Dans cette interview,Ma CliniqueLife Sciences s’entretient avec Curtis Knox, Sr Strategic Portfolio Manager chez Promega, à propos de l’utilisation des réactifs d’amplification directe XpressAmp pour optimiser les processus de laboratoire en sautant les étapes d’extraction dans le flux de travail PCR.
Sommaire
Pouvez-vous donner un bref résumé de ce qu’est la PCR directe et de ses avantages ?
La PCR directe signifie l’amplification d’une cible d’acide nucléique directement à partir d’un échantillon sans avoir à extraire d’abord cet acide nucléique de l’échantillon. L’amplification directe est une méthode simple et rapide qui nécessite un traitement initial minimal de l’échantillon et permet à un laboratoire de sauter les étapes d’extraction d’acide nucléique qui prennent du temps.
Qu’est-ce que l’inhibition de la PCR et la sensibilité du dosage, et pourquoi sont-elles des défis de la PCR directe ?
De nombreux échantillons contiennent des contaminants qui peuvent entraver les performances d’un test d’amplification PCR. Ces contaminants ou inhibiteurs peuvent entraîner une diminution de la sensibilité du test, un résultat faussement négatif ou un échec du test.
Un flux de travail de test PCR typique comprend une étape d’extraction d’acide nucléique qui élimine ces contaminants potentiels du test PCR. Cependant, lors de la mise en œuvre d’une méthode PCR directe, vous sautez l’étape d’extraction des acides nucléiques. Par conséquent, il est important qu’une méthodologie de PCR directe comprenne la capacité de surmonter les contaminants de l’échantillon.
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Comment le produit XpressAmp Direct Amplification Reagents fournit-il des solutions en laboratoire ?
Les réactifs d’amplification directe XpressAmp fournissent une méthode qui permet aux laboratoires de sauter les étapes d’extraction dans leur flux de travail PCR. Cela permet d’économiser du temps et de l’argent et offre une alternative aux méthodes basées sur l’extraction dans les situations où les réactifs d’extraction peuvent être rares.
Dans sa forme la plus simple, le kit XpressAmp peut être utilisé sans étapes de chauffage et ne nécessite qu’une incubation de 10 minutes. Un laboratoire peut simplement mélanger l’échantillon avec le tampon de lyse XpressAmp, incuber, puis transférer l’échantillon directement dans une réaction qPCR contenant la solution XpressAmp.
Existe-t-il un exemple spécifique de la façon dont XpressAmp peut être utilisé en laboratoire pour effectuer une PCR directe rapide (par exemple, des applications de recherche ou de l’industrie) ?
Nous avons d’abord conçu XpressAmp en réponse à la pandémie de COVID‐19, mais nous avons par la suite démontré sa compatibilité avec d’autres cibles virales (par exemple, la grippe, le VRS) et nous élargissons rapidement l’éventail des types d’échantillons et des applications de produits compatibles.
Les réactifs d’amplification directe XpressAmp sont des réactifs à usage général, destinés à un usage général en laboratoire, et peuvent être utilisés comme composant de tests de diagnostic moléculaire, là où les lois nationales applicables le permettent.
XpressAmp est soutenu par plus de 40 ans d’expérience en amplification de Promega. Pouvez-vous énumérer quelques-uns des points forts ou des avantages XpressAmp possède?
Tirant parti de nos plus de 40 ans d’expérience dans la préparation et l’amplification d’échantillons, en particulier notre travail avec des échantillons difficiles tels que les preuves médico-légales de scènes de crime, nous avons cherché une solution qui permettrait l’analyse PCR des échantillons sans effectuer d’abord l’extraction d’ARN.
Le résultat est une méthode d’amplification directe qui ne nécessite pas d’équipement spécialisé, minimise l’utilisation de plastiques consommables tels que les tubes de microcentrifugation ou les pointes de pipette, et peut être réalisée sans étapes d’incubation chauffées. Les réactifs d’amplification directe XpressAmp simplifient votre flux de travail et accélèrent le délai d’obtention des résultats qPCR.
Pourquoi un délai d’exécution rapide et un flux de travail simple sont-ils importants pour le travail de laboratoire biomédical?
