Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, des chercheurs allemands ont mené une étude de surveillance basée sur la population pour déterminer l’étiologie de la pneumonie acquise dans la communauté (PAC) lors de la réémergence de maladies respiratoires virales et bactériennes après l’assouplissement du confinement de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) et mesures d’atténuation.
Sommaire
Arrière plan
Au cours des premières étapes de la pandémie de COVID-19, avant qu’une couverture vaccinale substantielle ne soit atteinte, la plupart des pays du monde avaient mis en œuvre des mesures d’atténuation des maladies non pharmaceutiques telles que la distanciation sociale et des confinements partiels à complets et encourageaient le port du masque et le lavage des mains pour limiter la propagation de le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2). Ces mesures ont également entraîné une réduction significative d’autres maladies respiratoires bactériennes et virales.
Lorsque ces mesures d’atténuation des maladies ont été assouplies et finalement retirées, un rebond des maladies respiratoires a été observé. Des études ont signalé une augmentation des cas de virus respiratoire syncytial chez les enfants et des maladies pneumococciques chez les adultes. Cependant, l’impact de facteurs tels que l’immunité collective contre le SRAS-CoV-2, le retrait des mesures d’atténuation et les variantes émergentes du SRAS-CoV-2 sur la PAC restent inexplorés.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les participants inscrits comprenaient des patients adultes suspectés d’infections des voies respiratoires inférieures admis dans deux hôpitaux de soins tertiaires et un hôpital communautaire en Thuringe, en Allemagne. Les critères d’inclusion des participants pour cette étude de surveillance prospective comprenaient une confirmation radiologique du diagnostic de PAC dans les deux jours suivant l’admission à l’hôpital, la collecte d’échantillons d’urine et de prélèvements nasopharyngés, et la disponibilité d’informations sur la sortie de l’hôpital.
Les écouvillons nasopharyngés ont été testés pour les virus respiratoires par réaction en chaîne par polymérase (PCR) : SRAS-CoV-2, rhinovirus, virus respiratoire syncytial, coronavirus endémique humain, virus de la grippe, adénovirus, virus parainfluenza, entérovirus, métapneumovirus humain et bocavirus. Un test d’antigène urinaire pneumococcique et des tests de détection d’antigène urinaire spécifique au sérotype (UAD) ont été utilisés pour les échantillons d’urine. Les tests UAD peuvent détecter les sérotypes des vaccins antipneumococciques conjugués utilisés. Le personnel de l’hôpital a également enregistré les informations sur les antécédents médicaux, les tests microbiologiques, l’évolution de l’hôpital et d’autres caractéristiques du patient pour chaque patient.
Résultats
Les résultats ont indiqué un âge médian de 67 ans pour les 760 patients atteints de PAC inscrits à l’étude, avec un taux de mortalité à l’hôpital de 8,4 %. Sur les 760 patients atteints de CAP, 72,8 % (553) avaient un pathogène respiratoire, le pathogène le plus répandu étant le SRAS-CoV-2, qui a été observé dans 68,2 % des cas. Streptococcus pneumoniae était le deuxième agent pathogène le plus répandu, trouvé chez 40 des 760 patients. Aucun cas de grippe n’a été détecté et l’incidence des infections par d’autres virus représentait moins de 1 % chacune.
Les sérotypes des vaccins antipneumococciques conjugués 13-valent (PCV13), 15-valent (PCV15), 20-valent (PCV20) et 23-valent (PPV23) ont été trouvés chez 17 (42,5 %), 18 (45 %), 28 (70%) et 29 (73%) des 40 cas, respectivement. L’incidence du SRAS-CoV-2 était plus élevée chez les patients âgés de 18 à 59 ans, tandis que les patients âgés de 60 ans ou plus avaient une incidence plus élevée de S. pneumoniae infections.
Entre janvier et mai 2021, la plupart des cas de PAC étaient dus au SRAS-CoV-2 (76,7 % à 93,7 %), tandis que S. pneumoniae les infections ne représentaient que 0,0% à 2,9% des cas de PAC. Cependant, après une brève baisse à 7,1 % en juillet, l’incidence du SRAS-CoV-2 est passée à 82,4 % en décembre 2021, et S. pneumoniae les infections ont augmenté à 16,7%. Alors que les cas de SRAS-CoV-2 ont diminué dans les groupes de patients plus âgés et plus jeunes entre le premier et le second semestre 2021, S. pneumoniae les infections et autres infections virales respiratoires ont augmenté au cours du second semestre 2021.
Au cours du premier semestre 2021, seuls deux patients sur 283 ont été co-infectés par S. pneumoniae et SARS-CoV-2, mais au cours du second semestre, 6 % (13/215) des patients du groupe 18-59 ans et 8,7 % (11/127) des patients âgés de 60 ans ou plus ont eu des co-infections avec S. pneumoniae et SARS-CoV-2.
L’étiologie changeante des cas de PAC a montré qu’au cours de la phase précoce de la pandémie de COVID-19, la majorité des cas de pneumonie étaient le résultat du SRAS-CoV-2, avec de très faibles niveaux de S. pneumoniae infections. Cependant, l’incidence de S. pneumoniae les infections sont revenues presque aux niveaux pré-pandémiques dans le groupe d’âge plus avancé à la fin de 2021. L’assouplissement des mesures de distanciation sociale et les différences d’interférence par les variantes du SRAS-CoV-2 qui sont apparues plus tard pourraient expliquer l’incidence accrue de S. pneumoniae infections.
conclusion
Dans l’ensemble, les résultats suggèrent que les mesures d’atténuation de la maladie mises en œuvre au cours des phases initiales de la pandémie de COVID-19 ont également réduit l’incidence de S. pneumoniae infections et autres pathogènes respiratoires. Pourtant, le retrait de ces mesures a entraîné la réapparition de S. pneumoniae infections. Une évaluation des stratégies de vaccination contre la grippe et S. pneumoniae, avec le SRAS-CoV-2, est nécessaire.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
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