B.1.1.7 devient rapidement la variante dominante du SRAS-CoV-2 aux États-Unis

La variante B.1.1.7 à propagation plus rapide du SRAS-CoV-2 détectée pour la première fois au Royaume-Uni, le coronavirus responsable du COVID-19, est en passe de devenir la variante dominante du virus aux États-Unis, selon à une étude de scientifiques de Scripps Research et du fabricant de tests COVID-19 Helix.

Les résultats, qui apparaissent aujourd’hui dans Cellule, suggèrent que les futurs nombres de cas de COVID-19 et les taux de mortalité aux États-Unis seront plus élevés qu’ils ne l’auraient été autrement. L’analyse suggère que la variante, qui a été détectable dans une proportion croissante d’échantillons de SRAS-CoV-2, est de 40 à 50 pour cent plus transmissible que les lignées SARS-CoV-2 qui étaient auparavant dominantes. D’autres études ont montré que la variante B.1.1.7 pourrait être environ 50% plus susceptible de causer un COVID-19 mortel.

«Le B.1.1.7 est rapidement devenu la variante dominante du SRAS-CoV-2 au Royaume-Uni et dans d’autres pays après son apparition à la fin de l’année dernière, et les États-Unis sont maintenant sur une trajectoire similaire», déclare le co-auteur principal de l’étude Kristian Andersen, PhD. , professeur au Département d’immunologie et de microbiologie de Scripps Research et directeur de la génomique des maladies infectieuses au Scripps Research Translational Research Institute. « Nous avons besoin d’une action immédiate et décisive pour minimiser la morbidité et la mortalité liées au COVID-19. »

Outre Andersen, l’autre auteur principal était William Lee, PhD, vice-président de la science chez Helix, qui fournit des tests COVID-19 basés sur la PCR à des organisations à travers les États-Unis. L’étude a également été rédigée par Nicole Washington, PhD, directrice associée de recherche à Helix, et Karthik Gangavarapu du laboratoire Andersen.

B.1.1.7 a un taux de doublement d’un peu plus d’une semaine et un taux de transmission accru de 40 à 50 pour cent, ce qui signifie qu’il pourrait avoir un impact significatif sur la santé publique. Il est essentiel que nous continuions à surveiller la propagation de cette variante et d’autres variantes émergentes, mais notre niveau actuel de surveillance est inadéquat et est en retard par rapport à celui des autres pays. Nous avons besoin d’un programme national de surveillance génomique du SRAS-CoV-2 plus complet pour résoudre ce problème. « 

William Lee, PhD, vice-président des sciences chez Helix

La variante B.1.1.7 est apparue dans le sud de l’Angleterre l’année dernière et est depuis devenue la variante dominante au Royaume-Uni.En décembre, l’équipe d’Andersen à Scripps Research avec des collègues de l’Université de Californie à San Diego a confirmé la première preuve de la variante en Californie.

Un modèle de domination

Le variant B.1.1.7 contient plusieurs mutations, dont plusieurs dans le gène qui code pour la protéine de pointe virale. Ces mutations augmentent la capacité du pic à se lier au récepteur ACE2 sur les cellules humaines. Bien qu’il n’y ait pas encore de preuve que la variante B.1.1.7 puisse échapper aux vaccins COVID-19, les responsables de la santé publique craignent que son taux de propagation relativement élevé aggrave considérablement la pandémie avant que les vaccins ne puissent y mettre fin.

Les tests standard sur écouvillon pour le coronavirus vérifient les séquences génétiques distinctives sur trois sites du génome viral; le variant B.1.1.7, en raison de ses mutations, apparaît comme positif pour deux de ces sites, mais négatif pour le troisième site, qui se trouve dans le gène de pointe du virus.

La nouvelle analyse d’environ 500000 résultats de tests Helix depuis juillet 2020 a révélé que ce modèle deux sur trois, connu sous le nom d’échec de la cible du gène S, ou SGTF, est devenu constamment évident à une faible fréquence (0,2%) à la mi-octobre. À la troisième semaine de février, il était passé à une fréquence de 10,6% et a été détecté chez des patients de 25 États et territoires américains différents.

Le modèle SGTF peut se produire avec d’autres variantes du SRAS-CoV-2 qui présentent des mutations génétiques de pointe, mais les chercheurs ont découvert qu’en séquençant chaque échantillon SGTF qu’ils avaient de décembre à février, 662 des 986 échantillons (67%) contenaient le B.1.1. 7 variante. Cela suggère que le modèle SGTF sur les tests sur écouvillon peut fournir une indication rapide mais approximative de la prévalence B.1.1.7.

Variant est entré dans le pays plusieurs fois

L’analyse a également indiqué que B.1.1.7 depuis décembre a représenté une proportion en augmentation rapide des résultats du SGTF – par exemple, atteignant environ 95 pour cent en Californie à la mi-janvier. En plus des 659 cas B.1.1.7 qu’ils ont détectés via la méthode SGTF, les chercheurs ont trouvé trois autres cas de la variante B.1.1.7 parmi des échantillons recueillis dans le cadre des efforts de surveillance génomique impartiale du SRAS-CoV-2 en Californie.

Les 662 instances de B.1.1.7 séquencées dans l’étude provenaient d’échantillons recueillis dans 10 États américains, bien que les chercheurs notent que d’autres laboratoires de test couvrant un total de 33 États et territoires américains ont maintenant signalé au CDC au moins un B .1.1.7 cas.

L’analyse de type arbre généalogique des chercheurs des séquences B.1.1.7 détectées montre que la variante a été introduite aux États-Unis à plusieurs reprises depuis au moins fin novembre 2020, en particulier en Californie et en Floride, et à des périodes coïncidant avec une augmentation des déplacements, y compris Semaine de Thanksgiving.

Les scientifiques ont également constaté que la variante, dans l’ensemble, semble se propager 40 à 50% plus rapidement que les variantes du SRAS-CoV-2 qui dominaient auparavant. Ils ont estimé qu’à la première semaine de février 2021, B.1.1.7 représentait environ 4,3% des cas de COVID-19 aux États-Unis, dont 4,2% des cas en Californie et environ 11,5% des cas en Floride.