Un récent rapport publié sur le medRxiv* Le serveur de préimpression fournit des informations sur la propagation mondiale restreinte de la variante Mu (B.1.621) du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2).
Sommaire
Contexte
Le SRAS-CoV-2 est apparu fin 2019 et a provoqué la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) en cours. Le schéma de la pandémie de COVID-19 continue d’être remodelé par l’émergence ultérieure de variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 (COV). Fin 2021, 13 variantes du SRAS-CoV-2 ayant des implications pour la santé publique ont été découvertes par l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Alors que les COV Delta et Alpha hautement transmissibles sont progressivement devenus importants dans de nombreuses régions du globe, ceux qui ont des capacités d’évasion immunitaire comme le Mu VOC ont eu une influence moindre.
Le COV d’Omicron qui a émergé fin 2021 présentait à la fois des capacités de transmission et d’évasion immunitaire élevées et est rapidement devenu la souche dominante du SRAS-CoV-2 dans de nombreux pays. Néanmoins, on ne sait pas pourquoi peu de COV du SRAS-CoV-2, comme Omicron, sont devenus dominants à l’échelle mondiale alors que la propagation d’autres COV comme Mu a été limitée.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les scientifiques ont évalué l’émergence et la propagation du SARS-CoV-2 Mu VOC, initialement découvert en Colombie fin 2020, en adoptant une stratégie multidisciplinaire. Les auteurs ont combiné des données génomiques et expérimentales pour analyser la transmission remarquablement restreinte du Mu VOC hautement immunisé.
Les chercheurs ont initialement évalué les propriétés biologiques de Mu par rapport à d’autres variantes du SARS-CoV-2 (Delta, Lambda, Alpha, Omicron, Beta et Gamma) en utilisant des tests de réplication et de neutralisation. Par la suite, les auteurs ont mené une analyse phylogénétique du Mu VOC pour déterminer quand B.1.621 et ses sous-lignées ont probablement émergé et quand ils ont été découverts. L’équipe a également effectué des analyses génomiques de Mu. Les chercheurs ont adopté une stratégie épidémiologique pour évaluer la propagation et la distribution mondiales du Mu VOC. Enfin, l’équipe a mené une inférence phylogénétique discrète pour quantifier le taux de propagation intercontinentale de Mu.
Résultats et discussions
Les résultats de l’étude ont montré que le COV SARS-CoV-2 Mu était plus résistant à la neutralisation que les COV viraux tels que Delta et Alpha. De plus, un taux de réplication accru n’a été observé dans aucun des COV du SRAS-CoV-2 analysés.
Les résultats indiquent que la capacité d’évasion immunitaire du Mu VOC n’était pas uniquement suffisante pour surpasser les autres COV du SRAS-CoV-2 circulant dans le monde au cours de la deuxième année de la pandémie de COVID-19. Ces données suggèrent qu’une capacité de transmissibilité plus élevée était plus avantageuse que l’évasion immunitaire au cours de la deuxième année de la pandémie de SRAS-CoV-2. De plus, l’émergence ultérieure du COV Omicron dominant dans le monde entier, qui était à la fois hautement évasif et transmissible, suggère que ces qualités ont fonctionné de concert pour augmenter les taux d’infection d’Omicron à des niveaux jusqu’alors inouïs dans le monde.
L’analyse phylogénétique de Mu a indiqué qu’un délai s’est produit entre l’émergence putative de Mu et sa détection initiale en Amérique du Sud. L’évaluation génomique de Mu a suggéré qu’une mutation de décalage de cadre générant un codon d’arrêt prématuré dans ORF3a aurait pu retarder la publication des séquences du génome du clade B.1.621 sur l’initiative mondiale de référentiel public sur le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID).
L’inférence phylogénétique discrète a révélé que malgré les caractéristiques d’évasion immunitaire et la longue durée de transmission non détectée de B.1.621 et de ses sous-lignées, Mu ne s’est pas propagé beaucoup au-delà de l’Amérique du Sud, contrairement aux prédictions des auteurs. Mu s’était propagé du Sud vers l’Amérique du Nord, l’Europe et l’Asie de manière unidirectionnelle. Cependant, cela pourrait ne pas être suivi pour les futures variantes du SRAS-CoV-2, nécessitant un examen plus détaillé de la dynamique de la circulation virale.
conclusion
Les résultats de l’étude ont illustré que même si le COV du SARS-CoV-2 Mu était moins susceptible d’être neutralisé que les variantes virales apparues précédemment, Mu ne s’est pas transmis de manière substantielle en dehors de l’Amérique centrale et du Sud. En outre, les résultats ont montré que la réponse du système mondial de surveillance génomique au Mu VOC était entravée par des lacunes et des retards dans les rapports.
L’étude actuelle fournit une évaluation complète du COV du SRAS-CoV-2, Mu. Ce travail multidisciplinaire implique que l’évasion immunitaire de Mu elle-même n’était pas suffisante pour surpasser les variantes hautement transmissibles du SRAS-CoV-2 telles que Omicron circulant en parallèle avec le Mu VOC.
Les auteurs ont démontré les fondements génomiques de l’aptitude virale du SARS-CoV-2 en utilisant des génomes SARS-CoV-2 circulants connus. En outre, l’étude suggère que la connaissance de l’association complexe entre les caractéristiques épidémiologiques et génomiques des variantes antérieures du SRAS-CoV-2 devrait influencer les stratégies de gestion des variantes qui devraient émerger à l’avenir.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
