Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont étudié la dynamique de transmission de la variante préoccupante (VOC) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) Omicron en Angleterre à l’aide de tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR) et de données de séquençage génomique de l’évaluation en temps réel de l’étude de transmission communautaire-1 (REACT-1).
Sommaire
Contexte
Le VOC d’Omicron s’est rapidement diffusé dans plus de 170 pays en janvier 2022. Cependant, en raison de la saturation de la capacité de test de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) et du comportement variable de recherche de test de la population de chaque pays, les estimations de la dynamique de transmission d’Omicron étaient biaisées dans plusieurs pays. Ainsi, l’ampleur de l’onde Omicron n’est pas encore apparente dans la plupart des pays.
Au cours de l’étude REACT-1, les enquêteurs ont testé des échantillons aléatoires de la population anglaise environ tous les mois depuis mai 2020. En tant qu’enquête communautaire représentative, REACT-1 a mesuré avec précision la prévalence du SRAS-CoV-2 avec moins de tests et des biais évités.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont utilisé les données de l’étude REACT-1 pour décrire la dynamique de l’onde Omicron en Angleterre et le rôle des sous-lignées Omicron BA.1, BA.2, BA.1.1 dans la dynamique globale.
Les chercheurs ont utilisé les données de positivité des écouvillons et de séquençage génomique des cycles REACT-1 14 à 18, à partir du 9 septembree2021, se terminant le 1 marsst, 2022, et tours 16-18. Les séries 16, 17 et 18 de REACT-1 ont été menées entre le 23 novembrerd et le 14 décembree2021, 5 janviere et le 20 janviere2022 et 8 févriere et le 1 marsst2022, respectivement.
L’équipe a effectué un séquençage génomique sur des échantillons d’écouvillons avec un seuil de cycle du gène de la nucléocapside (N) (Ct) inférieure à 34, étant donné que le volume de l’échantillon était suffisant. Ensuite, ils ont utilisé un algorithme basé sur l’apprentissage automatique PangoLEARN, pour la désignation de la lignée.
En outre, pour estimer la prévalence des infections à Omicron et Delta au fil du temps, l’équipe a utilisé un modèle bayésien P-spline à effets mixtes. En supposant une probabilité binomiale, ils ont ajusté la proportion de la prévalence totale attribuée à Omicron au nombre quotidien de lignées Omicron par rapport au nombre total d’échantillons avec une lignée connue.
De plus, les chercheurs ont adapté un modèle analogue aux séries 17 et 18, en supposant que la prévalence > 99 % était attribuable à Omicron. La série chronologique de prévalence modélisée a estimé le taux de croissance instantané d’Omicron, Delta et leur différence dans le temps.
Résultats de l’étude
Omicron a un temps de génération environ 28 % plus court que Delta. Par conséquent, son avantage de croissance n’était pas constant dans le temps et variait de 0,37 le 3 décembrerd2021 (quand Omicron a été détecté pour la première fois dans l’étude REACT-1), diminuant régulièrement à 0,11 le 8 janviere2022.
Semblable à la diminution de l’avantage de croissance pour l’Alpha VOC en Angleterre en 2020, la baisse du taux de croissance d’Omicron reflète le fait qu’il a initialement atteint des taux de transmission moyens plus élevés parmi les groupes plus jeunes et socialement actifs que dans la population générale.
Alors que la prévalence d’Omicron augmentait, la prévalence de Delta est rapidement tombée en dessous de 0,1 % le 3 janvierrd2022, dans toutes les régions et tous les groupes d’âge, qui a réduit de moitié son taux de reproduction variable dans le temps (Rt) de 1,0 à 0,5 en trois semaines (9e à 30e décembre 2021).
Le 30 décembree, 2021, la prévalence d’Omicron a atteint son apogée et, à ce moment-là, la proportion de cas infectés par BA.1, BA.1.1 et BA.2 était de 84,6 %, 15,2 % et 0,2 %, respectivement. Cependant, au 1er marsst2022, la part des cas BA.1 est tombée à 9,6 %, tandis que celle des cas BA.1.1 et BA.2 a grimpé à 21,6 % et 68,7 %, respectivement.
En février 2022, la prévalence de BA.2 a régulièrement augmenté en Angleterre, tandis que celle des cas non BA.2 a diminué. En conséquence, le R estimét pour BA.2 était supérieur au Rt pour les non-BA.2 Omicron le 1er marsst2022 (1,17 vs 0,77), signifiant un avantage multiplicatif d’environ 1,5 pour la sous-variante BA.2.
La différence de dynamique entre les sous-lignées Omicron rationalise les tendances de la prévalence d’Omicron en Angleterre, avec une plus grande proportion de cas infectés par BA.2. De plus, les cas de BA.2 présentaient les symptômes de COVID-19 les plus courants, notamment une perte d’odorat ou de goût, de la fièvre et une toux persistante, par rapport à ceux infectés par BA.1. De plus, l’émergence de BA.2 a prolongé la vague Omicron en Angleterre ; en conséquence, au cours des trois premières semaines de mars 2022, toutes les régions d’Angleterre ont connu une résurgence des cas et des hospitalisations dans tous les groupes d’âge.
Le R spécifique au groupe d’âget a montré un degré élevé de concomitance. La prévalence d’Omicron a culminé à 10,74 % dans le groupe d’âge de 5 à 17 ans le 28 janvier 2022, bien plus que la prévalence maximale de 7,65 % dans le groupe d’âge de 18 à 34 ans atteinte quatre semaines plus tôt le 1er janvier.st, 2022. La prévalence maximale d’Omicron était de 3,67 %, sa prévalence la plus faible étant initialement observée chez les personnes âgées de 55 ans et plus. Cependant, il a augmenté à la fin de la période d’étude et atteint un Rt du 1.14 au 1er mars 2022.
conclusion
L’émergence d’Omicron et de ses sous-lignées a suggéré que la dynamique évolutive du SRAS-CoV-2 sera dominée par l’évasion immunitaire. Dans ce nouveau paradigme de santé publique, la surveillance continue, les vaccinations de rappel et l’équité en matière de vaccins dans le monde seront essentielles pour atténuer les effets nocifs de la pandémie de COVID-19 et réduire le taux d’émergence des COV mortels du SRAS-CoV-2.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
