L’épidémie rapide du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a entraîné la pandémie de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). Le COVID-19 a causé des ravages généralisés, faisant plus de 5 millions de morts dans le monde. Il existe un large éventail de taux d’hospitalisation et de risques de mortalité associés à la COVID-19.
Les populations ethniques noires courent un risque disproportionné d’hospitalisation ou de décès dus au COVID-19 au Royaume-Uni pour des raisons qui ne sont pas entièrement comprises.
Maintenant, une nouvelle étude publiée sur le medRxiv* le serveur de préimpression teste l’hypothèse selon laquelle les résultats défavorables du COVID-19 sont associés aux variantes du gène APOL1.
Sommaire
Ascendance africaine et risque de conséquences graves du COVID-19
Chez les individus d’ascendance africaine, des variantes du gène APOL1 (G1 et G2) sont présentes. Ces variantes ont été associées au risque d’un certain nombre de maladies non transmissibles telles que la maladie rénale chronique, la maladie du sommeil africaine, etc.
Variantes du gène APOL1 (G1 et G2)
Les variantes du gène APOL1 sont rares, et au cours des 10 000 dernières années, deux variantes sont apparues dans la population africaine. Ceux-ci sont appelés G1 (codant S342G et I384M) et G2 (codant la délétion de N388 et Y389). Ces variants sont présents sur différents haplotypes et sont absents (ou à très faible fréquence) dans les populations non africaines. G0/G0 est le nom donné aux individus qui n’ont aucune variante. G1 et G2 sont associés à des résultats alternatifs de la maladie infectieuse de la maladie du sommeil africaine qui est causée par deux sous-espèces de Trypanosome sp, c’est-à-dire Trypanosoma brucei, Trypanosoma brucei gambiense, et Trypanosoma brucei rhodesiense.
Les chercheurs ont observé que le G1 est associé à des Tb gambiense infection, tandis que G2 est associé à une infection plus sévère Tb gambiense maladie. Par rapport aux hétérozygotes composés G1/G2, G1 atténue le risque associé à la gravité de la maladie G2 gambiense.
Dans la présente étude, les scientifiques ont testé les six combinaisons de variantes détectées dans les populations africaines pour comprendre l’effet du génotype APOL1 sur l’infection par le SRAS-CoV-2.
Biobanque britannique
Les chercheurs ont utilisé les données de la UK Biobank, une base de données biomédicale à grande échelle et une ressource de recherche. UK Biobank contient des informations sur la génétique, le mode de vie et la santé d’un demi-million de participants britanniques. Il comprend également 7 643 personnes qui se déclarent d’origine ethnique noire. Cela comprend 7 600 individus qui ont des données de génotype sans ambiguïté pour les variantes APOL1. En septembre 2021, il y avait 142 hospitalisations et 36 décès dans cette cohorte associés à COVID-19.
Les scientifiques ont utilisé la régression logistique à biais réduit de Firth pour identifier les génotypes APOL1 associés à l’hospitalisation ou au décès. Dans cette analyse, ils ont considéré les quatre composantes principales de UK Biobank comme des covariables. Les autres facteurs de risque associés au COVID-19 incluent l’âge, le sexe, l’insuffisance rénale chronique (IRC), la fibrillation auriculaire, l’hypertension, la dépression, la maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC), la démence, le diabète de type 2, l’obésité et l’indice de privation de Townsend. .
Il a été observé que les hétérozygotes composés G1/G2 étaient associés à l’hospitalisation et au décès par rapport à G0/G0. Cette découverte est nouvelle car cette association n’a pas été détectée dans les études d’association à l’échelle du génome. De telles études examinent généralement des loci individuels séparément plutôt que des combinaisons de loci.
Conclusion
L’étude a une nouvelle découverte en ce que le génotype APOL1 (en particulier les hétérozygotes composés G1/G2) est un facteur contributif important dans l’augmentation des taux de résultats négatifs du COVID-19 chez les personnes d’ascendance africaine. Il faut cependant noter que l’échantillon de participants noirs de la biobanque britannique, qui ont été hospitalisés et/ou sont décédés des suites de COVID-19, est relativement petit. Par conséquent, la vérification du résultat avec une étude de cohorte plus approfondie est nécessaire.
Le mécanisme moléculaire derrière l’association des résultats de l’infection G1/G2 et SARS-CoV-2 n’est pas clair et cette question nécessite des recherches supplémentaires. Les résultats de telles études seraient extrêmement précieux, tant au niveau individuel qu’au niveau de la population. Ils aideront à identifier les personnes présentant un risque plus élevé de contracter l’infection et pourraient donc bénéficier d’une vaccination et d’un traitement précoces. Ceci est particulièrement pertinent pour les pays où les génotypes APOL1 G1/G2 sont courants, tels que l’Afrique de l’Ouest et du Centre.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
