Dans une étude récente publiée dans Médecine des voyages et maladies infectieusese, les chercheurs ont analysé phylogénomiquement le virus de la variole du singe (MPXV).
Sommaire
Arrière plan
Depuis mai 2022, plusieurs rapports font état d’une augmentation des infections à MPVX dans les pays non endémiques du monde. La pandémie actuelle de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a mis en évidence l’importance de la surveillance génomique pour surveiller l’évolution des agents pathogènes qui menacent la santé publique.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué l’évolution et la diversité des génomes de MPVX à l’aide d’une analyse phylogénomique.
L’équipe a analysé un total de 337 données génomiques MPVX complètes et de haute qualité disponibles dans les bases de données de l’Initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID) et du National Center for Biotechnology Information (NCBI) virales à partir du 29 juin 2022. L’analyse a été effectuée selon le schéma suivant. L’équipe a aligné les données génomiques à l’aide de l’outil NextClade v2.1.0, suivi de l’analyse descriptive des génomes alignés ainsi que du nombre d’infections par le MPVX. Par la suite, l’équipe a analysé les relations phylogénomiques entre les séquences génomiques disponibles publiquement.
L’analyse phylogénomique a été réalisée à l’aide de l’ensemble de données aligné dérivé de NextClade. Les ensembles de données ont été utilisés pour développer davantage un maximum de vraisemblance (ML). De plus, l’équipe a évalué la date d’introduction potentielle ainsi que la dynamique de dispersion des infections à MPVX. L’arbre obtenu à partir de cette évaluation a été représenté dans l’arbre de vie interactif (iTOL), dans lequel les clades ont été attribués en fonction du système de classification intrataxa. Ce système a été utilisé car il décrivait avec précision la diversité virale et incluait des virus appartenant aux réservoirs animaux ainsi que des épidémies humaines passées, y compris les clades MPXV 1, 2 et 3.
Résultats
Les résultats de l’étude ont montré que les pays non endémiques, dont l’Espagne, l’Angleterre et l’Allemagne, ont signalé le plus grand nombre de cas de MPXV. De plus, 32,6 % des séquences génomiques accessibles au public ont été obtenues en Allemagne, tandis que 13,4 % ont été obtenues au Portugal. De plus, parmi les génomes issus de zones non endémiques, 77,4 % appartenaient à la lignée B1 du MPXV Clade 3, 10,4 % au MPXV Clades 1 et 2,5 % au MPXV Clades 2. Entre 1970 et 1996, les années du premier et deuxième foyers de MPXV, le MPXV a été trouvé dans des pays endémiques, dont la République démocratique du Congo (RDC), le Cameroun et le Nigeria. Cependant, la troisième épidémie en 2003 a détecté la présence des génomes du MPXV dans des pays non endémiques.
La phylogénie à échelle temporelle maximale de vraisemblance (ML-TSP) a révélé que les trois principaux clades de MPXV présentaient un regroupement de séquences virales dérivées de réservoirs animaux et d’épidémies d’infection passées chez l’homme. Ces trois clades se sont avérés monophylétiques et comprenaient : (1) 35 génomes humains de MPXV liés aux épidémies survenues en Afrique centrale entre 1970 et 2017, (2) MPXV Clade 2 ayant 16 génomes appartenant à différents pays détectés entre 1970 et 2017, et (3) MPXV Clade 3 ayant 286 génomes appartenant aux épidémies survenues entre 2017 et 2022. Le Clade 3 comprenait le clade humain MPXV-1A ainsi que les nouvelles lignées A.1, A.1.1 et B1, où B.1 comprenait les génomes MPXV détectés lors de l’épidémie de MPXV de 2022. De plus, la phylogénie à l’échelle temporelle a révélé que le groupe le plus ancestral était MPXV Clade 1, tandis que les groupes les plus récents étaient les clades hMPXV-1A.
Conclusion
Les résultats de l’étude ont montré que tous les génomes détectés dans l’épidémie actuelle de MPXV chez l’homme en 2022 ont une lignée monophylétique remarquable par rapport aux lignées observées lors des précédentes épidémies de MPXV humain. Cette divergence frappante par rapport aux lignées passées met en évidence la signature mutationnelle accrue, indiquant une voie évolutive accélérée. L’étude a suggéré que les variations génomiques notées pourraient être responsables de la transmission efficace et de l’augmentation du nombre d’infections au MPXV observées lors de l’épidémie de MPXV de 2022.
