Chauves-souris en fer à cheval (Rhinolophus sp.) sont des réservoirs connus de coronavirus zoonotiques (CoV). Au cours des vingt dernières années, les virus qui auraient provenu de ces chauves-souris ont donné lieu à deux flambées épidémiques de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) chez l’homme: le SRAS-CoV-1 en 2002/2003, qui était principalement limité à l’Asie, et le SARS-CoV-2 circulant actuellement dans le monde, identifié pour la première fois en décembre 2019.
Plusieurs espèces de chauve-souris en fer à cheval sont réparties dans une grande partie de l’Eurasie et de l’Afrique du Nord, et hébergent un certain nombre de coronavirus de type SRAS non encore identifiés. Alors qu’une grande partie du monde reste sous l’emprise de l’épidémie de SRAS-CoV-2 de 2019 près de 18 mois plus tard, il est d’une grande importance d’identifier et de déterminer la prévalence des coronavirus adjacents au SRAS dans les populations de chauves-souris en fer à cheval d’où pourraient provenir de futures épidémies.
Un groupe de scientifiques russes, dirigé par le Dr Sergey Alkhovsky de l’Institut de recherche Gamaleya en épidémiologie et microbiologie, a identifié deux nouveaux coronavirus circulant dans les populations locales de chauves-souris en fer à cheval russes. Leurs données fournissent des informations essentielles sur la diversité génétique des coronavirus de chauves-souris, ainsi que sur les conditions régionales et temporelles susceptibles de favoriser la propagation de l’infection.
Le document de recherche préimprimé est disponible pour lecture sur le bioRxiv* serveur.
L’étude
Alkhovsky et ses collègues ont collecté 120 échantillons oraux (salive et buccale) et 77 échantillons fécaux de cinq espèces de chauves-souris fer à cheval. Le résidu viral a été isolé et séparé des particules animales et étudié en utilisant une analyse phylogénétique du «maximum de vraisemblance».
Deux nouveaux coronavirus appartenant à la Bétacoronavirus genre de CoV (comme SARS-CoV-1 et -2) ont été identifiés, nommés BtCoV / Khosta-1 / Rh / Russia / 2020 et BtCoV / Khosta-2 / Rh / Russia / 2020 (Khosta-1 et Khosta-2, pour faire court).
Une analyse génétique plus poussée a montré que l’organisation du génome de ces deux coronavirus présentait la similitude la plus significative avec deux coronavirus de type SRAS identifiés chez le fer à cheval bulgare et kenyan en 2008 et 2007, respectivement. Contrairement aux coronavirus de type SRAS en Asie de l’Est, ces coronavirus sont dépourvus d’ORF8, une protéine non structurale présente dans les SRAS-CoV 1 et 2.
Khosta-1 est le plus étroitement lié au CoV bulgare 2008, mais a également montré une forte similitude avec le SRAS-CoV-2 et d’autres CoV d’origine chinoise. Fait intéressant, cependant, les protéines structurales de Khosta-1 sont plus similaires à celles trouvées dans le CoV 2007 kenyan.
On a constaté que Khosta-2 était généralement moins similaire aux autres CoV de chauve-souris que Khosta-1. Il présente à peu près le même degré de similitude avec Khosta-1 qu’avec les CoV de chauves-souris précédemment identifiés.
Khosta-1 a été trouvé principalement dans les grandes chauves-souris fer à cheval de la grotte de Kolokolnaya, tandis que Khosta-2 a été trouvé à des taux inférieurs mais plus dispersés géographiquement et taxonomiquement.
Carte de la région où les échantillons de chauves-souris ont été prélevés. L’emplacement du parc national de Sotchi et de ses environs est indiqué en gris.
Conclusions
En raison de leur absence du gène ORF8, ces deux nouveaux virus semblent constituer une image d’une lignée «occidentale» de coronavirus de type SRAS, différente des lignées «orientales» contenant le SRAS-CoV et le SRAS-CoV-2.
La différence dans la distribution des deux virus, soupçonnent les auteurs, pourrait être due à la forte densité de population des chauves-souris résidant dans les cavernes de Kolokolnaya, ou à des changements saisonniers de viralité.
La diversité génétique de ces virus continue d’augmenter au-delà de ce que l’on connaissait auparavant. En raison des mutations rapides et des échanges génétiques entre virus, il y a un afflux constant de nouveaux virus susceptibles d’apparaître régulièrement au sein des populations de chauves-souris en circulation.
Ces types d’études aident à identifier les souches qui pourraient devenir des variantes préoccupantes à l’avenir. Pour l’instant, la diversité, la prévalence, la gamme d’hôtes et le niveau de menace pour les humains n’ont pas encore été établis. Mais au fur et à mesure que se poursuivent les études futures sur des échantillons de plus grande taille, ces facteurs seront certainement bientôt déterminés.
Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.
