Le séquençage du génome entier a amélioré les soins cliniques de certains enfants atteints de cancer en Angleterre en éclairant les soins individuels des patients.
Une nouvelle recherche menée par le Wellcome Sanger Institute, le Cambridge University Hospitals NHS Trust, le Great Ormond Street Hospital et l'Université de Cambridge soutient les efforts visant à fournir le séquençage du génome à tous les enfants atteints de cancer et montre comment il peut améliorer la gestion des soins en temps réel, offrant plus d'avantages que tous les tests actuels combinés.
L'étude, publiée aujourd'hui (2 juillet) dans Médecine naturellec'est la première fois que l'impact de l'utilisation du séquençage du génome entier dans la pratique actuelle du NHS est évalué.
L'équipe a analysé l'utilisation du séquençage systématique du génome, par le biais du service de médecine génomique du NHS, dans deux centres de cancérologie pédiatrique pour cancer solide et leucémie en Angleterre. Les chercheurs ont découvert que le séquençage du cancer apportait de nouvelles perspectives qui amélioraient les soins cliniques immédiats de 7 % des enfants, tout en offrant tous les avantages des tests standards actuels.
De plus, dans 29 % des cas, le séquençage du génome a fourni des informations supplémentaires qui ont aidé les cliniciens à mieux comprendre les tumeurs de chaque enfant et à éclairer la prise en charge future. Par exemple, il a permis de découvrir des mutations inattendues qui augmentent le risque de cancer futur, ce qui a conduit à la prise de mesures préventives, comme un dépistage régulier.
Dans l’ensemble, le séquençage du génome entier fournit des données supplémentaires et pertinentes sur le cancer de l’enfant, qui sont utiles pour éclairer la pratique. Les résultats montrent également qu’il peut réduire le nombre de tests nécessaires et, par conséquent, les chercheurs suggèrent qu’il devrait être proposé à tous les enfants touchés par le cancer.
Le séquençage du génome entier (WGS) est un test unique qui fournit une lecture complète de l'ensemble du code génétique de la tumeur et identifie chaque mutation cancérigène. En comparaison, les tests standards traditionnels ne prennent en compte que de minuscules régions du génome cancéreux, et par conséquent, beaucoup plus de tests sont souvent nécessaires par enfant.
Le séquençage du génome entier offre la vision la plus complète et la plus avant-gardiste du cancer. Ce qui était autrefois un outil de recherche que l'Institut Sanger a commencé à explorer il y a plus de dix ans est désormais devenu un test clinique que je peux proposer à mes patients. Il s'agit d'un puissant exemple de la révolution des données génomiques dans le domaine de la santé qui nous permet de fournir des soins de meilleure qualité et individualisés aux enfants atteints de cancer.
Professeur Sam Behjati, auteur principal du Wellcome Sanger Institute, des hôpitaux universitaires de Cambridge et de l'université de Cambridge
Le NHS England est l’un des rares services de santé au monde à avoir lancé une initiative nationale, par l’intermédiaire du Genomic Medicine Service, qui propose le séquençage génomique universel à chaque enfant suspecté de cancer. Cependant, en raison de multiples obstacles et d’un manque de preuves issues de la pratique en temps réel soutenant son utilisation, le séquençage complet du génome du cancer n’est pas encore une pratique répandue.
La dernière étude, menée par le Wellcome Sanger Institute, le Cambridge University Hospitals NHS Trust, le Great Ormond Street Hospital et l'Université de Cambridge, a porté sur 281 enfants suspectés de cancer dans deux unités anglaises où ce test de référence est régulièrement proposé.
L’équipe a analysé les informations cliniques et diagnostiques de ces unités et a évalué l’impact du séquençage du génome sur les soins prodigués aux enfants atteints de cancer.
Ils ont constaté que le WGS a modifié la gestion clinique dans sept pour cent des cas, améliorant les soins pour 20 enfants, en fournissant des informations qu’il n’est pas possible d’acquérir à partir de tests de soins standard.
De plus, le WGS a fidèlement reproduit chacun des 738 tests de soins standard utilisés dans ces 281 cas, ce qui suggère qu'un seul test WGS pourrait remplacer les multiples tests actuellement utilisés par le NHS si cela s'avère économiquement viable.
Le séquençage du génome entier (WGS) permet d’obtenir des informations détaillées sur les cancers rares, par exemple en révélant de nouvelles variantes du cancer. L’utilisation généralisée du séquençage du génome permettra aux cliniciens d’accéder à ces informations pour chaque patient tout en créant simultanément une puissante ressource génomique partagée pour la recherche de nouvelles cibles thérapeutiques, de stratégies de prévention possibles et des origines du cancer.
