La mort d’un hippopotame de zoo souligne la sensibilité de l’espèce au SRAS-CoV-2

Une récente Maladies infectieuses émergentes étude a enquêté sur la mort d’un hippopotame dans un zoo à Hanoï, au Vietnam. Fait intéressant, cette étude a détecté la présence du virus du syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus-2 (SRAS-CoV-2) chez l’hippopotame. Le SRAS-CoV-2 est l’agent causal de la pandémie actuelle de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).

L’étude de cas

Une femelle hippopotame de 20 ans a été traitée pour léthargie, dépression et perte d’appétit dans un zoo de Hanoï, au Vietnam, le 4 décembre 2021. Sur la base des symptômes cliniques, des médecins vétérinaires ont commencé à administrer des médicaments antimicrobiens pour traiter l’hippopotame malade. Cet hippopotame est devenu anorexique six jours après l’apparition des symptômes cliniques et est finalement décédé dix-sept jours plus tard.

Le personnel vétérinaire du zoo a procédé à une autopsie et a constaté la prévalence d’une pneumonie grave. Ils ont prélevé des échantillons de tissus du poumon, de la rate, du foie, de l’intestin et du sang et les ont envoyés à l’Institut national de recherche vétérinaire de Hanoï pour une enquête plus approfondie sur les maladies microbiennes.

Sur la base du protocole fourni par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), les échantillons ont été analysés par PCR en temps réel pour détecter le SRAS-CoV-2. Les échantillons de foie, de poumon, de rate et d’intestin ont été testés positifs avec des valeurs de seuil de cycle (Ct) variables. Par exemple, les valeurs Ct pour les poumons étaient de 26,67, la rate de 33,53, le foie de 31,8 et l’intestin de 36,96. Ces tissus n’ont pas été étudiés histologiquement.

Les virus ont été extraits des tissus infectés et ont été confirmés comme étant le SRAS-CoV-2 par PCR en temps réel. Les auteurs ont temporairement désigné ce virus comme SARS-CoV-2/hippo/zoo/Vietnam/2021.

Caractérisation du SRAS-CoV-2 isolé de l’hippopotame mort

Le SARS-CoV-2/hippo/zoo/Vietnam/2021 isolé a été caractérisé et comparé au SARS-CoV-2 isolé de trois humains infectés. Les produits de PCR purifiés ont été envoyés à 1st BASE Company, Singapour, pour séquencer le nucléotide de 599 à 602 pb du génome conservé de l’ARN polymérase dépendante de l’ARN (RdRp). Cette séquence a ensuite été soumise à GenBank.

Des alignements multiples (ClustalW) ont été réalisés à l’aide de la séquence génomique de l’hippopotame mort et de trois souches humaines de SARS-CoV-2. Cette analyse a été réalisée avec des séquences nucléotidiques représentatives du SRAS-CoV-2 et des bêtacoronavirus, qui ont été obtenues par GenBank.

Une analyse phylogénétique a été réalisée à l’aide du logiciel MEGA-X, basée sur la méthode du maximum de vraisemblance avec le modèle le mieux ajusté et 1 000 répliques bootstrap. Cette analyse a indiqué que les séquences génomiques obtenues à partir de l’hippopotame mort et de trois patients humains COVID-19 étaient du virus SARS-CoV-2. Un arbre bayésien de traits discrets d’hôte de crédibilité maximum de clade a été construit à l’aide de BEAST.

Aperçu de l’étude

Les auteurs n’ont pas réussi à déterminer la source exacte de l’infection. C’est parce que le zoo était ouvert au public; par conséquent, un visiteur ou un personnel de zoo infecté aurait pu transmettre le virus. Il convient de noter que tout le personnel du zoo devait porter des masques, des uniformes et des gants et désinfecter ses bottes avant de s’occuper des animaux du zoo. Cependant, ces mesures de biosécurité n’ont pas pu empêcher la transmission du virus des humains infectés aux animaux.

À l’avenir, les zoos devront surveiller régulièrement l’état de santé de leur personnel pour prévenir la transmission du virus des humains aux animaux. De plus, les animaux de zoo doivent être régulièrement surveillés pour une détection précoce de l’infection en analysant régulièrement des échantillons d’écouvillons nasaux ou oraux et des échantillons fécaux.

Les auteurs ont souligné l’importance de développer des systèmes de surveillance complets pour le SRAS-CoV-2 chez les animaux. L’étude actuelle a contribué aux connaissances existantes sur la gamme d’hôtes du virus. Le séquençage du génome entier pourrait fournir des informations relatives à la lignée du SRAS-CoV-2, ce qui aidera à déterminer les voies de transmission.