SRAS-CoV-2 est préservée chez la plupart des individus précédemment infectés et vaccinés, mais pas tous. Crédit d’image : Puwadol Jaturawutthichai/Shutterstock
Sommaire
Fond
Omicron pose un énorme défi au monde par sa capacité à réinfecter les personnes immunisées par deux doses de vaccins actuellement disponibles et celles ayant des antécédents d’infection en raison de sa capacité à résister à la neutralisation par les anticorps dirigés contre les variantes antérieures. La plupart des anticorps thérapeutiques se sont également avérés incapables de neutraliser cette variante.
L’administration d’une dose de vaccin supplémentaire, homologue ou hétérologue, s’est avérée augmenter les taux d’anticorps dans toutes les variantes, mais la durée de l’immunité n’a pas encore été fixée. La question reste de savoir si la réponse cellulaire adaptative peut fournir une protection supplémentaire contre l’infection à Omicron et la maladie symptomatique.
Cette question est importante pour faire face au défi actuel ainsi que pour prédire l’évolution des futures pandémies. Les réponses des lymphocytes T sont généralement corrélées à une maladie bénigne, à la fois en termes de fréquence et de niveau d’activation. Lorsque les lymphocytes T CD4+ sont activés au début du cours post-vaccinal, les anticorps humoraux et cellulaires sont générés de manière synchronisée.
Il en va de même pour les cellules T CD8+, liées à la production continue d’une immunité à long terme contre le virus et à la prévention d’une maladie grave. Ces cellules subissent une expansion clonale dans un liquide de lavage broncho-alvéolaire (BAL) dans les cas de maladie bénigne, ainsi que la réactivité des lymphocytes T CD8+ aux épitopes viraux et la clairance rapide du virus. Lorsqu’elle était sélectivement retirée des primates récupérés, l’immunité protectrice était relativement plus faible.
Il faut s’attendre à ce que les lymphocytes T continuent à montrer des effets antiviraux efficaces car ils sont dirigés vers de multiples épitopes sur l’ensemble du protéome viral par rapport à la cible de pointe des anticorps induits par le vaccin.
Qu’a montré l’étude ?
En examinant les échantillons prélevés sur des individus infectés, vaccinés ou les deux, il a été constaté que les réponses des lymphocytes T, qu’il s’agisse de cellules effectrices circulantes ou de lymphocytes T mémoire CD4+ et CD8+, restaient inchangées pour Omicron comme pour les autres variantes, dans la plupart des cas.
Cependant, environ un individu sur cinq ayant des antécédents d’infection et/ou de vaccination a montré une réduction de la reconnaissance des lymphocytes T effecteurs et mémoire de la protéine de pointe Omicron par rapport à la pointe de type sauvage. Ceci était le plus évident avec les cellules T CD8+ réactives à la protéine de pointe et était plus élevé que celui observé avec la variante Delta.
Les déterminants de l’ampleur de la réponse immunitaire étaient des antécédents d’infection par le SRAS-CoV-2, la durée depuis la deuxième dose du vaccin et une dose de rappel supplémentaire. La dose de rappel n’a pas complètement compensé la réduction de la reconnaissance d’Omicron par les cellules T. Cependant, ils ont augmenté le titre d’anticorps contre le type sauvage et le pic Omicron.
La réactivité des lymphocytes T contre le type sauvage et le pic Omicron était plus faible après vaccination qu’après infection et plus élevée chez ceux ayant des antécédents de vaccination et d’infection antérieure. Il y a eu une petite diminution au fil du temps.
Une réactivité des lymphocytes T avec une valeur médiane de 275 et 220 a été observée contre les épitopes de type sauvage et Omicron sans pointe chez tous les individus après une infection antérieure, quel que soit le statut vaccinal. Chez les individus vaccinés, c’était 1 et 0, mais ceux infectés et vaccinés ont montré des valeurs de 160 et ~ 240, respectivement. Cela montre une forte corrélation entre Omicron et les réponses des cellules T effectrices dirigées par pointes sauvages et celles vers la protéine de pointe dans les deux variantes.
