Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de prétirage, les chercheurs comparent les résultats cliniques, les charges virales des voies respiratoires supérieures et la récupération virale de différentes sous-variantes d’Omicron du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) sur des cultures cellulaires.
Sommaire
Arrière plan
Depuis l’émergence de la variante SARS-CoV-2 Omicron en novembre 2021, diverses sous-variantes d’Omicron ont évolué, portant de nouvelles mutations qui leur confèrent de meilleures capacités d’évasion immunitaire. Alors que la sous-variante BA.1 a causé le plus grand nombre d’infections dans le monde entre décembre 2021 et janvier 2022, chaque nouvelle sous-variante a déplacé la précédente et a montré une évasion de neutralisation accrue.
Des études ont montré que le nombre de cas, la gravité de l’infection et l’hospitalisation ou la mortalité subséquente variaient d’une région à l’autre pour chacune des sous-variantes. La variation géographique des résultats pourrait être liée au nombre d’infections antérieures et à la couverture vaccinale dans le pays. Cette étude examine les différences dans les résultats cliniques, la charge virale et la récupération virale des différentes sous-variantes d’Omicron aux États-Unis (É.-U.).
À propos de l’étude
La présente étude a utilisé les écouvillons nasaux ou nasopharyngés du cornet moyen latéral restants provenant de tests de patients symptomatiques et asymptomatiques au Johns Hopkins Health System (JHHS) entre décembre 2021 et juillet 2022. Les échantillons cliniques positifs pour le SRAS-CoV-2 ont été utilisés pour l’ensemble séquençage du génome.
Les données cliniques et de vaccination des patients positifs pour le SRAS-CoV-2 ont été utilisées pour comprendre les résultats cliniques de chaque sous-variante d’infection correspondant au statut vaccinal. Les charges virales ont été calculées sur la base des valeurs seuils de cycle (Ct) des tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR).
Des cultures de cellules VeroE6TMPRSS2 (VT) et VeroE6-ACE2-TMPRSS2 (VAT) ont été infectées avec des aliquotes d’échantillons sur écouvillon pour étudier la récupération du virus. Les cultures ont été incubées pendant sept jours ou jusqu’à ce que l’effet cytopathique (CPE) confirme l’infection. La présence de SARS-CoV-2 dans les cellules VT et VAT a été confirmée par PCR avec transcriptase inverse.
Une dose infectieuse de culture tissulaire à 50 % (TCID50) a été utilisé pour mesurer les titres de virus infectieux dans les cellules VT et VAT. Diverses analyses statistiques telles que l’analyse du chi carré, le test exact de Fisher, le test U de Mann-Whitney et l’analyse de variance unidirectionnelle (ANOVA) ont été utilisées pour examiner les corrélations entre les variables.
Résultats
Les résultats ont indiqué que les taux de positivité au SRAS-CoV-2 et les hospitalisations liées à la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) les plus élevés se sont produits entre décembre 2021 et janvier 2022 pendant la domination de la sous-variante BA.1. La prédominance de BA.1.1 et BA.2 entre février et avril 2022 était corrélée à une diminution des cas et des admissions à l’hôpital.
L’émergence des sous-variantes BA.2.12.1 et BA.5 a entraîné une augmentation plafonnée des cas entre mai et juillet 2022. Les sous-variantes apparues après BA.1 ont entraîné une légère augmentation des hospitalisations mais une réduction de la mortalité.
Les auteurs pensent que la variation des taux d’hospitalisation pour chaque sous-variante pourrait être due à des facteurs tels que l’augmentation des tests à domicile avec uniquement des cas graves demandant une hospitalisation, ainsi qu’à la saisonnalité avec plus de cas de COVID-19 pendant les mois les plus froids et les plus secs. La diminution de l’immunité induite par la vaccination pourrait également être responsable de l’augmentation des hospitalisations pour les sous-variantes les plus récentes.
Les cultures cellulaires ont montré une récupération réduite des virus BA.2 et une réduction correspondante du nombre de cas pendant la prédominance de BA.2. Ce modèle était différent de ce qui a été observé dans d’autres pays tels que la Chine, le Japon et le Danemark, indiquant la dépendance de l’émergence, de la propagation et de la gravité des sous-variantes sur les facteurs de réponse immunitaire au sein d’une communauté en fonction des infections antérieures et de la couverture vaccinale.
L’étude a également rapporté que BA.1 avait la charge virale la plus élevée dans les voies respiratoires supérieures par rapport à tous les autres sous-variants d’Omicron. De plus, BA.5 présentait une transmission et une prédominance plus élevées que BA.4 malgré des résidus de protéine de pointe et des capacités d’échappement de neutralisation identiques. Les deux sous-variantes ont également montré une capacité de réinfection accrue chez les patients ayant des antécédents d’infections BA.1 et BA.1.1. Le sous-variant BA.5 était également associé à une récupération virale infectieuse plus élevée dans les cultures cellulaires.
Selon les auteurs, la différence dans la récupération des virus sous-variants BA.2 et BA.5 infectieux est corrélée à l’évasion immunitaire accrue présentée par BA.5, qui a contribué à l’infectivité accrue et à l’augmentation du nombre de cas pendant BA. 5 domination.
conclusion
En résumé, l’étude a comparé le nombre de cas, les taux d’hospitalisation, la charge virale et la récupération virale dans les cultures cellulaires pour les sous-variantes SARS-CoV-2 Omicron apparues en novembre 2021 aux États-Unis.
Les résultats ont indiqué que BA.1 était associé au plus grand nombre d’infections mais avait une charge virale plus faible que les sous-variantes d’Omicron ultérieures. Bien que BA.4 et BA.5 aient des structures de protéines de pointe et des capacités d’évasion immunitaire identiques, BA.5 a montré une transmission et une prédominance accrues ainsi qu’une récupération virale accrue à partir des écouvillons. L’étude met en évidence l’infectabilité différentielle des sous-variantes d’Omicron associées à la vaccination et à l’immunité induite par une infection antérieure dans divers pays.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
