Dans une étude récente publiée sur le bioRxiv serveur de prépublication*, des chercheurs japonais ont étudié la capacité proliférative, la transmissibilité et la pathogénicité de la variante EG.5.1 du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) du syndrome respiratoire aigu sévère, surnommée « Eris ».
EG.5.1, un isolat dérivé de la sous-variante XBB du coronavirus 2 Omicron du syndrome respiratoire aigu sévère, a rapidement augmenté en prévalence à l’échelle mondiale. Comparé à XBB.1.5, le variant EG.5.1 présente des mutations supplémentaires au sein de sa glycoprotéine Spike (S), c’est-à-dire F456L et Q52H. Cependant, les données sur la transmissibilité, la pathogénicité et le caractère évasif immunitaire du variant EG.5.1 sont limitées.
Étude : Caractérisation d’un isolat clinique EG.5.1 in vitro et in vivo. Crédit d’image : Design_Cells/Shutterstock
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont effectué une caractérisation virologique de EG.5.1 in vitro ainsi que in vivo.
L’équipe a évalué l’antigénicité, la transmissibilité, l’antigénicité, la capacité proliférative et la pathogénicité de la variante EG.5.1 dans un modèle de hamster syrien de type sauvage sensible au SRAS-CoV-2. En outre, ils ont évalué la capacité de croissance des virus dans les organes respiratoires. EG.5.1, contenant deux modifications d’acides aminés supplémentaires (c’est-à-dire F456L et Q52H), par rapport à un isolat XBB.1.5, a été amplifié.
Pour évaluer le caractère immuno-évasif de EG.5.1, l’équipe a testé le potentiel de neutralisation EG.5.1 du sérum obtenu auprès de receveurs du vaccin à base d’acide ribonucléique messager (ARNm) qui ont connu des infections révolutionnaires avec des variantes du SRAS-CoV-2 en circulation après mars 2023. Pour évaluer les effets des mutations variantes EG.5.1, les souches XBB.1.5 et XBB.1.9.2 du SRAS-CoV-2 ont été utilisées à des fins d’évaluation comparative.
Des cellules de singe vert d’Afrique (Vero E6) exprimant l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) et la protéase transmembranaire sérine 2 (TMPRSS2) ont été utilisées pour les expériences de culture cellulaire et confirmées comme étant exemptes de mycoplasmes par réaction en chaîne par polymérase (PCR). La capacité de neutralisation du sérum humain a été exprimée en titres de neutralisation par réduction de foyer de 50 % (FRNT50).
Pour les évaluations pathologiques et virologiques, des hamsters syriens de type sauvage ont été inoculés par voie intranasale avec 105 unités formant des plaques (PFU) des variantes du SARS-CoV-2 Delta, EG.5.1 ou XBB.1.5. Après trois et six jours d’infection, cinq animaux ont été sacrifiés et des échantillons de leurs cornets nasaux et de leurs poumons ont été examinés à la recherche de modifications histopathologiques. Des analyses de plaques ont été utilisées pour déterminer les titres viraux, et l’ARN viral, extrait des tissus, a été soumis à une analyse de séquençage du génome entier (WGS).
Résultats
L’équipe n’a trouvé aucune différence significative dans la pathogénicité et la capacité de croissance entre XBB.1.5 et EG.5.1, et les deux souches ont été atténuées par rapport à la variante Delta. De plus, EG.5.1 transmettait plus efficacement entre hamsters que XBB.1.5. Contrairement à XBB.1.5, EG.5.1 a été détecté dans les poumons de quatre hamsters infectés sur six, ce qui indique que le tropisme du virus EG.5.1 différait de celui de XBB.1.5 après transmission par voie aérienne.
La neutralisation de EG.5.1 était légèrement, mais significativement, inférieure à la neutralisation de XBB.1.5 ou de XBB.1.9.2, ce qui indique que EG.5.1 a efficacement échappé à l’immunité médiée par les anticorps et que les différences d’acides aminés dans la glycoprotéine de pointe (S) de EG.5.1 étaient comparées avec celui de XBB.1.5 ou XBB.1.9.2 (c’est-à-dire R158G, F456L et Q52H), l’antigénicité de EG.5.1 a été modifiée. L’infection Delta a entraîné une perte de poids considérable chez les animaux. En revanche, tous les animaux infectés par XBB.1.5 et EG.5.1 ont pris du poids en 10 jours, dans une mesure similaire à celle des faux hamsters.
Après trois et six jours d’infection, le variant XBB.1.5 et le variant EG.5.1 ont proliféré dans les tissus pulmonaires des hamsters exposés au SRAS-CoV-2-exposés sans différences statistiquement significatives. Néanmoins, les titres viraux dans les échantillons de cornets nasaux obtenus chez les animaux exposés au SARS-CoV-2 EG.5.1 étaient significativement plus élevés que ceux parmi les animaux exposés au XBB.1.5 à six dpi. De plus, les titres viraux chez les hamsters infectés par Delta étaient significativement plus élevés que ceux des hamsters infectés par XBB.1.5 et EG.5.1.
L’équipe a observé une efficacité légèrement supérieure de transmission du variant EG.5.1 (83 %) par rapport à celle du variant XBB.1.5 (56 %) et une détection virale dans les tissus pulmonaires de 67 % des hamsters infectés par EG.5.1, contrastant aucun virus identifié chez ceux de leurs homologues infectés par XBB.1.5. Bien que tous les échantillons sérologiques aient montré une activité neutralisante contre le variant EG.5.1, le FRNT50 les titres contre la variante EG.5.1, la variante XBB.1.9.2 et la variante XBB.1.5 étaient inférieurs de 10 fois, 5,4 fois et 5,5 fois par rapport aux titres contre le SARS-CoV-2 Wuhan- Souche Hu-1, respectivement.
Conclusions
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que EG.5.1 avait une capacité de prolifération similaire à XBB.1.5 chez les hamsters naïfs de type sauvage ; cependant, sa transmissibilité était un peu plus grande. De plus, le tropisme viral du variant EG.5.1 différait du tropisme viral du variant XBB.1.5 après transmission par voie aérienne puisque le variant EG.5.1 a été trouvé dans des échantillons obtenus à partir de tissus nasaux et pulmonaires de hamsters infectés. L’évasion immunitaire de EG.5.1 était modestement mais considérablement supérieure à celle de la variante XBB.1.5 et de la variante XBB.1.9.2. Ainsi, l’antigénicité modifiée et la plus grande transmissibilité du variant EG.5.1 pourraient entraîner sa prédominance plus élevée par rapport au variant XBB.1.5 chez l’homme.
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.