Après la dose de rappel supplémentaire, les réponses des lymphocytes T effecteurs ont augmenté de plus de 1 log, avec des augmentations de 20 fois contre les variantes de type sauvage et Omicron. Pourtant, la réactivité d’Omicron est restée inférieure de plus de 50 % dans environ un dixième des échantillons malgré le rappel supplémentaire. De telles réductions étaient plus fréquentes avec Omicron qu’avec le Delta.
La prolifération des cellules T spécifiques de l’antigène est un corrélat des réponses fonctionnelles des cellules T et des réponses cytotoxiques. En conséquence, les réponses des lymphocytes T CD8+ ont été mesurées et se sont avérées diminuées par rapport au type sauvage chez 40 % des individus qui s’étaient rétablis et avaient été vaccinés. À l’inverse, la prolifération des CD4+ en réponse au pic d’Omicron est restée en grande partie intacte, à l’exception d’environ un individu sur dix qui a montré une réduction de plus de 50 %.
Ni l’âge, ni le sexe, ni le type de vaccin n’ont eu d’effet sur les réponses des lymphocytes T, mais les réponses CD8+ prolifératives étaient diminuées pour Omicron par rapport au type sauvage. Par conséquent, la diminution de la réactivité de certains individus à cette variante est principalement due à la réduction de ce compartiment.
Même lorsque la neutralisation d’Omicron était indétectable, des réponses des cellules T effectrices à cette variante ont été observées.
Quelles sont les implications ?
Les réponses immunitaires à l’infection par le SRAS-CoV-2 ou à la vaccination COVID-19, ou aux deux, impliquent une immunité humorale et cellulaire, cette dernière comprenant à la fois des réponses des cellules T effectrices et des cellules T mémoire. Ceux-ci reconnaissent les épitopes viraux qui peuvent subir une mutation. La présente étude a montré que la réactivité existante des cellules T effectrices aux protéines virales à pointe et non à pointe vers Omicron était en grande partie intacte et augmentée par une dose de vaccin supplémentaire.
Cependant, lorsque les réponses individuelles ont été examinées, un sous-ensemble de réponses réduites était visible, par rapport à Omicron mais pas à Delta. Cela était principalement attribuable à la réponse proliférative des lymphocytes T CD8+ dirigée contre Omicron. Il s’agit d’une découverte intéressante car le pic Omicron est en grande partie inchangé par rapport aux variantes précédentes, mais peut refléter l’effet des 36 mutations de cette protéine.
Les changements dans les résidus peuvent conduire à l’échappement des cellules T via la capacité de contourner la reconnaissance des récepteurs restreints par HLA. Dans l’ensemble, cependant, malgré la fuite évidente de la neutralisation médiée par les anticorps observée avec Omicron, l’immunité des cellules T continue de fonctionner de manière relativement intacte, même en l’absence d’anticorps neutralisants.
Les réponses des lymphocytes T sont liées à une maladie bénigne après une infection par le SRAS-CoV-2 et semblent stimuler l’efficacité de l’immunité après une infection naturelle et une vaccination contre Omicron, même lorsque les anticorps neutralisants ne sont pas détectables. À cet égard, l’infection naturelle a semblé provoquer une réponse plus élevée des cellules T, à la fois dans les compartiments des cellules effectrices et mémoire, avec une cible large comprenant des protéines à pointes et non à pointes.
Cela pourrait être dû au fait que l’infection entraîne des cinétiques et des expositions aux antigènes différentes de celles des vaccins. Dans l’ensemble, ces résultats aident à comprendre pourquoi Omicron induit une maladie moins grave que les variantes précédentes.
Le nombre de mutations dans les protéines virales de la nucléocapside, de la membrane, de l’enveloppe et du cadre de lecture ouvert 3A est bien inférieur au pic. Une réactivité des lymphocytes T conservée en conséquence a été observée contre la protéine sans pointe par rapport à la pointe. Les premiers peuvent être essentiels au développement de nouveaux vaccins efficaces contre le virus, d’autant plus qu’ils induisent des réponses d’anticorps neutralisants et de lymphocytes T contre des sites hautement conservés.
De telles stratégies « peut produire une immunité plus durable des cellules T capable de fournir une large protection contre de futures variantes. «
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