Le Dr Jack Bartram, auteur principal du Great Ormond Street Hospital NHS Foundation Trust et du North Thames Genomic Medicine Service, a déclaré : « Le traitement du cancer chez l'enfant est principalement guidé par les caractéristiques génétiques de la tumeur. Par conséquent, une compréhension génétique approfondie du cancer est essentielle pour guider notre pratique. Nos recherches montrent que le séquençage du génome entier offre des avantages tangibles par rapport aux tests existants, offrant de meilleurs soins à nos patients. Nous espérons que ces recherches mettront vraiment en évidence pourquoi le séquençage du génome entier devrait être proposé dans le cadre des soins cliniques de routine à tous les enfants chez qui on suspecte un cancer. »
L'histoire d'Eddie
À l'âge de six ans, Eddie a commencé à avoir régulièrement de légères fièvres qui semblaient l'affecter beaucoup. Même si les premiers tests étaient normaux, les fièvres sont devenues plus fréquentes et sa mère, Harri, a remarqué qu'à une ou deux reprises, il semblait essoufflé alors qu'il faisait de petites choses comme lire un livre. Une radiographie du thorax a révélé une énorme masse sur la poitrine d'Eddie et on lui a diagnostiqué une leucémie lymphoblastique aiguë à cellules T (LLA-T). Eddie a été immédiatement transféré au Great Ormond Street Hospital (GOSH) pour commencer le traitement.
« Je sais que ça a l'air cliché, mais on ne peut pas vraiment croire que cela arrivera un jour à son enfant. C'était comme si notre monde s'écroulait sous nos pieds. Pendant ces premières semaines, je me demandais si c'était la fin, je prenais tellement de photos de nous ensemble et je me demandais si ce serait la dernière », a déclaré Harri, la mère d'Eddie.
Eddie a été soumis à un plan de traitement comprenant huit mois de chimiothérapie intensive, suivis de deux ans et demi de traitement d'entretien. Dans le cadre de son traitement au GOSH, la famille d'Eddie s'est également vu proposer un WGS pour identifier tout changement causant le cancer.
« Lorsqu'on nous a proposé le séquençage du génome entier, nous n'avons même pas hésité. Je voulais avoir toutes les informations, je voulais avoir l'esprit tranquille pour l'avenir et savoir qu'Eddie recevait les bons soins tout au long de sa vie. Je voulais aussi m'assurer que le frère d'Eddie, Leo, ne soit pas plus susceptible de souffrir de LAL-T que son frère », a déclaré Harri, la mère d'Eddie.
Le jour de son septième anniversaire, la famille d'Eddie a reçu un appel lui annonçant qu'il était en rémission. Aujourd'hui, à neuf ans, Eddie est sur le point de terminer son traitement d'entretien et se porte bien.
« Nous essayons de vivre chaque jour et cette expérience a vraiment changé notre vision de la vie. Nous essayons toujours de tirer le positif de chaque situation. Les mots ne peuvent pas expliquer ce qu'Eddie a traversé ces trois dernières années, mais il en est sorti comme un jeune homme sensible, confiant et intelligent. Il est mature pour son âge et il a été impliqué dans tout, y compris les décisions concernant son traitement. Dire que nous sommes fiers n'est même pas assez proche de ce que nous ressentons vraiment pour lui », a déclaré Harri.
Leur expérience personnelle du WGS a été si importante dans leur parcours qu’ils ont apporté leur soutien à cette recherche.
« Je dis toujours qu’avoir un enfant avec un diagnostic de cancer, c’est comme si on se trouvait devant une trappe toutes ces années sans savoir. Puis, après le diagnostic, on est en chute libre. Et même lorsque les choses se stabilisent à nouveau, on est constamment conscient que la trappe est toujours là et qu’il est possible qu’elle s’ouvre à nouveau à tout moment. Le fait d’avoir accès au séquençage du génome entier nous a donné un certain sentiment de réconfort, cela aurait pu nous informer sur les traitements ciblés et nous donner un aperçu des risques futurs. Nous voulions soutenir quelque chose qui avait le potentiel d’avoir un impact réel sur le traitement et les résultats, donc lorsque nous avons entendu parler de ce projet de recherche et de son potentiel, c’était très enthousiasmant de pouvoir y participer un peu. Cela nous a aidés à transformer quelque chose d’aussi dévastateur en quelque chose de positif et nous espérons simplement que cette recherche nous aidera », a déclaré Harri.
