Lors de la première inspection, les mutations de la variante delta covid hautement contagieuse ne semblent pas si inquiétantes.
Pour commencer, delta a moins de changements génétiques que les versions antérieures du coronavirus.
« Quand les gens ont vu que l’épidémie en Inde était due au delta, ils ne se sont pas doutés que ce serait si grave ou qu’elle dépasserait d’autres variantes », a déclaré Trevor Bedford, biologiste évolutionniste au Fred Hutchinson Cancer Research Center.
Mais ces attentes étaient fausses.
Delta a conservé certaines des mutations les plus réussies trouvées dans les variantes antérieures, mais contient également de nouveaux changements génétiques qui lui permettent de se propager deux fois plus rapidement.
Delta est plus dangereux à bien des égards. Il a une période d’incubation de quatre jours au lieu de six, ce qui rend les gens contagieux plus tôt. Lorsque la pandémie a commencé, les gens ont propagé le coronavirus d’origine à deux ou trois personnes en moyenne. Aujourd’hui, les personnes infectées par le delta infectent en moyenne six personnes.
À partir de cette semaine, la variante delta avait causé au moins 92% des nouvelles infections aux États-Unis, selon covariants.org, une société de recherche à Berne, en Suisse.
Bien que le delta ne soit pas nécessairement plus mortel que les autres variantes, il peut tuer un grand nombre de personnes simplement parce qu’il en infecte beaucoup plus, a déclaré le Dr Eric Topol, fondateur et directeur du Scripps Research Translational Institute.
Les scientifiques ont séquencé les mutations de delta mais essaient toujours de comprendre leur signification, a déclaré Angela Rasmussen, virologue à l’Organisation des vaccins et des maladies infectieuses de l’Université de la Saskatchewan. « Lorsque nous voyons les mêmes mutations apparaître de manière répétée et indépendante, cela suggère qu’elles sont importantes », a déclaré Rasmussen.
Les scientifiques ont la meilleure compréhension des mutations sur la soi-disant protéine de pointe – qui dépasse de la surface du virus comme une massue – et qui ont été étudiées le plus intensément en raison de ses graves ramifications, a déclaré Rasmussen. Le coronavirus utilise la protéine de pointe pour pénétrer dans les cellules humaines, et des changements dans la pointe peuvent aider le virus à échapper aux anticorps.
Les scientifiques pensent que l’un des domaines les plus importants du pic est le domaine de liaison au récepteur, la partie spécifique de la protéine qui permet au virus de s’accrocher à un récepteur à la surface de nos cellules, a déclaré Vaughn Cooper, professeur de microbiologie et de biologie moléculaire. génétique à l’Université de Pittsburgh. Les récepteurs sont comme des sockets ou des stations d’accueil qui permettent aux protéines d’interagir avec la cellule. Une fois que le virus a pénétré dans la cellule, il peut causer des ravages, détournant la machinerie génétique de la cellule et la transformant en une usine de fabrication de virus.
Le mélange inquiétant de Delta
La propagation rapide de Delta est particulièrement surprenante étant donné qu’il manque deux mutations qui ont rendu les variantes antérieures si effrayantes.
Delta n’a pas la mutation de pointe N501Y trouvée dans les variantes alpha, bêta et gamma, ce qui leur a permis d’envahir les cellules avec plus de succès que le virus d’origine. Cette mutation a modifié un acide aminé – un élément constitutif des protéines – dans le domaine de liaison au récepteur.
Delta n’a pas non plus la mutation E484K, ce qui a rendu la variante gamma si inquiétante. Ce changement génétique, parfois appelé « Eek », permet au virus de se propager même parmi les personnes vaccinées.
(Les scientifiques utilisent l’alphabet grec pour nommer les variantes préoccupantes.)
« Le ‘D’ dans delta signifie ‘différent’ et un ‘détour’ vers un chemin de mutation génomique différent », a déclaré Topol. « Mais cela ne signifie pas » malheur « », a-t-il déclaré, notant que les vaccins covid existants restent principalement efficaces contre la variante delta.
Les vaccins protègent les gens du covid en leur fournissant des anticorps qui se fixent à la protéine de pointe, empêchant le virus de pénétrer dans les cellules. En réduisant considérablement le nombre de virus qui pénètrent dans les cellules, les vaccins peuvent empêcher les gens de développer une maladie grave et les rendre moins infectieux pour les autres.
Delta partage des mutations avec d’autres variantes réussies. Comme toutes les variantes identifiées en circulation, delta contient une mutation de pointe appelée D614G, parfois connue sous le nom de « Doug », qui est devenue omniprésente l’année dernière.
Les scientifiques pensent que Doug augmente la densité de la protéine de pointe à la surface des particules virales et facilite l’entrée du virus dans les cellules.
Delta a également une mutation de pointe appelée P681R, qui ressemble étroitement à une mutation dans la variante alpha qui semble produire des charges virales plus élevées chez les patients, a déclaré Cooper. Les personnes infectées par le delta ont 1 000 fois plus de virus dans leurs voies respiratoires, ce qui les rend plus susceptibles de propager le virus lorsqu’elles éternuent, toussent ou parlent.
La mutation P681R, également trouvée dans la variante kappa, est située au début d’une partie du génome appelée site de clivage de la furine, a déclaré Cooper.
