De nouvelles recherches menées par le Centre d'intelligence computationnelle pour prédire les risques sanitaires et environnementaux (CIPHER) de l'UNC Charlotte ont révélé que les deux souches récentes et répandues du virus à l'origine du COVID-19, les variantes BA.2.86 et JN.1 du SRAS-CoV-2, ne sont pas significativement meilleures que leur prédécesseur Omicron pour échapper aux réponses immunitaires et provoquer des infections malgré un nombre élevé de mutations par rapport à Omicron.
Lors de leur première identification, le variant d'Omicron, BA.2.86, et son proche parent, JN.1, ont suscité d'importantes inquiétudes en matière de santé publique. Ces inquiétudes étaient liées au fait que le variant d'origine d'Omicron était fortement muté, ce qui entraînait à la fois une évasion immunitaire et des infections par percée, en plus d'être plus infectieux et fortement muté par rapport aux variants précédents.
Certains ont émis l'hypothèse que de nombreuses nouvelles mutations dans BA.2.86 et JN.1 conféraient à ces variants une plus grande capacité à échapper au système immunitaire humain et à être plus transmissibles. Des analyses informatiques approfondies menées par une équipe de chercheurs et d'étudiants de l'UNC Charlotte ont déterminé que ces variants ne présentaient que de faibles changements statistiquement insignifiants dans l'évasion immunitaire et la capacité de liaison aux cellules hôtes par rapport aux variants précédents, y compris Omicron.
Pour évaluer l'évasion immunitaire de BA.2.86 et JN.1, l'équipe de recherche de l'UNC Charlotte a effectué in silico Analyses du domaine de liaison au récepteur (RBD ; la région du génome viral contre laquelle les vaccins à ARNm sont conçus) du SARS-CoV-2, comparant les deux nouveaux variants aux variants précédents pour calculer l'affinité de liaison relative des anticorps neutralisants (provenant de patients vaccinés, de patients infectés et de sources thérapeutiques) au RBD. En plus des analyses d'anticorps, les chercheurs ont calculé l'affinité de liaison relative de BA.2.86 et JN.1 à l'enzyme de conversion de l'angiotensine-2 (ACE2 ; le récepteur viral sur les cellules humaines) par rapport aux variants précédents.
L'équipe a constaté des changements mineurs dans l'affinité de liaison des anticorps neutralisants et de l'ACE2 pour BA.2.86 et JN.1 par rapport aux variantes précédentes du SARS-CoV-2. Cependant, ces changements n'étaient pas statistiquement significatifs. Par conséquent, ils ont conclu que BA.2.86 et JN.1 ne présentaient pas d'augmentation significative de l'évasion immunitaire ou de la transmissibilité aux variantes précédentes.
Le RBD viral est essentiel pour se lier au récepteur ACE2 de la cellule humaine, ce qui rend improbable que le RBD change radicalement pour échapper aux anticorps neutralisants existants induits par un vaccin ou une infection antérieure sans diminuer de manière significative l'affinité du RBD pour l'ACE2.
De nombreux résidus RBD essentiels à la liaison à l'ACE2 sont également des cibles d'anticorps. Les anticorps neutralisants qui ciblent le RBD sont devenus de plus en plus spécifiques et efficaces. En raison de cette impasse biochimique, les protéines du SARS-CoV-2 situées en dehors du RBD ont accumulé des mutations à mesure que de nouveaux variants sont apparus.
Par exemple, la variante JN.1 présente trois mutations en dehors du RBD par rapport à son prédécesseur récent BA.2.86. Ces mutations restent à étudier, mais les premières données indiquent qu'elles augmentent la réplication virale et régulent à la baisse le système immunitaire de la cellule hôte. Dans le passé, certaines de ces mutations au sein de ces protéines ont conduit à une évasion immunitaire accrue et à une réplication virale accrue. Ainsi, ces mutations pourraient avoir permis à JN.1 de surpasser BA.2.86 en termes de prévalence parmi les variantes du SRAS-CoV-2.
Nous pensons que l'évolution du RBD devient asymptotique. La pression évolutive s'est maintenant tournée vers les gènes situés en dehors du RBD. Par conséquent, les recherches futures se concentreront sur les gènes situés en dehors du RBD.
Shirish Yasa, assistant de recherche chez CIPHER
« Nous entrons dans une toute nouvelle ère de l'épidémiologie moléculaire en démontrant la nécessité d'ajouter une approche fonctionnelle aux efforts de séquençage des nucléotides viraux. Bien qu'Omicron ait été fortement muté, évasif au niveau immunitaire et ait créé un grave problème de santé publique, nos résultats pour JN.1 et BA.2.86 sont en contraste. Pris ensemble, nos résultats démontrent que le comptage des mutations du RBD à lui seul n'indique pas une évasion immunitaire et de possibles nouveaux problèmes de santé publique », a déclaré Daniel Janies, codirecteur de CIPHER et professeur distingué Carol Grotnes Belk de bioinformatique et de génomique au College of Computing and Informatics.
