Les bactéries cachées dans la viande achetée quotidiennement en magasin peuvent être à l’origine de milliers d’infections des voies urinaires, en particulier dans les communautés à faible revenu.
Étude : Escherichia coli zoonotique et infections des voies urinaires en Californie du Sud. Crédit image : Sergueï Ryzhov/Shutterstock.com
*Avis important : mBio publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.
Les infections des voies urinaires (IVU) sont répandues dans le monde entier et principalement causées par Escherichia coli (E. coli). Dans certains cas, cette bactérie peut être acquise par la consommation de viande provenant d’animaux infectés, soit la voie zoonotique. Une étude récente publiée dans Microbiologie clinique examine la proportion d'infections urinaires dans les zones métropolitaines causées par des pathogènes extra-intestinaux zoonotiques E. coli (ExPEC) en Californie du Sud.
Sommaire
Introduction
E. coli colonise les humains et les animaux, y compris ceux domestiqués pour leur viande. Les infections causées par cette bactérie provoquent chaque année environ un million de décès dans le monde.
Les souches ExPEC provoquent des infections au-delà de l’intestin, notamment des infections urinaires, des cystites, des pyélonéphrites, des sepsis et des méningites. Environ huit millions d’infections urinaires surviennent chaque année rien qu’aux États-Unis. Ils affectent considérablement la productivité et le coût des soins de santé. Beaucoup deviennent des infections graves, les infections urinaires étant responsables de plus de la moitié des sepsis en raison de E. coli.
Les animaux destinés à l'alimentation humaine pourraient être responsables d'une minorité notable de ces infections bactériennes, plus qu'on ne le pensait auparavant. Cependant, la contribution des ExPEC zoonotiques au fardeau de l’infection reste incertaine, principalement parce que ces infections sont généralement sporadiques et parce que plus de neuf milliards d’animaux sont élevés pour la viande aux États-Unis. Étant donné que E. coli est une bactérie courante dans les populations humaines et animales, il est difficile de distinguer les souches sporadiques des souches endémiques.
La méthode de référence est l’analyse phylogénétique du génome central, couramment utilisée pour identifier l’origine d’une épidémie infectieuse. Cependant, cela nécessite un large échantillon représentatif de la population suspectée. Même sans cela, cependant, il peut être utilisé pour identifier l’espèce hôte principale.
La présente étude a utilisé un modèle bayésien d'attribution génomique de classe latente sur un large ensemble de E. coli isole. Cette méthode statistique-génomique combine la phylogénie du noyau du génome avec des éléments génétiques mobiles (MGE) qui montrent des différences distinctes entre les animaux destinés à l'alimentation et les humains. Cette méthode a évalué le pourcentage de souches zoonotiques contribuant au fardeau total des infections urinaires en Californie du Sud. L’objectif était d’obtenir des informations exploitables sur le risque d’infection par ces souches.
À propos de l'étude
L'étude a impliqué huit comtés du sud de la Californie et a duré de 2017 à 2021. Les chercheurs ont obtenu 12 616 isolats d'E. coli provenant de viande vendue au détail et 23 483 de patients atteints d'infection urinaire, cherchant à les comparer avec un échantillon représentatif de 5 728 isolats.
Résultats de l'étude
Les participants à l’étude étaient principalement des femmes, avec un âge médian de 50 ans. Environ 37 % étaient hispaniques et 31 % étaient blancs.
E. coli la contamination était la plus élevée en dinde (82 %) et variait entre 47 % et 58 % pour du bœuf, du poulet et du porc dans les viandes au détail échantillonnées. Les échantillons les plus contaminés provenaient de quartiers pauvres, avec des taux de contamination plus élevés de 12 % pour chaque augmentation absolue de 10 % du taux de pauvreté des familles dans cette région. Les packs économiques étaient également plus susceptibles d’être contaminés.
Cette tendance peut refléter une mauvaise manipulation de la viande, des températures de stockage inadéquates ou des périodes de stockage prolongées. Les conditions socio-économiques et l’accès aux ressources en matière de sécurité alimentaire pourraient influencer le risque de contamination et d’infection.
