Différente des schémas de transmission du virus identifiés ailleurs, l'analyse des génomes du SRAS-CoV-2 d'un petit nombre de patients basés en Californie suggère que le virus est arrivé dans le nord de la Californie à travers une série complexe d'introductions, non seulement d'un État à l'autre, mais aussi de voyages internationaux. .
Ces résultats, affirment les auteurs, soulignent la nécessité d'une distanciation sociale et de restrictions de voyage pour contenir la propagation du SRAS-CoV-2 en Californie et dans d'autres États. La pandémie de COVID-19 causée par le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 a entraîné plus de 52000 cas en Californie au 4 mai 2020.
Bien que l'épidémiologie génomique des virus émergents se soit avérée utile pour suivre l'évolution et la transmission des virus, en Californie, les données d'épidémiologie génomique en temps réel de COVID-19 pour éclairer les interventions de santé publique manquaient.
Ici, Xianding Deng a utilisé une méthode qu'ils avaient récemment développée pour assembler des génomes viraux directement à partir d'échantillons cliniques, appelée MSSPE, afin de mieux comprendre la nature de la transmission du SRAS-CoV-2 dans le nord de la Californie jusqu'à la mi-mars 2020.
Deng et al. appliqué du MSSPE à des échantillons viraux positifs prélevés sur 36 patients californiens répartis dans 9 comtés et qui avaient voyagé sur le navire de croisière Grand Princess au cours de ses voyages associés à des épidémies.
Le séquençage des génomes viraux et leur placement, ainsi que d'autres génomes accessibles au public, sur un arbre phylogénétique, ont révélé que les génomes du nord de la Californie étaient dispersés à travers l'arbre évolutif du SARS-CoV-2; ils comprenaient des lignées circulant en Europe et à New York et liées aux premières lignées en provenance de Chine.
Le virus chez les voyageurs californiens à bord du Grand Princess provenait probablement de l'État de Washington, notent-ils. Sur la base de leurs résultats complets, il semble qu'aucune lignée virale n'ait prédominé dans le nord de la Californie. Cela suggère que la transmission entre les communautés était limitée. Au lieu de cela, les introductions de virus dans l'État provenaient probablement de personnes venant de l'extérieur des comtés étudiés et de l'État.
Les auteurs ont déclaré
Malgré les limites de leur étude, notamment qu'elle représente un échantillonnage relativement clairsemé de cas, elle montre que « des informations solides sur la transmission de COVID-19 sont réalisables si la diversité génomique du virus est combinée et interprétée conjointement avec des données épidémiologiques détaillées. «
La source:
Association américaine pour l'avancement des sciences
Référence de la revue:
Deng, X., et al. (2020) La surveillance génomique révèle de multiples introductions de SARS-CoV-2 dans le nord de la Californie. Science. doi.org/10.1126/science.abb9263.
