Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), qui est le virus responsable de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), est un nouveau coronavirus du genre Betacoronavirus qui a été identifié pour la première fois à Wuhan, en Chine vers la fin de 2019. Le SARS-CoV-2 continue d’évoluer avec une préoccupation croissante pour l’émergence de nouvelles variantes.
Jusqu’à présent, la transmission du SRAS-CoV-2 chez les animaux non humains vivant en liberté n’a pas été documentée, même s’ils pourraient potentiellement servir de réservoirs. Une nouvelle étude publiée sur le bioRxiv* Le serveur de préimpression teste l’hypothèse selon laquelle les cerfs de Virginie (WTD) sont sensibles à l’infection par le SRAS-CoV-2 et détermine si les faons infectés expérimentalement transmettent le virus à d’autres cerfs captifs.
Étudier: Débordements multiples et transmission ultérieure du SRAS-Cov-2 chez le cerf de Virginie (Odocoileus virginianus) vivant en liberté et en captivité. Crédit d’image : Soru Epotok/Shutterstock.com
Sommaire
Fond
La transmission généralisée du SRAS-CoV-2 parmi les humains crée des opportunités de retombées sur des hôtes non humains comme les chiens, les chats, les animaux de zoo et les visons d’élevage. Cette question est de la plus haute importance, car l’infection par le SRAS-CoV-2 d’un animal pourrait en faire un réservoir.
Cela pourrait également entraîner l’émergence de nouvelles variantes avec un risque de retour sur l’homme, comme les travailleurs des élevages de visons. Malgré l’importance du sujet, la transmission généralisée du SRAS-CoV-2 chez une espèce animale libre n’a pas encore été documentée.
Une nouvelle étude
Il a été récemment rapporté que 40% des cerfs de Virginie vivant en liberté aux États-Unis ont des anticorps contre le SRAS-CoV-2, qui était la principale motivation de la présente étude. De plus, il n’y a pas suffisamment de preuves de la transmission du SRAS-CoV-2 chez les cerfs infectés expérimentalement dans des environnements contrôlés.
Les scientifiques se sont demandé si l’infection et la transmission ultérieure du SRAS-CoV-2 du cerf se produisaient dans la nature. Pour répondre à cette question, les chercheurs de la présente étude ont analysé 283 échantillons de ganglions lymphatiques rétropharyngés (RPLN) provenant de cerfs vivant en liberté et captifs dans l’Iowa d’avril 2020 à janvier 2021. La période d’échantillonnage a suivi de près la trajectoire de la pandémie dans l’Iowa.
Principales conclusions
Dans la présente étude, les scientifiques ont découvert qu’un tiers des WTD libres et captifs avaient de l’acide nucléique SARS-CoV-2 dans leurs échantillons RPLN. Le taux de positivité chez les cerfs a rapidement augmenté, avec 22 des 77 échantillons RPLN montrant l’ARN du SRAS-CoV-2 en novembre 2020.
De plus, 61 des 75 échantillons ont été testés positifs en décembre 2020. Dans le même temps, ces infections au SRAS-CoV-2 atteignaient un pic dans l’Iowa. Fait important, les résultats suggèrent également que de nombreux animaux avaient une charge virale très élevée.
La fraction de cerfs testés positifs en milieu libre était significativement plus élevée que ceux en milieu captif. Cela peut être dû au fait que le RPLN récolté sur des cerfs vivant en liberté était quatre fois supérieur à celui des cerfs captifs. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour évaluer les véritables raisons des différences observées de prévalence entre les cerfs vivant en liberté et les cerfs captifs.
Ensuite, les scientifiques ont séquencé les génomes du SRAS-CoV-2 présents dans tous les échantillons positifs. La version 3.1.11 de Pangolin a été utilisée pour identifier les lignées SARS-CoV-2. Les chercheurs ont observé que les génomes représentaient plusieurs lignées correspondant à des génotypes viraux circulant simultanément chez l’homme.
Il faut noter que l’échantillonnage des humains et des cerfs n’était pas représentatif; par conséquent, il convient d’être prudent lors de l’interprétation des différences dans la prévalence apparente des lignées SARS-CoV-2 entre les cerfs et les hôtes humains. Les analyses phylogénétiques, couplées aux modèles temporels et géographiques de regroupement des lignées du SRAS-CoV-2, fournissent des preuves solides de multiples retombées zooanthroponotiques probables des humains aux cerfs.
La recherche a montré que les cerfs infectés expérimentalement transmettent le virus à d’autres WTD sensibles entre 3 et 5 jours après l’infection; cependant, la transmission de cerf à cerf dans les WTD en liberté n’a pas encore été documentée. À cette fin, les scientifiques ont appliqué une approche épidémiologique moléculaire pour explorer les modèles temporels de récupération des lignées SARS-CoV-2 à partir de WTD vivant en liberté. Les résultats ont soutenu la circulation de lignées spécifiques parmi les WTD vivant en liberté.
Limites
Les échantillons sélectionnés n’étaient pas représentatifs spatialement, car les échantillons RPLN provenaient d’un seul État des États-Unis et l’échantillonnage n’était pas uniforme d’un comté à l’autre. De plus, les résultats de cette étude ne parlent pas des variantes Alpha et Delta, car les échantillons testés dataient de 2020, bien avant la diffusion de ces variantes hautement infectieuses. Les tests d’échantillons plus récents et un échantillonnage longitudinal robuste pourraient fournir des informations importantes sur le rôle du cerf en tant que réservoir de SARS-CoV-2 et/ou générateur de variantes.
Conclusion
Une approche « One Health » plus proactive et robuste pour comprendre l’écologie et l’évolution du SRAS-CoV-2 est nécessaire. Il est d’une importance primordiale d’étudier et de comprendre les interfaces moléculaires et écologiques homme-animal et leur pertinence pour la transmission des infections et des maladies. Ces connaissances nous aideront à prévoir la prochaine pandémie et à contrôler les maladies infectieuses dans les années à venir.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