Il s’agit d’efficacité, de délai d’exécution et de confiance dans la chaîne d’approvisionnement. En combinant un flux de travail simple et rapide avec une dépendance minimale aux plastiques spécialisés, le débit d’échantillons augmentera et se traduira par un échantillon-réponse plus rapide. Cela est devenu particulièrement important pour répondre à la pandémie de COVID‐19, où le délai d’obtention des résultats était un élément essentiel pour essayer de contrôler la propagation.
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Pourquoi est-ce important pour XpressAmp être compatible avec l’amplification PCR en aval ?
Nous avons conçu les réactifs XpressAmp pour qu’ils soient compatibles avec une grande variété de réactifs PCR et de méthodes d’amplification en aval. Nous ne voulions pas limiter le potentiel de cette nouvelle méthodologie de préparation d’échantillons à être limité aux seuls réactifs d’amplification Promega.
Nous avons vu la valeur pour nos clients dans la conception d’un produit de préparation d’échantillons à amplification directe qui serait compatible avec les réactifs d’amplification déjà utilisés dans leurs laboratoires. Notre objectif n’était pas de créer une méthode qui obligerait les utilisateurs à travailler uniquement avec les master mix PCR Promega, mais plutôt de permettre une réponse rapide aux pandémies actuelles et futures qui pourraient survenir, quels que soient les réactifs en aval utilisés.
Comment la pandémie de COVID‐19 a-t-elle impacté le développement de XpressAmp ?
Les réactifs XpressAmp ont été développés beaucoup plus rapidement que notre processus typique, car nous avons compris l’urgence de répondre à la pandémie et les pénuries de kits d’extraction associées. Nous y sommes parvenus en nous appuyant fortement sur notre expérience dans l’amplification d’acides nucléiques à partir d’échantillons difficiles et en combinant les réactifs existants d’une manière unique pour résoudre le problème le plus rapidement possible.
Pourquoi XpressAmp un développement si précieux en ce moment, surtout au milieu d’une pandémie mondiale?
La vitesse d’obtention des résultats, en particulier dans un environnement avec des problèmes d’approvisionnement en évolution pour différentes parties de leur flux de travail de test, est toujours d’actualité alors que nous poursuivons notre réponse à la pandémie mondiale.
Nos réactifs XpressAmp simplifient le travail des laboratoires, leur permettant de rapporter les résultats plus rapidement. Bien que nous ayons conçu le produit en réponse à COVID-19, nous savons qu’en simplifiant un flux de travail de test, ces réactifs peuvent servir un objectif plus important pour une grande variété d’applications.
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Quels sont quelques exemples d’industries scientifiques et biomédicales que XpressAmp peut avoir un impact ?
Tout type d’échantillon nécessitant une extraction d’acide nucléique pourrait être une cible pour les réactifs d’amplification directe XpressAmp. Les maladies infectieuses, les tests environnementaux, le génotypage de plantes ou d’animaux, ou même des échantillons de sang ou de pathologie peuvent être compatibles. Nous travaillons régulièrement avec des collaborateurs pour établir de nouvelles méthodes utilisant le jeu de réactifs.
Expliquez-nous le processus de l’échantillon lysé à l’amplification RT‐qPCR contenant la solution XpressAmp.
Le processus est très simple. Pour un échantillon viral contenu dans Universal Transport Media (UTM), l’utilisateur mélangera l’échantillon UTM et le tampon de lyse préparé dans un rapport 1:1 et incubera à température ambiante pendant 10 minutes.
L’échantillon lysé sera ensuite transféré dans un master mix qPCR préparé contenant la solution XpressAmp et placé dans un thermocycleur pour amplification et analyse ultérieure. Il faut environ 15 minutes pour passer de l’échantillon au démarrage de votre réaction d’amplification.
Que voyez-vous pour l’avenir de la recherche et du développement biomédicaux grâce aux avantages/forces de XpressAmp ?
Le développement de méthodes d’amplification directe peut aider les laboratoires à accélérer leurs recherches et leurs tests. Briser le goulot d’étranglement de l’extraction d’échantillons permettra à ces utilisateurs de se concentrer sur d’autres domaines de préoccupation, d’utiliser moins de plastique et d’obtenir des résultats plus rapidement.
Lorsque la prochaine crise sanitaire des maladies infectieuses arrivera, le monde sera mieux préparé à réagir grâce à la disponibilité de méthodes d’amplification directe comme XpressAmp.
