Dans un article publié sur le bioRxiv* serveur de préimpression, un modèle mathématique a été utilisé pour explorer l’impact des réponses comportementales à la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) sur la résistance antimicrobienne (RAM) dans les communautés.
Les résultats ont montré que les réponses comportementales à la pandémie de COVID-19 peuvent influencer la résistance aux antibiotiques dans les populations.
Sommaire
Arrière plan
La RAM est une menace émergente pour le traitement et la gestion des maladies et est considérée comme une pandémie silencieuse. Une préoccupation majeure est la propagation mondiale rapide de bactéries pathogènes multi-résistantes et pan-résistantes (également appelées « superbactéries ») qui ne sont pas sensibles aux agents antimicrobiens existants.
L’évolution des bactéries, des virus, des champignons et des parasites au fil du temps entraîne une résistance aux antimicrobiens, ce qui rend les infections difficiles à traiter et augmente le risque de transmission de maladies, de maladies potentiellement mortelles et de décès. La résistance aux antimicrobiens rend les antibiotiques et autres médicaments antimicrobiens inefficaces en raison de la résistance aux médicaments, ce qui rend le traitement de plus en plus ardu, voire impossible.
Au milieu des efforts mondiaux pour lutter contre la RAM, la pandémie de COVID-19 en cours a détourné des ressources de santé publique considérables – qui ont été réorientées vers la lutte contre l’infection par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) et le confinement du COVID-19.
Les preuves suggèrent que la surutilisation ou l’abus d’antimicrobiens associés au COVID-19 aggrave la résistance aux antimicrobiens, comme cela a été démontré pendant et après la vague pandémique initiale. Pendant ce temps, les initiatives conçues pour contrôler les transmissions du SRAS-CoV-2 telles que les confinements, la distanciation sociale, les restrictions de voyage et l’utilisation d’équipements de protection barrière comme les masques faciaux pourraient avoir simultanément réduit la propagation des agents pathogènes résistants aux antimicrobiens.
On ne sait pas comment d’autres effets épidémiologiques mondiaux, tels qu’une capacité de surveillance inadéquate, un approvisionnement en antimicrobiens perturbé et une composition altérée du microbiome humain, peuvent modifier la dynamique épidémiologique de la résistance aux antimicrobiens.
Des études antérieures ont exploré l’interaction bactérie-virus pour comprendre comment les interactions pathogènes, telles que la grippe et Streptococcus pneumoniae peut avoir un impact sur la santé publique. Cependant, une recherche systématique menée via PubMed n’a trouvé aucun modèle épidémiologique décrivant la propagation simultanée du SRAS-CoV-2 et des bactéries résistantes aux antibiotiques.
L’objectif de la recherche actuelle était de démêler l’impact de la pandémie de COVID-19 en cours sur la prévalence et l’incidence des bactéries résistantes aux antibiotiques.
Pour étudier le mécanisme et l’impact de la charge d’infection du SRAS-CoV-2 sur les paramètres épidémiologiques, les chercheurs ont développé un modèle de transmission qui simule l’infection et la colonisation de bactéries sensibles et résistantes qui concordent avec le SRAS-CoV-2. S. pneumoniae a été utilisé comme indicateur de la colonisation bactérienne en raison de sa forte occurrence dans les milieux communautaires, de la multirésistance variée entre les pays et des différences démographiques, et aussi parce que les blocages du COVID-19 de 2020 ont permis de contrôler efficacement la transmission de cette espèce.
À propos de l’étude
L’étude actuelle a examiné six circonstances pandémiques variables sur 90 jours – chacune budgétisant les effets du COVID-19 sur la prescription d’antibiotiques et le comportement de contact interindividuel, ainsi que la présence ou l’absence d’un verrouillage à l’échelle de la population. Les infections par le SRAS-CoV-2 ont été considérées comme un processus susceptible-exposé-infectieux-récupéré (SEIR) – qui conduit à des transmissions d’infection lors de l’exposition à des personnes infectées.
