La pandémie de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) s’est propagée rapidement à travers le monde, causant plus de cinq millions de morts et forçant de nombreux pays à adopter des restrictions coûteuses qui ont déclenché de multiples crises économiques. La transmission rapide, le taux de mortalité élevé parmi les groupes à risque et le manque de thérapies initiales ont entraîné des mesures de distanciation sociale, des masques obligatoires et la fermeture des espaces publics.
Étude : Un petit nombre d’introductions précoces ont ensemencé une transmission généralisée du SRAS-CoV-2 au Québec, Canada. Crédit d’image : mervas/Shutterstock
Alors que les programmes de vaccination de masse ont commencé à maîtriser la maladie, de nombreux pays luttent toujours avec la logistique de la vaccination et de nouvelles variantes dangereuses continuent d’émerger. Compte tenu de la menace persistante de la maladie, il reste important de comprendre comment les épidémies apparaissent et le schéma du virus lorsqu’il pénètre dans un nouvel environnement. Dans une étude publiée dans Médecine du génome, des chercheurs de l’Université McGill ont étudié le nombre d’événements d’introduction au Québec.
L’étude
Les chercheurs ont sélectionné des écouvillonnages nasopharyngés positifs pour COVID-19 du Laboratoire de santé publique du Québec depuis le début de la pandémie jusqu’au 1er juinst, 2020. Au total, ils ont séquencé près de 3000 génomes du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). Tous les échantillons révélés positifs par des tests PCR ciblant les gènes E et N ont été sélectionnés au hasard et séquencés. Les échantillons d’ARN ont été traités dans un format de 96 puits. Des blancs d’eau et de tampon d’extraction ont été utilisés comme témoins négatifs, tandis que des cultures d’ARN/ADNc/virales disponibles dans le commerce ont été utilisées comme témoins positifs.
Les chercheurs ont construit des arbres phylogénomiques bruts et chronologiques pour explorer les relations entre les génomes. Les événements d’introduction au Québec ont été déterminés à l’aide d’une reconstruction d’état ancestral à caractère discret pour déduire les nœuds non québécois et québécois dans l’arbre temporel. Parmi l’ensemble de nœuds identifiés, les scientifiques ont recherché le plus basal et ont rejeté tous les nœuds descendants d’autres nœuds de leur ensemble. Les parents des nœuds restants sont les nœuds de transition non québécois – où l’événement d’introduction a eu lieu. Bien que cela ait probablement sous-estimé le nombre d’introductions, la plupart des méthodes de détermination de ces événements seront quelque peu inexactes.
Les candidats identifiés ont ensuite été recoupés avec les données d’historique de voyage. Dans le cas d’une polytomie avec plusieurs séquences québécoises basales, la longueur de branche la plus courte a été choisie. Pour déterminer les changements dans la taille effective de la population virale et l’écart par rapport à un modèle neutre standard, les chercheurs ont calculé le D de Tajima en échantillonnant au hasard 20 séquences consensus toutes les deux semaines entre le 20 février 2020 et le 10 juin 2020.
Au total, ces séquences génomiques couvrent 5,7% des cas rapportés. Jusqu’au 1er avril, l’âge moyen des cas était d’environ 50 ans, après quoi il est passé à 75 – indiquant la propagation du virus dans les établissements de soins. Le Québec a beaucoup souffert des éclosions de COVID-19 dans les établissements de soins, avec plus de 500 signalant au moins un cas.
La plupart des introductions de COVID-19 au Québec provenaient de voyageurs qui étaient entrés en Europe. Alors qu’une quarantaine a été mise en place en mars, plus de 1500 voyageurs infectés étaient déjà revenus. Tous ne portaient pas des souches uniques ou des souches qui n’avaient pas déjà été introduites et ne se sont pas toutes propagées du voyageur.
Au total, 615 événements d’introduction indépendants ont été découverts. Les preuves ont montré une augmentation de la population virale jusqu’à l’introduction de mesures de restriction, la propagation de chaque lignée indépendante étant légèrement à la traîne par rapport à l’Europe. Bon nombre des introductions au Québec ont eu lieu après les vacances de printemps – une période de vacances populaire pour les familles et les étudiants universitaires, en particulier à destination et en provenance des États-Unis, qui ont pris du retard par rapport aux autres pays dans l’introduction de mesures de contrôle et ont dû faire face à une augmentation du nombre de cas.
Alors que des études précédentes avaient découvert des introductions cryptiques avant que les premiers cas officiels ne soient enregistrés, aucun n’a été observé dans cette étude. Cependant, la plupart des introductions cryptiques ont été découvertes en Asie ou en Europe, ce n’est donc pas nécessairement contradictoire. Les lignées les plus réussies étaient normalement celles qui sont arrivées le plus tôt – elles se sont le plus répandues et ont donné naissance au plus grand nombre de nouvelles lignées. D’autres pays ont connu des résultats similaires, avec huit introductions au Royaume-Uni donnant lieu à des lignées qui représentaient environ 25 % des cas.
Conclusion
Les chercheurs soulignent que les vacances de printemps précoces sont un facteur clé de la propagation de la maladie au Québec – contrairement au reste du Canada, les vacanciers québécois sont revenus avant la mise en quarantaine. Cela a entraîné une transmission rapide et une première vague beaucoup plus importante que dans le reste du Canada. Les informations que les scientifiques ont examinées ici pourraient être inestimables pour les décideurs en matière de santé publique et aider à planifier les futures restrictions pour aider à freiner la propagation de la maladie à l’avenir.
