Pour créer les plans de traitement personnalisés les plus efficaces pour les patients atteints d’un lymphome hodgkinien ou d’autres cancers, les scientifiques et les cliniciens ont besoin de l’image la plus claire des changements génétiques conduisant au développement du cancer. Cette image, disent les scientifiques du Sylvester Comprehensive Cancer Center de la Miller School of Medicine de l’Université de Miami, est bien mieux mise au point lorsque le séquençage du génome entier – plutôt que le séquençage standard actuel de l’exome – est utilisé pour identifier les changements à l’origine du cancer.
Le séquençage de l’exome, qui ne lit que les gènes codant pour les protéines, peut détecter certaines mutations spécifiques et d’autres variantes qui propulsent les cancers, mais l’équipe multicentrique dirigée par des chercheurs de Sylvester et d’autres centres de recherche sur le cancer a découvert que le séquençage du génome entier (WGS) peut lire pratiquement tous les mutations dans les régions codant pour les protéines et non codantes du génome, et il peut détecter d’autres changements qui peuvent conduire au développement du cancer.
« Nous avons trouvé de nombreux événements génomiques qui n’avaient jamais été enregistrés auparavant. C’est la meilleure technologie que nous ayons trouvée pour identifier les nouveaux moteurs du cancer », a déclaré le Dr Craig Moskowitz, médecin en chef, Oncology Service Line chez Sylvester, professeur de médecine à la Miller School et co-auteur d’un article publié dans Découverte du cancer du sang.
Bien que le séquençage de l’exome ait été extrêmement fructueux, détectant des mutations ponctuelles et d’autres variantes qui propulsent les cancers, il brosse un tableau incomplet. Des mutations dans des régions génomiques non codantes peuvent également régir l’expression des gènes. De plus, WGS identifie un large éventail de variations structurelles, y compris la chromothripsie, dans laquelle les chromosomes endommagés semblent avoir été frappés par des masses.
L’étude a identifié bon nombre de ces problèmes dans le LHc, ainsi que la recherche de signatures mutationnelles associées à la chimiothérapie. Peut-être plus important encore, WGS a fourni des informations temporelles sur l’évolution des cancers. La reconstruction de la chronologie tumorale pourrait jouer un rôle majeur dans le choix du traitement.
Il est important de savoir comment une tumeur s’est développée au fil du temps. Nous devons savoir quelles mutations ont été acquises et dans quel ordre. Si nous prescrivons une thérapie ciblée, nous voulons qu’elle cible les altérations génomiques qui sont partagées dans toute la tumeur, plutôt que les sous-clones qui sont venus plus tard et sont relativement rares. »
Dr Francesco Maura, co-directeur du Myeloma Genomic Lab à Sylvester, professeur adjoint de médecine et premier auteur de l’étude
Pour cette étude de preuve de concept, les chercheurs ont inventé un système sophistiqué permettant d’isoler et d’étudier les cellules rares de Hodgkin et de Reed Sternberg présentes dans le lymphome hodgkinien classique (cHL). Ils pensent que cette approche, combinée au WGS, pourrait fournir de nombreuses nouvelles informations sur le cHL et d’autres cancers.
« Les cancers sont des maladies incroyablement complexes, et nous avons encore un long chemin à parcourir avant de les comprendre pleinement », a déclaré C. Ola Landgren, MD, directeur de l’Institut de recherche sur le myélome, co-responsable du programme de recherche translationnelle et clinique en oncologie, et co-auteur de l’étude. « En tirant parti du WGS, nous pouvons mieux évaluer l’évolution de la tumeur, identifier les problèmes structurels et, espérons-le, acquérir de nouvelles connaissances thérapeutiques. »
La recherche a été dirigée par des scientifiques de Sylvester, du Memorial Sloan Kettering Cancer Center et du Weill Cornell Medical College.
Ce travail a été soutenu par le Children’s Oncology Group, la Hartwell Foundation, la Gant Family Foundation, le Sylvester Comprehensive Cancer Center NCI Core Grant (P30 CA 240139) et le Memorial Sloan Kettering Cancer Center NCI Core Grant (P30 CA 008748). Maura est soutenue par l’American Society of Hematology. Maura et Landgren sont soutenus par la Riney Family Foundation. Lisa Giulino-Roth, MD, co-auteur, est soutenue par le NIH (K08CA219473), la Gant Family Foundation et la Hartwell Foundation.
