La pandémie Covid-19 a mis en évidence le besoin urgent d'agents thérapeutiques efficaces contre le SARS-COV-2. Bien que les vaccins aient aidé à contrôler la propagation du virus, l'émergence de nouvelles variantes continue de remettre en question les efforts de santé mondiaux. Les inhibiteurs de petite molécule ciblant les protéines virales pourraient servir d'alternative efficace pour contrôler la propagation de Covid-19 aux niveaux individuel et communautaire.
Dans cette veine, une étude récente dirigée par le professeur agrégé Md. Altaf-ul-amin, ainsi que Muhammad Alqaaf, Ahmad Kamal Nasution, Mohammad Bozlul Karim, Mahfujul Islam Ruman, Naoaki Ono et Shigehiko Kanaya du Nara Institute of Science and Technology (Nast), le Japon, ainsi que Muamad Hendrich et de la technologie (Nast), le Japon, le Japon, ainsi que Muamad Hendrich et Technology), le Japon, le Japon, le Japon, comme Muamad Hendrich et Technology), le Japon, le Japon, le Japon, comme Muamad Hendric Sedayu et Retno Supriyanti de l'Université de Jenderal Soedirman, en Indonésie, ont exploré les produits naturels comme inhibiteurs potentiels de la protéine de pointe SARS-COV-2 en utilisant des méthodes de calcul.
Comme décrit dans leur article publié dans le volume 15 de Rapports scientifiques Le 2 janvier 2025, l'équipe de recherche a utilisé une analyse d'amarrage moléculaire pour filtrer une bibliothèque diversifiée de composés naturels qui pourraient agir contre les protéines de pointe. En simulant les interactions au niveau atomique, ils ont identifié plusieurs molécules prometteuses avec des affinités de liaison élevées. Ces composés peuvent interférer avec les mécanismes d'entrée viraux, réduisant ainsi l'activité virale.
« Les variantes des protéines de pointe peuvent être divisées en cinq grappes distinctes en fonction de la similitude de leurs séquences et fonctions d'acides aminés« a révélé le professeur agrégé Md. Altaf-ul-amin. Il a ajouté en outre »Ce clustering a été effectué à l'aide d'un algorithme et d'un logiciel développés en interne nommé DPCLUSSBO, qui a aidé à classer efficacement les protéines de pointe«De plus, les produits naturels examinés dans cette étude provenaient de la base de données à dos de Knapsack, qui a également été développé au laboratoire de l'équipe de recherche. Cette base de données contient un ensemble de données complet de produits naturels utile pour la découverte de médicaments.
Un total de 11 composés naturels ont été identifiés: céphaeline, émétine, uzarigénine, linifoline A, caféine, colchamine, cytidine, (+) – acide épijasmonique, 11-hydroxyvittatine, staurosporine et paxilline. Parmi eux, la caféine était particulièrement remarquable, car on le trouve couramment dans le café et les boissons caféinées. L'amarrage moléculaire ainsi que d'autres analyses ont révélé que la caféine se lie fortement au site actif de la protéine de pointe et présente une stabilité de liaison élevée. Notamment, une analyse de pertinence de médicament a suggéré que la caféine possède une excellente solubilité et un potentiel significatif en tant que candidat au médicament oral.
La découverte qu'un composé largement connu et consommé tel que la caféine fonctionne comme un inhibiteur du SARS-COV-2 présente une possibilité thérapeutique intéressante. En plus de son potentiel contre l'invasion virale, la caféine joue un double rôle dans un large éventail d'applications médicales en raison de ses effets neuroprotecteurs et anticancéreux. Ces propriétés soulignent sa polyvalence et démontrent son impact positif potentiel sur la santé mondiale. « Nos résultats mettent en évidence le potentiel des produits naturels dans la lutte contre Covid-19. Les composés identifiés fournissent une base pour de nouvelles stratégies de validation expérimentale et de développement de médicaments« Explique Muhammad Alqaaf, premier auteur de l'étude.
Cette recherche contribue au domaine plus large de la découverte de médicaments informatiques en démontrant comment la bioinformatique et la modélisation moléculaire peuvent accélérer l'identification de nouveaux inhibiteurs viraux. Les recherches futures se concentreront sur le in vitro et in vivo Validation des composés identifiés, ainsi que des modifications structurelles potentielles pour améliorer leur activité antivirale.
