Une équipe internationale de chercheurs a découvert qu'un antibiotique couramment prescrit aux patients atteints d'une maladie du foie, appelé rifaximine, a conduit à l'émergence mondiale d'une forme presque incurable de la superbactérie Enterococcus faecium (ERV) résistante aux antimicrobiens, qui provoque fréquemment de graves infections chez les patients hospitalisés.
L'étude a démontré que l'utilisation de la rifaximine entraîne une résistance à la daptomycine, l'un des derniers antibiotiques efficaces contre les infections à ERV.
Publié aujourd'hui dans Nature, l'étude a été dirigée par des chercheurs de l'Université de Melbourne au Peter Doherty Institute for Infection and Immunity (Doherty Institute) et Austin Health, et souligne le besoin crucial d’une compréhension plus approfondie des impacts négatifs de l’utilisation des antibiotiques – renforçant ainsi l’importance d’une utilisation responsable des antibiotiques dans la pratique clinique.
Leurs conclusions renforcent la récente déclaration politique de la réunion de haut niveau de l'Assemblée générale des Nations Unies sur la résistance aux antimicrobiens (26 septembre 2024), au cours de laquelle les dirigeants du monde se sont engagés à prendre des mesures décisives contre la résistance aux antimicrobiens, notamment en réduisant de 10 le nombre estimé de 4,95 millions de décès humains associés à la RAM. pour cent d’ici 2030.
L'étude de huit ans s'est appuyée sur plusieurs disciplines, notamment la microbiologie moléculaire, la bioinformatique et les sciences cliniques. Grâce à la génomique à grande échelle – l'étude de la composition de l'ADN d'un organisme – les scientifiques ont pu identifier des changements dans l'ADN des ERV résistants à la daptomycine qui étaient absents dans les souches sensibles. Des expérimentations en laboratoire et des études cliniques ultérieures ont montré que l'utilisation de la rifaximine provoquait ces changements et aboutissait à l'émergence d'ERV résistants à la daptomycine.
Le Dr Glen Carter de l'Université de Melbourne, chercheur principal au Doherty Institute et auteur principal de l'étude, a déclaré que la recherche remet en question la croyance de longue date selon laquelle la rifaximine présente un « faible risque » de provoquer une résistance aux antibiotiques.
Nous avons montré que la rifaximine rend les ERV résistants à la daptomycine d'une manière jamais vue auparavant.
Il est également préoccupant que ces ERV résistants à la daptomycine puissent être transmis à d'autres patients de l'hôpital ; une hypothèse que nous étudions actuellement.
Dr Glen Carter, chercheur principal au Doherty Institute
Le Dr Adrianna Turner de l'Université de Melbourne, chargée de recherche au Doherty Institute et premier auteur de l'étude, a déclaré que la rifaximine déclenche des changements spécifiques dans une enzyme appelée ARN polymérase au sein de la bactérie. Ces changements « régulent positivement » un groupe de gènes jusqu'alors inconnu (prdRAB), entraînant des altérations de la membrane cellulaire des ERV et provoquant une résistance croisée à la daptomycine.
« Lorsque les bactéries deviennent résistantes à un antibiotique, c'est un peu comme si elles acquéraient une nouvelle capacité dans un jeu vidéo, comme la super-vitesse. Mais lorsqu'elles sont exposées à la rifaximine, les bactéries ERV ne reçoivent pas qu'un seul coup de pouce, elles acquièrent de multiples capacités, comme super-rapides et super-puissants, leur permettant de vaincre facilement même le boss final, qui dans ce cas est l'antibiotique daptomycine », a déclaré le Dr Turner.
« En d'autres termes, la rifaximine ne rend pas seulement les bactéries résistantes à un antibiotique ; elle peut les rendre résistantes à d'autres, y compris aux antibiotiques critiques de dernier recours comme la daptomycine. »
Le professeur agrégé Jason Kwong, médecin spécialiste des maladies infectieuses à Austin Health et chercheur principal des études cliniques, a souligné deux implications critiques des résultats.
« Tout d'abord, les cliniciens doivent faire preuve de prudence lorsqu'ils traitent des infections à ERV chez des patients prenant de la rifaximine, car l'efficacité de la daptomycine peut être compromise, nécessitant une vérification en laboratoire avant utilisation », a déclaré le professeur agrégé Kwong.
« Deuxièmement, les résultats soulignent l'importance pour les organismes de réglementation de prendre en compte les effets « hors cible et entre classes » lors de l'approbation de nouveaux médicaments. Pour les antibiotiques, cela signifie comprendre si l'exposition à un agent, comme la rifaximine, pourrait induire une résistance à d'autres antibiotiques – même ceux-là. qui fonctionnent différemment.
« La rifaximine reste un médicament très efficace lorsqu'elle est utilisée de manière appropriée et les patients atteints d'une maladie hépatique avancée qui en prennent actuellement devraient continuer à le prendre. Mais nous devons comprendre les implications futures, à la fois lors du traitement de patients individuels et du point de vue de la santé publique. »
Le Dr Claire Gorrie de l'Université de Melbourne, bioinformaticien principal du Doherty Institute et co-auteur principal, a déclaré que la recherche met en évidence comment les technologies de pointe, combinées à une collaboration interdisciplinaire, peuvent découvrir exactement comment et pourquoi les bactéries développent une résistance aux antibiotiques – même ceux qu'ils n'ont jamais rencontrés.
« Ces connaissances sont cruciales pour développer des stratégies plus intelligentes et plus durables en matière d'utilisation des antibiotiques, d'autant plus que ces médicaments qui sauvent des vies deviennent une ressource de plus en plus précieuse », a déclaré le Dr Gorrie.
Le professeur Benjamin Howden, directeur du laboratoire de santé publique de l'unité de diagnostic microbiologique du Doherty Institute et médecin spécialiste des maladies infectieuses à Austin Health, dont le laboratoire a dirigé le projet, a déclaré que la recherche contribuerait à garantir que la daptomycine reste un antibiotique efficace pour traiter les infections graves à ERV dans hôpitaux en Australie et dans le monde, en particulier chez les patients les plus vulnérables.
« Nos résultats mettent en évidence le besoin crucial d'une surveillance efficace basée sur la génomique pour détecter la résistance émergente aux antimicrobiens. Ils soulignent également l'importance d'une utilisation judicieuse des antibiotiques pour sauvegarder les traitements vitaux de dernier recours comme la daptomycine », a conclu le professeur Howden.
Les principaux collaborateurs de l'équipe étaient l'Institut des sciences moléculaires et de biotechnologie Bio21 ; Centre médical universitaire, Ratisbonne, Allemagne ; L'Université du Queensland ; et l'Université Flinders, Adélaïde.
