Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont exploré le génome du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) en utilisant le séquençage du génome à haut débit pour fournir de nouvelles informations sur la façon dont la nouvelle variante SARS-CoV-2 Omicron BA.2.3.7 entre et se propage parmi la population taïwanaise par ailleurs naïve.
Sommaire
Arrière plan
La pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) est originaire de Chine, très probablement de Wuhan, fin 2019. En réponse, le gouvernement taïwanais a introduit des restrictions de voyage strictes pour les passagers entrants par voie maritime et aérienne, avec de longues périodes de quarantaine pour les personnes autorisées à entrer. Taïwan. En outre, à Taïwan, plusieurs interventions non pharmaceutiques (NPI) telles que la distanciation sociale et le port de masque ont été appliquées. Jusqu’en avril 2022, seuls quelques cas de COVID-19 ont été signalés à Taïwan ; cependant, en juin 2022, le nombre de cas de COVID-19 avait considérablement augmenté dans le pays.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont mené une surveillance génomique pour évaluer la prévalence et la propagation d’Omicron BA.2.3.7 chez les résidents communautaires taïwanais.
L’équipe a analysé 2 405 échantillons d’écouvillonnage nasopharyngé positifs au SRAS-CoV-2 confirmés par PCR (réaction en chaîne de la polymérase) provenant de 2 339 personnes. Des échantillons de sang ont été prélevés sur des patients atteints de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) inscrits au NTU-HCH (branche de Hsinchu de l’hôpital universitaire national de Taiwan), et l’acide ribonucléique (ARN) du SRAS-CoV-2 a été extrait, amplifié par PCR à transcription inverse ( RT-PCR) et soumis à une analyse de séquençage du génome entier (WGS).
Pour l’analyse phylogénétique, 2847 séquences, dont 1966 provenant de NTU-HCH et 881 séquences de référence (GISAID), ont été utilisées pour construire le cadre de l’arbre phylogénétique. Par la suite, 1 584 séquences BA.2.3.7 soumises au GISAID à partir de l’étude actuelle, avec 228 séquences BA.2.3.7 déposées au GISAID par d’autres groupes, ont été analysées par lots. L’émergence de nouvelles variantes d’Omicron à Taïwan et l’évolution génomique lors de l’expansion rapide du pool d’Omicron entre le 22 février et le 6 juin 2022 ont été évaluées.
Pour enquêter sur la transmission mondiale du variant, 249 séquences BA.2.3.7, 282 séquences mondiales et 403 séquences supplémentaires provenant de résidents de Taïwan ont été extraites de la base de données GISAID (initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe) jusqu’en juillet 2022. Dans le cadre d’une étude pilote, 293 séquences des échantillons de 228 patients ont été analysés, et la plupart des échantillons ont été obtenus en 2021 dans trois hôpitaux du nord de Taiwan. Les séquences ont été assemblées et examinées pour les acides aminés significativement modifiés afin de déterminer les mutations de signature dans les échantillons infectés par Omicron.
Résultats
BA.2.3.7 a été détecté comme la principale variante causale de l’épidémie de SRAS-CoV-2 de 2022 parmi les communautés taïwanaises. Les 1966 séquences de longueur complète d’Omicron ont été téléchargées dans la base de données GISAID permettant l’identification de trois mutations signature BA.2.3.7, à savoir L631F, K97E et M322I détectées dans le cadre de lecture ouvert 1a (ORF1a), protéine de pointe (S) et la protéine de la nucléocapside (N), respectivement, dans la protéine non structurelle 2 (nsp2), le domaine N-terminal (NTD) de la sous-unité S 1 (S1) et à la position d’acide aminé 322, respectivement, parmi 81 % (n = 1584) de séquences d’Omicron.
Les changements de signature se sont produits après le quatrième lot séquencé, indiquant la montée rapide des cas de COVID-19 due à la souche BA.2.3.7 émergente de centaines à des milliers au cours de la période d’étude parmi les communautés taïwanaises (en particulier au nord de Taïwan). La proportion de séquences contenant les changements de signature est passée de 62 % à 85 % du quatrième lot au cinquième lot. En juin 2022, la souche a établi une domination considérable parmi les séquences du SRAS-CoV-2.
De plus, de nouvelles mutations (ORF1a: I1091T et G1251V) ont été détectées dans BA.2.3.7 avec une augmentation remarquable au fil du temps, augmentant rapidement le nombre d’infections BA.2.3.7 à Taïwan, signalées dans quatre sites taïwanais, indiquant BA. .2.3.7 comme variante causale des épidémies de SRAS-CoV-2 parmi les résidents de la communauté taïwanaise.
La plupart des échantillons de l’étude pilote obtenus en 2021 se sont vu attribuer la variante Alpha. Une augmentation remarquable des infections par Omicron BA.2.3.7 a été observée à partir de la semaine 4, et le pourcentage de variant BA.2.3.7 était constamment élevé pendant ≥ 10 semaines. Le nombre de séquences positives pour S:G1251V a régulièrement augmenté à partir de la semaine 6 et a atteint un plateau à la dixième semaine (entre le 26 avril 26 2 et mai). Dans la période comprise entre les semaines 11 et 15, la proportion ORF1a:T3224A a diminué, tandis que la proportion ORF1a:I1091T a augmenté de manière concomitante.
Au cours de la même période, Omicron BA.2.3.7 a également été détecté dans d’autres pays d’Asie-Pacifique tels que Hong Kong, Singapour, l’Indonésie, le Japon, le Vietnam, les Philippines, la Thaïlande, la Malaisie et la Nouvelle-Zélande. Parmi les 44 cas de BA.2.3.7 détectés au Japon, 41 et deux individus avaient des antécédents de voyage à Taïwan et au Vietnam, respectivement, indiquant une transmission silencieuse de BA.2.3.7 depuis Taïwan. Au contraire, BA.2.3.7 forme <0,5 % des séquences signalées aux États-Unis d'Amérique (USA), en Californie ou dans le monde.
Conclusion
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont mis en évidence l’émergence, la propagation rapide et la persistance de BA.2.3.7 en tant que variante causale des épidémies communautaires à Taïwan. Les résultats pourraient avoir un impact considérable sur les domaines socio-économique et de la santé publique. Il convient de noter que l’épidémie de variant Alpha de 2021 était relativement petite et limitée à une infection groupée dans la ville de New Taipei, tandis que l’épidémie d’Omicron BA.2.3.7 entre avril et juin 2022 a dépassé 50 000 cas/jour au niveau maximal.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
