Dans une étude récente publiée dans Réseau JAMA ouvert, les chercheurs ont étudié l’association entre la privation du quartier et les modifications de acide désoxyribonucléique (ADN) méthylation et expression génique dans les tissus cancéreux du sein des femmes noires et blanches.
Arrière-plan
Malgré les progrès dans le traitement du cancer du sein réduisant la mortalité dans tous les groupes raciaux et ethniques, les femmes noires sont confrontées à un taux de mortalité 40 % plus élevé que les femmes blanches. Les disparités socio-économiques, notamment dans les quartiers défavorisés, sont corrélées à de moins bons résultats en matière de santé et à des taux de cancer plus élevés.
La recherche suggère un lien entre une telle privation et des modifications de la méthylation de l’ADN, affectant la régulation des gènes et potentiellement influençant la progression du cancer du sein.
Malgré une diminution de la mortalité globale par cancer du sein, les disparités, notamment entre les femmes noires et blanches, persistent, ce qui indique que des recherches supplémentaires sont nécessaires pour orienter les interventions et les politiques visant à lutter contre les inégalités en matière de santé.
À propos de l’étude
Dans cette étude transversale actuelle, les chercheurs ont collecté un échantillon pratique de tissu tumoral du sein auprès de 185 femmes – 110 noires et 75 blanches – qui ont subi une intervention chirurgicale au centre médical de l’Université du Maryland et dans d’autres hôpitaux de la région de Baltimore.
Ces femmes faisaient partie d’une cohorte plus large de 456 patientes qui ont participé à l’étude sur le cancer du sein du National Cancer Institute-Maryland, qui adhère aux directives de renforcement du reporting des études observationnelles en épidémiologie (STROBE). Le protocole de l’étude a reçu l’approbation des comités d’examen institutionnels concernés, et toutes les femmes ont donné leur consentement éclairé par écrit et ont répondu à un questionnaire.
Les adresses des participants ont été géocodées et liées aux données du recensement de 2000 pour évaluer la défavorisation des quartiers à l’aide d’un indice qui consolidait plusieurs variables socio-économiques en un seul score. Les chercheurs ont évalué l’indice de défavorisation des quartiers (NDI), qui utilise six indicateurs pour évaluer des facteurs tels que la pauvreté et le chômage ; des scores NDI plus élevés dénotent une privation accrue.
Pour étudier la méthylation de l’ADN dans les tissus tumoraux du sein, ils ont utilisé le BeadChip Infinium MéthylationEPIC 850K, mesurant avec précision la méthylation au niveau des sites CpG. Les données résultantes ont été soumises à des processus rigoureux de contrôle de qualité et de normalisation à l’aide du package DNAmArray et d’autres outils statistiques de R. Les sondes présentant de faibles taux de réussite, des variantes mononucléotidiques ou des résultats non spécifiques ont été exclues, conduisant à un ensemble final de 750 426 sondes pour l’étude.
De plus, ils ont analysé les variations des cellules immunitaires au sein des tumeurs en utilisant la déconvolution du méthylCIBERSORT avec les données normalisées. Ils ont appliqué des méthodes statistiques rigoureuses, en maintenant les niveaux de signification traditionnels de la valeur p et en ajustant les comparaisons multiples. Leurs modèles ont également examiné la relation entre le NDI et la méthylation, en tenant compte de l’âge, de la race et de la pureté de la tumeur. Menée sur neuf mois en 2022, cette analyse complète a utilisé des logiciels statistiques tels que Stata, JMP et R.
Résultats de l’étude
La présente étude a porté sur 185 femmes atteintes d’un cancer du sein de Baltimore, dans le Maryland, différenciées selon le statut de défavorisation de leur quartier. L’échantillon était principalement composé de femmes noires (59,5 %) et de femmes ayant fait des études secondaires (48,6 %), la plupart ayant un revenu familial égal ou inférieur à 60 000 $ (79,5 %).
Au moment de leur opération, l’âge moyen était de 56 ans et les données, y compris les informations manquantes, étaient organisées par statut de quartier et indiquaient un dénuement plus élevé parmi les participants noirs, les salariés à faible revenu et les personnes célibataires ou plus mariées.
Une analyse de la défavorisation des quartiers en fonction de la race a révélé une disparité significative, les femmes noires résidant dans des quartiers plus défavorisés que les femmes blanches. La répartition des sous-types de cancer du sein selon différents niveaux de défavorisation des quartiers a montré une présence plus élevée et non concluante de cancer du sein triple négatif dans les zones très défavorisées.
En outre, l’étude a exploré l’impact de la privation de quartier sur la méthylation de l’ADN, en particulier sur 8 sites CpG après ajustements en fonction de l’âge, de la pureté de la tumeur et du lot de méthylation, révélant des associations avec la privation de quartier.
Deux sites dans les gènes suppresseurs de tumeurs, LRIG1 et WWOX, étaient remarquables et les données de séquençage de l’acide réribonucléique (ARNre) disponibles pour certains patients ont montré qu’une privation élevée était corrélée à une expression plus faible de ces gènes. Plus précisément, le statut de méthylation dans les régions du promoteur et du corps génique de LRIG1 était inversement lié à ses niveaux de transcription.
L’analyse a ensuite affiné les gènes LRIG1 et WWOX chez les patients noirs, et une corrélation négative a été trouvée entre la méthylation de LRIG1 et la privation de quartier, une association non observée chez les patients blancs. De même, l’expression de LRIG1 a diminué avec l’augmentation du dénuement, mais uniquement parmi les femmes noires.
L’outil KMplotter a révélé une relation inverse entre l’expression de LRIG1 et l’amélioration des résultats en matière de survie sans récidive et globale, notamment dans les tumeurs positives pour les récepteurs d’œstrogènes ou chez les receveurs de traitement postopératoire, une découverte qui a été confirmée par des ensembles de données supplémentaires.
L’expression du gène WWOX était également inversement liée à la privation du quartier chez les patients noirs uniquement. Cependant, aucune autre association significative n’a fait surface pour WWOX. De plus, l’étude a utilisé le méthylCIBERSORT pour estimer les différences de population de cellules immunitaires dans les tissus tumoraux en fonction de la privation de quartier. L’analyse a indiqué une diminution de la proportion relative de neutrophiles chez les patients provenant de zones fortement défavorisées, après contrôle de l’âge et de la race.
