Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont comparé les charges virales des sous-lignées Omicron BA.5 et BA.2 du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2).
Sommaire
Arrière plan
En janvier 2022, le nombre de patients infectés par le SRAS-CoV-2 Omicron a rapidement augmenté à Tokyo, au Japon. Après que BA.2 a remplacé BA.1 en tant que souche prédominante en avril 2022, le nombre de patients a progressivement diminué. Cependant, le taux d’infection de la sous-lignée BA.5 a soudainement augmenté et, en juillet 2022, BA.5 avait complètement remplacé BA.2. Bien que ce phénomène ait été signalé dans le monde entier, sa cause est encore inconnue. Par conséquent, il est important d’examiner les facteurs qui rendent BA.5 plus contagieux que BA.1 et BA.2.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont comparé le nombre de copies de virus correspondant aux échantillons d’infection de patients atteints d’infections de la sous-lignée SARS-CoV-2 Omicron BA.1, BA.2 et BA.5.
Des tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR) ont été utilisés pour détecter 774 patients atteints de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) qui ont visité l’hôpital de l’Université médicale et dentaire de Tokyo (TMDU) entre le 1er février 2021 et le 31 août 2022. Des échantillons d’écouvillons nasopharyngés ont été prélevés au cours de la première visite ambulatoire du patient. Dans cette enquête, le premier échantillon a été prélevé sur chaque patient. La PCR quantitative par transcription inverse (RT-qPCR) a été utilisée pour déterminer le nombre de copies du SRAS-CoV-2 dans les échantillons sans purification de l’acide ribonucléique (ARN). L’application des nombres de cycles de seuil correspondant à chaque échantillon à la ligne d’étalonnage des échantillons de référence ayant une concentration connue a facilité le calcul du nombre de copies par 1 L d’échantillon.
La courbe de fusion des produits de PCR a été analysée pour identifier les variations et les types de sous-lignées présents. De plus, l’équipe a extrait l’ARN des échantillons d’écouvillon. Pour E484K, L452R, N501Y et S371L/S373P, la transcription inverse-PCR a été réalisée avec des sondes et des amorces marquées par fluorescence. De plus, les températures de fusion (Tm) estimée avec une analyse de la courbe de fusion a défini les types de variantes et de sous-lignées. Un cinquième des échantillons ont été utilisés pour le séquençage du génome entier (WGS) afin de confirmer les types de sous-lignées et les variants identifiés par PCR.
Résultats
Dans l’étude, 774 échantillons au total ont été examinés. Dans les échantillons de PCR, la sonde S371L/S373P a été utilisée pour différencier le SARS-CoV-2 Omicron BA.1 et BA.2/BA.4/BA.5 et d’autres variantes d’Omicron. L’équipe a découvert que tous les échantillons qui ont produit des résultats de PCR étaient des variants d’Omicron. Les échantillons de la période de test ne contenaient aucune des variantes Alpha ou Delta.
En particulier, 215 échantillons présentaient les mutations 501Y, 484A, 452L et 371L/373P, appelées BA.1, tandis que 184 échantillons présentaient les mutations 501Y, 484A, 452L et 371F/373P, appelées BA.2. Individus appartenant à la cohorte BA.2, six échantillons BA.2.12.1 ayant des mutations 501Y, 484A, 452Q et 371F/373P, ainsi que dix échantillons BA.2 non identifiés ayant des mutations 501Y, 484A, 452M et 371F/373P .
De plus, la variante PCR utilisée dans cette enquête a découvert 290 échantillons positifs ayant des mutations 501Y, 484A, 452R et 371F/373P et ont été classés comme BA.5. Les virus de la sous-lignée BA.5 possèdent également la mutation F486V. En raison de cette mutation, le Tm de la sonde E484K passe à 37 °C, alors que le Tm des échantillons BA.2 ayant des mutations 484A et 486F sont restés constants à 40 °C.
Les résultats du génotypage étaient similaires à ceux résultant de la PCR. Les échantillons contenant 501Y, 486V, 484A, 452R et 371F/373P ont été classés comme BA.5 dans l’analyse ultérieure car l’analyse WGS n’a pas détecté la sous-lignée BA.4 dans les échantillons. De plus, BA2.754 n’a pas non plus été détecté par l’analyse WGS. Bien que la distribution des nombres de copies pour les sous-lignées BA.1, BA.2 et BA.5 ait été largement dispersée, contrairement aux prévisions, les nombres de copies observés dans les cas BA.5 étaient inférieurs à ceux des cas BA.2. Les cas BA.5 et BA.1, ainsi que les cas BA.2 et BA.1, ne différaient pas significativement l’un de l’autre.
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont mis en évidence que par rapport aux charges virales affichées par les variantes et les sous-lignées antérieures, l’infectivité accrue d’Omicron BA.5 n’est pas principalement due à une charge virale plus élevée. Pour limiter la propagation du COVID-19, les recherches futures doivent étudier le mécanisme spécifique sous-jacent à la forte infectiosité des variants du SRAS-CoV-2.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
