La pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), causée par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), a éludé à plusieurs reprises les interventions non pharmaceutiques (INM) dans le monde entier. Une autre préoccupation majeure dans le monde est la propagation des variantes du SRAS-CoV-2, y compris B.1.1.7 et B.1.351. Un nouveau document de recherche publié sur le serveur de pré-impression medRxiv* rapporte la montée d’une nouvelle lignée à Tokyo, au Japon, portant une combinaison de deux mutations biologiquement importantes.
Tokyo a connu une augmentation des cas de SRAS-CoV-2 au cours des deux derniers mois, même si les Jeux d’été de 2020 ne sont qu’à 64 jours. Seiko Hashimoto, président de Tokyo 2021, a déclaré que des filets de sécurité étaient en cours de mise en place, mais certains hauts fonctionnaires et médecins pensent toujours qu’il n’est pas judicieux de procéder, compte tenu de l’augmentation du nombre de cas.
Sommaire
Arrière-plan
Non seulement de nouvelles variantes sont constamment apparues dans des endroits éloignés après l’imposition de verrouillages, mais plusieurs variantes ont montré la capacité d’échapper à la neutralisation par des anticorps provoqués par une infection naturelle ou par des vaccins basés sur l’antigène de pointe des variantes antérieures du virus.
Afin de détecter ces variantes plus tôt au cours de leur propagation dans une population locale, un séquençage à grande échelle est nécessaire. Cela est devenu d’autant plus urgent compte tenu de la propagation de nouvelles variantes menaçantes telles que la variante britannique B.1.1.7 et la variante sud-africaine B.1.351, connues pour être hautement transmissibles et résister partiellement à la neutralisation par les nouveaux vaccins, respectivement.
Cette étude occupe un domaine moins étudié de l’infection par le SRAS-CoV-2. Le séquençage du génome entier montre que la souche R.1, avec la mutation E484K mais pas N501Y, fait partie de la lignée ancestrale B.1.1.316. Le R.1. La lignée porte les mutations déterminantes W152L, E484K, D614G, G769V.
La variante britannique B.1.1.7 porte la mutation de pointe N501Y, tandis que la variante japonaise B.1.1.214 ne contient ni les mutations N501Y ni E484K.
Détails de l’étude
L’étude a utilisé des échantillons nasopharyngés de plus d’une centaine de patients, collectés entre février et avril 2021. Tous les échantillons ont été testés pour le matériel génétique du SRAS-CoV-2 (ARN, acide ribonucléique) comme signe d’infection productive.
Les échantillons ont été soumis à une réaction en chaîne par transcription inverse-polymérase (RT PCR) pour détecter spécifiquement deux mutations – la mutation N501Y, trouvée dans ces deux variantes, et la mutation E484E, trouvée dans le B.1.351. La RT PCR a été réalisée avec des amorces pour spike protéine contenant ces mutations individuellement.
Comme chacun de ces variants produit sa propre courbe de fusion, cette analyse des courbes de fusion des produits de PCR a été utilisée pour déterminer si le variant était des types 501N, 501Y, 484E ou 484K.
Simultanément, certains échantillons ont subi un séquençage du génome entier. Là encore, des facteurs cliniques tels que la mortalité et l’admission en unité de soins intensifs ont également été pris en compte afin de corréler la gravité de la maladie avec la mutation E484E.
Quels ont été les résultats?
L’étude montre que tous les échantillons provenant de patients ambulatoires et hospitalisés dans un seul centre de Tokyo, l’hôpital universitaire médical et dentaire de Tokyo, appartenaient principalement à la lignée 501N + 484E, également appelée lignée européenne, jusqu’en février 2021. Autrement dit, pendant cette période , quatre des cinq cas ont été causés par cette lignée, sans aucune des mutations de pointe mentionnées ci-dessus.
Seulement environ 8% comprenaient le type 501N + 484K en février, avec une mutation à E484 mais pas N501. C’est ce qu’on appelle la variante R.1. Cependant, en mars, la lignée européenne 501N + 484E a été remplacée par la variante R.1, qui représentait 46% (presque la moitié) du total des génomes séquencés en mars, contre 8% en février.
A la fin du mois de mars, le type 501Y + 484E est apparu, où le site N501 a subi une mutation.
En avril, non seulement le nombre de cas de COVID-19 a augmenté, mais la variante positive au N501Y a augmenté pour représenter la moitié de tous les cas. Sur toute la période d’étude de trois mois, la combinaison de N501Y avec des mutations E484K, comme cela se produit dans les variantes sud-africaines et brésiliennes (P.1), n’a pas été détectée.
Cette augmentation de la prévalence de la variante R.1 accompagne une augmentation simultanée du nombre d’infections au COVID-19 dans l’ensemble. En fait, comme Tokyo
Cependant, les chercheurs soulignent qu’il est possible qu’en dessous d’une concentration d’ARN viral de 100 copies / μL ou inférieure à 1000 copies / μL, les variants aux positions 501 et 484, respectivement, ne soient pas détectés avec précision.
Les variables cliniques n’étaient associées de manière significative à aucun des deux groupes, avec ou sans la mutation E484K. Cependant, les personnes atteintes de cette mutation avaient tendance à avoir une durée d’hospitalisation plus courte.
Quelles sont les implications?
La variante R.1 a été signalée aux États-Unis et en Europe, mais ce type de propagation dominante dans une localité est décrit pour la première fois dans cet article.
L’étude a eu lieu dans des séquences collectées auprès de patients dans un hôpital de Tokyo, mais un échantillonnage aléatoire de patients de Tokyo récemment effectué dans une autre étude a confirmé que les variantes R.1 avaient atteint une prévalence élevée.
Le remplacement rapide des variantes B.1.1.214 par les variantes R.1 en un mois indique que cette dernière est plus contagieuse, confirmant les rapports antérieurs. Les visiteurs étrangers aux Jeux olympiques ont déjà été interdits et les supporters nationaux seront probablement également exclus, car le Japon est déjà entré dans la quatrième vague de la pandémie.
Cependant, cette variante ne montre pas de preuve d’une virulence accrue, c’est-à-dire d’une maladie plus grave. Cependant, la mutation E484K est associée à une évasion immunitaire et, en fait, des éclosions de R. se sont produites dans une maison de soins infirmiers après la vaccination de tous les résidents et gardiens ou autres travailleurs de l’établissement. Notamment, le groupe vacciné avait une incidence d’infection plus faible que la population non vaccinée.
De nombreuses préfectures sont déjà des zones de confinement, car plus de 700 à 1000 nouveaux cas sont ajoutés chaque jour dans différentes zones. De plus, le déploiement des vaccins a été particulièrement lent dans ce pays, moins d’un pour cent des Japonais ayant été vaccinés jusqu’à présent.
« Nous pensons que les tests de détection de la mutation E484K et la surveillance des distributions de variantes R.1 sont importants pour le contrôle de l’infection par le SRAS-CoV-2. «
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.
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