Depuis le début de la pandémie de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), plus de 220 millions de personnes ont été infectées et environ 4,56 millions de personnes ont perdu la vie dans le monde. L’agent causal de la pandémie est le coronavirus-2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), qui est un virus à ARN hautement infectieux appartenant à la famille des Coronaviridae.
Étude : Trajectoire de la charge virale dans une cohorte prospective basée sur la population avec une infection incidente au SRAS-CoV-2 G614. Crédit d’image : milliards de photos/Shutterstock
Sommaire
Fond
Les scientifiques ont travaillé à un rythme sans précédent et, fin 2020, plusieurs vaccins COVID-19 ont reçu une autorisation d’utilisation en émergence (EUA) de plusieurs organismes de réglementation mondiaux. Bien que des programmes de vaccination aient été lancés dans de nombreux pays, le virus continue de se propager pour deux raisons : vacciner l’ensemble de la population mondiale n’est pas facile, et à l’heure actuelle, la majorité de la population mondiale reste non vaccinée.
Une autre raison est l’émergence continue de variantes du SARS-CoV-2. Certaines des variantes, telles que les variantes Delta et Alpha, ont été classées comme variantes préoccupantes (VoC) qui sont plus virulentes que la souche d’origine et peuvent également échapper à la protection immunitaire induite par la vaccination ou le SRAS-CoV-2 naturel. infection. Certaines études ont révélé une réduction de l’activité neutralisante des anticorps dans le plasma convalescent, ce qui signifie que l’efficacité des vaccins approuvés contre les variantes du SRAS-CoV-2 est remise en question.
SARS-CoV-2 et excrétion virale précoce
L’excrétion virale précoce du SRAS-CoV-2 reste incertaine. Plusieurs études ont suivi des patients COVID-19 qui ont dû être hospitalisés et ont signalé les caractéristiques de détection nasale du SRAS-CoV-2 depuis le diagnostic initial jusqu’à l’évolution de l’infection. Cependant, un nombre limité d’études sont disponibles qui incluent des patients ambulatoires et rapportent leur dynamique virale et leurs symptômes à partir du moment de l’acquisition de l’infection plutôt qu’au moment du diagnostic. En outre, peu d’études sont disponibles sur l’excrétion virale précoce après une infection par le SRAS-CoV-2 VoC.
De plus, il est important de comprendre s’il existe une différence dans l’excrétion virale dans la souche originale du SRAS-CoV-2 portant la mutation D614G Spike (virus G614). Les scientifiques ont révélé que par rapport à la souche originale du SRAS-CoV-2, les VoC ont une charge virale plus élevée dans les échantillons respiratoires et une excrétion prolongée. La caractérisation de l’excrétion virale précoce est extrêmement importante car elle peut indiquer la transmission de nouvelles variantes. Ainsi, plus de temps serait disponible pour formuler des mesures préventives visant à freiner la propagation.
Une nouvelle étude
Dans une étude disponible sur le serveur de préimpression medRxiv*, les chercheurs visaient à caractériser l’excrétion virale précoce des patients infectés par le COVID-19. Les scientifiques ont enregistré des individus asymptomatiques exposés au SARS-CoV-2 dans une étude prospective avant l’émergence documentée du SARS-CoV-2 VoC. Les chercheurs ont mené un essai contrôlé randomisé de 829 participants asymptomatiques communautaires récemment exposés à une personne positive au COVID-19 (moins de 96 heures). Tous les participants ont été invités à prélever quotidiennement des écouvillons au milieu des cornets pendant une période de 14 jours et ont été soumis à une réaction en chaîne par polymérase par transcription inverse en temps réel (RT-
Les chercheurs ont veillé à ce que les individus inclus dans cette étude soient négatifs pour le SRAS-CoV-2 et que les échantillons n’aient été collectés qu’après avoir été récemment exposés à un patient COVID-19. Ces échantillons ont été utilisés pour évaluer les caractéristiques d’excrétion virale du SRAS-CoV-2, et les trajectoires d’excrétion ont été étudiées à l’aide d’une modélisation linéaire à effets mixtes par morceaux. L’ensemble du séquençage du génome a été réalisé sur les échantillons avec un seuil de cycle (Ct) <34.
Une version préimprimée de l’étude est disponible sur le site medRxiv* serveur pendant que l’article est soumis à une évaluation par les pairs.
Principales conclusions
Les chercheurs ont découvert que 57% des femmes d’un âge médian de 37 ans ont développé une infection incidente au cours des 14 jours suivant leur exposition à une personne positive au COVID-19. Deux cent quinze échantillons séquencés ont été attribués à 15 lignées appartenant au variant G614. Cette étude a rapporté que 43 % des participants ont excrété le virus pendant le jour 1, 18 % pendant 2 à 6 jours et 32 % pendant plus de sept jours, et que la charge virale maximale médiane Ct était de 38,5, 36,7 et 18,3, respectivement.
Les chercheurs ont observé la charge virale moyenne maximale au jour 3 de l’excrétion virale. Cette recherche a en outre signalé que les patients symptomatiques COVID-19 ont une charge virale plus élevée que les patients asymptomatiques, ce qui a été déterminé en étudiant les valeurs Ct. Les scientifiques ont utilisé un modèle statistique pour déterminer le temps médian entre l’excrétion et le pic de charge virale à 1,4 jours. L’étude a en outre révélé une médiane de 9,7 jours avant l’élimination du virus.
Conclusion
La présente étude présentait certaines limites. L’une des limitations était que la technique d’auto-échantillonnage et la dégradation de l’échantillon pouvaient fournir des résultats faussement négatifs. Bien que les échantillons aient été collectés fréquemment, il y avait une marge où les auteurs ont raté le pic de charge virale chez ceux dont la durée d’excrétion était plus courte. Cette étude a montré la trajectoire des infections variantes du SRAS-CoV-2 G614, où la réplication virale a culminé rapidement, suivie d’un déclin détendu. La durée de l’excrétion virale était hétérogène, et cette trajectoire indiquait une période limitée pour une intervention antivirale efficace.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