En outre, les circonstances ont été analysées à l’aide d’une simulation pour évaluer les effets de la prévalence du portage microbien, les niveaux de résistance aux antibiotiques et l’incidence des maladies bactériennes invasives (MII) causées par des bactéries résistantes aux antibiotiques. L’étude a examiné comment des facteurs tels que l’émergence d’une nouvelle variante du SRAS-CoV-2, les interactions virales intra-hôte et les niveaux d’immunité hétérogènes dans les populations pourraient influencer l’incidence des MICI.
Tenir compte des plus de 100 sérotypes différents de S. pneumoniae, ainsi que le fait que la durée du portage du pneumocoque varie selon l’âge, deux analyses de sensibilité distinctes ont été réalisées. Ici, les chercheurs ont examiné comment ces paramètres peuvent influencer l’incidence des MICI et la résistance aux antibiotiques en ajustant la durée du portage bactérien [20, 30, and 50 days] et le coût de viabilité de la résistance [0, 0.03, and 0.05] tout en conservant la même valeur R0 de colonisation bactérienne que dans la première étude.
Les chercheurs ont également examiné les changements dans l’incidence des MII et la résistance aux antimicrobiens pour différentes combinaisons de paramètres afin de déterminer les impacts avec la même résistance bactérienne de base, ainsi qu’avec une résistance bactérienne de base variable. Ce modèle a pu être appliqué à n’importe quel agent pathogène bactérien résistant qui peut coloniser simultanément avec l’infection SARS-CoV-2.
Les résultats
Il a été observé que les vagues pandémiques de COVID-19 ont renforcé la résistance aux antibiotiques malgré les confinements et la colonisation bactérienne restreinte. Les taux de résistance aux antimicrobiens avaient tendance à augmenter avec l’augmentation des paramètres d’infections rampantes par le SRAS-CoV-2.
Il a été constaté que les confinements à l’échelle de la population supprimaient la colonisation des bactéries sensibles aux antibiotiques et la prévalence des bactéries résistantes aux antibiotiques, ainsi que l’incidence des MII – de plus de 70 %. Alors que la non-mise en œuvre des confinements dans le contexte de la pandémie a augmenté la prévalence des bactéries résistantes aux antibiotiques par rapport aux bactéries sensibles aux antibiotiques. Par conséquent, une augmentation du taux de résistance aux antibiotiques a été enregistrée dans tous les scénarios, bien qu’à des degrés divers, ce qui a eu des impacts durables, principalement après le non-respect des mesures préventives contre le COVID-19.
De plus, les périodes d’absence de confinement ont vu une tendance à la hausse des prescriptions d’antibiotiques, en particulier lorsque le nombre d’infections par le SRAS-CoV-2 a culminé – ce qui a entraîné la plus forte augmentation du taux de résistance (23 %) et de l’incidence des MII résistantes (6 %). Les variantes du SRAS-CoV-2 et l’immunité de la population semblaient déterminer l’ampleur des impacts pandémiques sur les incidences de MII résistantes par le biais d’expositions au sein de la communauté. Une analyse de sensibilité a révélé que l’ampleur de ces effets variait d’une espèce bactérienne à l’autre.
En plus de leur grande hétérogénéité au sein des pays et entre eux, les variants du SRAS-CoV-2 avec différents niveaux de transmissibilité et de gravité peuvent conférer des effets différentiels sur la RAM. L’infection par le SRAS-CoV-2 peut favoriser la progression de la colonisation à la maladie, tandis que les épidémies de COVID-19 semblaient précipiter une augmentation des affections à médiation immunitaire (IBD) résistantes aux antibiotiques.
Cependant, l’impact global du COVID-19 sur la RAM reste incertain et variera considérablement à court, moyen et long terme, selon l’organisme et l’environnement en question.
Il est important de noter que, bien que le modèle utilisé dans cette étude ait été construit et paramétré autour de S. pneumoniae, d’autres espèces bactériennes peuvent avoir été touchées différemment par l’épidémie de COVID-19.
Les résultats suggèrent que les réponses à la pandémie de COVID-19 pourraient avoir un impact significatif sur la résistance aux antibiotiques dans la communauté – soulignant l’importance de surveiller la résistance pendant les épidémies pandémiques.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
