Dans un récent rapport rendu disponible sur bioRxiv * preprint server, des chercheurs de Pologne et de Finlande révèlent un événement de contagion du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère adapté au vison (SRAS-CoV-2) du vison d’élevage à l’homme après un processus d’adaptation approfondi.
Même avant la pandémie en cours de la maladie à coronavirus 19 (COVID-19), les coronavirus étaient déjà connus comme des agents pathogènes zoonotiques. Le SRAS-CoV-2 est en fait le troisième membre hautement pathogène de cette famille à être apparu dans le 21st siècle (après les virus SRAS-CoV et MERS-CoV).
Et bien que des activités de vaccination de masse contre le COVID-19 soient actuellement en cours au niveau mondial, nous ne savons toujours pas encore comment cette pandémie (et son virus causal) prendra fin. En d’autres termes, les concepts très vantés d’immunité des troupeaux et d’éradication virale sont de plus en plus considérés comme irréalistes lorsque la prévalence, la diversité génétique et les réservoirs animaux omniprésents sont pris en compte.
Différentes espèces de mammifères dans le monde seraient porteuses du SRAS-CoV-2 – notamment les chiens, les chats, les félins, les visons, les furets et les cerfs. En outre, des infections par le SRAS-CoV-2 ont été récemment confirmées chez des visons d’élevage dans les pays européens.
Plus précisément, le cycle de transmission virale du vison infecté à l’homme a été signalé aux Pays-Bas et au Danemark. Ces résultats sont particulièrement importants pour la Pologne, qui est le deuxième producteur de peaux de vison en Europe.
C’est pourquoi des chercheurs de Pologne et de Finlande, dirigés par le Dr Lukasz Rabalski de la Faculté interuniversitaire de biotechnologie de l’Université de Gdansk et de l’Université de médecine de Gdansk en Pologne, ont cherché à évaluer s’il y avait des retombées du SRAS-CoV-2 provenant d’élevages visons aux humains.
Sommaire
De l’évaluation de la prévalence aux séquences détaillées
Ce groupe d’étude (aux côtés d’autres groupes indépendants) a récemment mis en évidence une infection active par le SRAS-CoV-2 chez des visons d’élevage dans le nord de la Pologne à la mi-novembre 2020. Bien que la prévalence virale soit faible et qu’il n’y ait eu que des cas isolés, ils ont séquencé les isolats et écarté toute possibilité de contamination.
Les données les plus récentes acquises et déposées par le laboratoire de l’Institut national de recherche vétérinaire en Pologne ont montré la présence de variants du SRAS-CoV-2 provenant d’animaux situés dans la même ferme. Cependant, une analyse phylogénétique ultérieure a indiqué que le virus appartient à la lignée B.1.1.279 (classification Pangolin), ce qui n’a guère été une surprise compte tenu de sa prévalence en Europe.
Dans cette étude, le séquençage du génome du SRAS-CoV-2 a été effectué à l’Université de Gdansk en Pologne avec l’utilisation d’ARN contenant un échantillon isolé à partir d’un écouvillon positif (c’est-à-dire l’amplification de deux gènes cibles avec la chaîne de transcription inverse-polymérase réaction).
Les lectures obtenues ont ensuite été appelées de base, débarcodées et coupées afin de supprimer les séquences d’adaptateur, de code à barres et d’amorce, tandis qu’un logiciel de pipeline ARCTIC spécifique a été utilisé pour générer le génome du SARS-CoV-2. Enfin, une analyse phylogénétique a été réalisée avec l’utilisation de la procédure mise en évidence dans le projet open source connu sous le nom de Nextstrain.org.
Fermer le clustering et les mutations
Dans la présente étude, un cas d’infection par un variant du SRAS-CoV-2 adapté au vison a été rapporté chez un hôte humain asymptomatique. L’analyse phylogénétique a montré que ce virus spécifique se regroupait étroitement avec les isolats viraux de visons.
De plus, les chercheurs ont trouvé la présence de quatre mutations dans le gène de la protéine de pointe (qui inclut la mutation Y453F précédemment signalée comme émergente chez les visons), mais aussi d’autres dans un isolat obtenu à partir d’un patient positif au SRAS-CoV-2.
Les mutations spécifiques du variant adapté au vison étaient présentes dans la séquence génomique virale, validant l’hypothèse selon laquelle la voie probable de contraction provenait d’animaux. Il y avait aussi une nouvelle mutation précédemment observée dans aucun isolat de SRAS-CoV-2 dans le monde; celui-ci tronque en fait un cadre de lecture ouvert (ORF) 7b à la position L22.
Considérations épidémiologiques
La variante émergente décrite dans cette étude indique clairement l’adaptation du SRAS-CoV-2 à l’animal hôte, avec certaines mutations ponctuelles fixées tôt au cours du cycle de transmission entre les animaux et des changements supplémentaires s’accumulant au fil du temps.
Bien que le rôle exact des mutations reste à déterminer, elles peuvent fournir une meilleure aptitude au nouvel hôte », expliquent les auteurs de l’étude. «On ne sait toujours pas si ces caractéristiques modifient le cours de la transmissibilité de la maladie ou de l’immunogénicité chez l’homme.»
Dans tous les cas, cette variante doit être étroitement surveillée dans la population générale. Ces résultats confirment essentiellement la nécessité d’une surveillance des animaux à l’échelle du pays, ainsi que d’une analyse méticuleuse et génétique des patients positifs au SRAS-CoV-2.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