Les hommes plus âgés étaient plus susceptibles de souffrir d’infections zoonotiques, l’âge médian étant de 73 ans, contre 65 ans pour ceux souffrant d’infections non zoonotiques. Les souches zoonotiques ExPEC étaient plus fréquentes chez les femmes que chez les hommes, respectivement à 20 % contre 8,5 %.
Les types de séquences uniques étaient utiles pour distinguer les isolats selon leur origine. Les types de séquences des isolats cliniques étaient différents de ceux qui dominaient les isolats de viande. Leur modèle de distribution distingue également les souches ExPEC zoonotiques des souches ExPEC non zoonotiques.
Les MGE ont également montré des profils d’enrichissement différents dans les isolats humains et dans la viande. Les isolats de viande de poulet et de dinde contenaient des éléments tels que M1, M2, M4 et M5 à haute fréquence. À l’inverse, les éléments associés à l’homme tels que H2, H3 et H6 étaient plus susceptibles d’être présents dans les isolats d’infections urinaires.
Dans l’ensemble, près d’une infection urinaire sur cinq (18 %) était liée à des souches ExPEC dérivées d’animaux destinés à l’alimentation. Cette proportion s'élève à 21,5 % dans les quartiers pauvres, soit un risque 1,6 fois plus élevé que dans les zones à faible pauvreté.
Une grande proportion des souches ExPEC trouvées dans les échantillons cliniques d'infections urinaires étaient liées à quelques E. coli souches des phylogroupes B2 et D isolées de la viande, ce qui suggère que ces souches particulièrement virulentes jouent un rôle clé dans le risque d'infection urinaire zoonotique, probablement en raison de leur virulence. Les découvertes selon lesquelles la prévalence de ces souches dans les infections urinaires zoonotiques ne reflétait pas directement leur abondance dans les échantillons de viande confortent cette hypothèse. La viande de volaille, en particulier la dinde, semble être celle qui présente le risque le plus élevé parmi tous les aliments d'origine animale d'infection virulente liée à l'ExPEC.
Les souches zoonotiques présentaient des gènes de résistance aux antimicrobiens intermédiaires entre les isolats cliniques et ceux dérivés de la viande. Ils étaient moins susceptibles de présenter une multirésistance aux médicaments que les isolats non zoonotiques, mais ne différaient pas des isolats de viande. Les isolats zoonotiques et carnés étaient moins résistants aux antimicrobiens couramment utilisés, à l’exception des tétracyclines.
Cependant, les souches cliniques zoonotiques et non zoonotiques étaient moins susceptibles de présenter une résistance à la gentamicine que les isolats de viande. Cela peut refléter des changements réglementaires et agricoles, tels que la réduction de l'utilisation d'antimicrobiens chez le bétail dans le cadre de politiques telles que le projet de loi 27 du Sénat de Californie, qui ont réduit la résistance des bactéries liées aux infections urinaires zoonotiques.
Conclusions
Ces résultats soulignent la contribution de l'ExPEC zoonotique au fardeau des infections urinaires en Californie du Sud et la nécessité d'interventions ciblées pour réduire le risque dans les communautés vulnérables.
Avec près d'un cinquième des infections urinaires dans cette population étant liées à des souches zoonotiques ExPEC, cette étude indique l'urgence d'encadrer les interventions en matière de sécurité alimentaire pour réduire la prévalence de ces souches dans l'approvisionnement alimentaire, en particulier dans la viande de volaille.
Les auteurs notent également des limites : le modèle n'a pas pu distinguer toutes les sources de viande, en particulier les bovins, et l'étude s'est concentrée principalement sur les infections nosocomiales ambulatoires, ce qui peut sous-estimer la pleine contribution zoonotique.
Des travaux supplémentaires sont nécessaires pour établir la valeur clinique de la réduction de l’utilisation d’antimicrobiens cliniquement pertinents chez les animaux destinés à l’alimentation, réduisant ainsi potentiellement la résistance aux antimicrobiens dans les infections humaines. Pendant ce temps, les groupes à haut risque comme les personnes immunodéprimées et les personnes âgées doivent être prudents lorsqu'ils manipulent toute forme de viande crue, en prêtant attention à l'hygiène des mains et en évitant la contamination croisée, tout en assurant une bonne cuisson de la viande avant consommation.
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*Avis important : mBio publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.