La furine est une enzyme humaine naturelle qui est détournée par le coronavirus, qui l’utilise pour découper la protéine de pointe dans la forme optimale pour entrer dans la cellule, a déclaré Rasmussen. La nouvelle mutation rend cette sculpture plus efficace, a déclaré Rasmussen.
Une autre mutation delta – également trouvée dans kappa et epsilon – est appelée L452R. Les expériences suggèrent que cette mutation, qui affecte également le domaine de liaison au récepteur, agit pour empêcher les anticorps de neutraliser le virus, a déclaré Cooper.
Ces mutations semblent être plus redoutables en équipe que seul.
Les changements génétiques « font certainement quelque chose, mais pourquoi cette combinaison rend la variante delta plus adaptée n’est pas tout à fait évident », a déclaré Bedford. « Les mettre ensemble semble important. »
Delta a également développé des changements génétiques non observés dans d’autres variantes.
Une telle mutation de pointe est appelée D950N. « Cela pourrait être unique », a déclaré Cooper. « On ne voit ça nulle part ailleurs. »
La mutation D950N est différente des autres mutations car elle est située en dehors du domaine de liaison au récepteur dans une zone du génome du coronavirus qui aide le virus à fusionner avec les cellules humaines, a déclaré Cooper. La fusion avec des cellules humaines permet au coronavirus de déverser son matériel génétique dans ces cellules.
Cette mutation pourrait affecter les types de cellules que le virus infecte, lui permettant potentiellement de nuire à différents organes et tissus. Les mutations dans cette région sont également associées à des charges virales plus élevées, a déclaré Cooper.
Delta contient également des mutations dans une partie de la protéine de pointe appelée domaine N-terminal, qui fournit un « supersite » aux anticorps pour s’accrocher au virus et l’empêcher de pénétrer dans les cellules, a déclaré le Dr Hana Akselrod, spécialiste des maladies infectieuses au École de médecine et des sciences de la santé de l’Université George Washington.
Les mutations dans cette région rendent les anticorps monoclonaux moins efficaces dans le traitement du covid et augmentent la capacité du variant delta à échapper aux anticorps générés par le vaccin, a déclaré Akselrod. Cela peut expliquer pourquoi les personnes vaccinées sont légèrement plus susceptibles d’être infectées par le delta, provoquant principalement une maladie bénigne mais leur permettant de transmettre le virus.
Le futur cap de Delta
Les scientifiques disent qu’il est impossible de prédire exactement comment le delta se comportera à l’avenir, bien que Topol ait déclaré: « Cela va empirer ».
Topol a noté que les épidémies de delta ont tendance à durer de 10 à 12 semaines, car le virus « brûle » les populations sensibles.
Si les États-Unis continuent de suivre un schéma observé au Royaume-Uni et aux Pays-Bas, les infections pourraient passer de la moyenne mobile actuelle sur sept jours de 42 000 cas à 250 000 par jour. Pourtant, Topol a déclaré que les États-Unis ne subiraient probablement pas les taux de mortalité élevés observés en Inde, en Tunisie et en Indonésie, car près de la moitié de la population d’ici est entièrement vaccinée.
Alors que certaines études ont conclu que le vaccin Johnson & Johnson stimule des anticorps puissants et persistants contre le delta, un nouveau rapport a révélé que les anticorps provoqués par une seule injection peuvent ne pas suffire à neutraliser le delta. Les auteurs de cette étude, de la New York University Grossman School of Medicine, ont suggéré qu’une deuxième dose pourrait être nécessaire.
Selon une nouvelle étude publiée dans le New England Journal of Medicine, deux doses du vaccin Pfizer-BioNTech protègent 94 % des personnes contre toute infection symptomatique par la variante alpha, contre 88 % contre la variante delta. Deux doses du vaccin AstraZeneca protègent 75 % des personnes contre l’alpha et 67 % contre le delta.
Cooper a déclaré que les vaccins contre le covid offrent une protection remarquablement bonne. « Je célébrerai toujours ces vaccins comme les réalisations scientifiques de ma vie », a-t-il déclaré.
Le meilleur moyen de ralentir l’évolution des variantes est de partager les vaccins avec le monde, en vaccinant autant de personnes que possible, a déclaré Bedford. Étant donné que les virus subissent des modifications génétiques uniquement lorsqu’ils se propagent d’un hôte à un autre, l’arrêt de la transmission les empêche de muter.
Que le coronavirus évolue ou non dans des variantes plus mortelles « est totalement entre nos mains », a déclaré Cooper. « Si le nombre d’infections reste élevé, il va continuer à évoluer. »
En ne contenant pas le virus par la vaccination, en portant des masques et en évitant les foules, les gens permettent au coronavirus de se transformer en des formes de plus en plus dangereuses, a déclaré le Dr William Haseltine, un ancien professeur de la Harvard Medical School qui a aidé à concevoir des traitements contre le VIH/sida.
« Ça va mieux, et nous l’améliorons », a-t-il déclaré. « Avoir la moitié de la population vaccinée et la moitié non vaccinée et non protégée – c’est l’expérience exacte que je concevrais si j’étais un diable et que j’essayais de concevoir un virus anti-vaccin. »
