_8c4aee811d3f417d90ffdd45691c0418-620x480.jpg)
La pandémie COVID-19 reste un mystère, alors que les scientifiques ont du mal à découvrir d'où vient le virus et comment il est entré dans l'hôte humain. Cette ligne d'étude n'est pas seulement académique, car elle seule peut dire si de futures pandémies causées par des agents inconnus sont susceptibles de survenir, où et pourquoi. Après tout, ce n'est pas la première épidémie de maladie zoonotique au cours des dernières décennies, et certainement pas la première causée par des coronavirus pathogènes connus pour infecter les espèces animales à l'état sauvage.
Sommaire
Pourquoi les zoonoses émergent
Une nouvelle étude publiée sur le serveur de pré-impression medRxiv * en août 2020 examine les causes profondes sous-jacentes à l'émergence de telles maladies infectieuses suite à leur croisement de la ligne séparant les virus animaux de l'homme. Cet événement initial est d'une importance énorme.
Dans la pandémie actuelle, le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a une identité de séquence génomique de 96% avec une souche trouvée chez les chauves-souris fer à cheval. C'est chez ces animaux que l'on retrouve la plupart des ancêtres antérieurs des SARSr-CoV, ce qui en fait le réservoir probable de ces virus. Cependant, on ne sait pas si cela s'est produit directement ou par un saut intermédiaire des chauves-souris à une autre espèce, comme le pangolin malais, et de là aux humains.
Néanmoins, il est clair qu'un nombre croissant de contacts entre les animaux sauvages et les humains sont à l'origine de l'entrée de virus animaux dans la communauté humaine. Les chercheurs de la présente étude soulignent que c'est l'effet de plusieurs facteurs liés qui diminuent la distance et augmentent les taux de contact entre les humains et les animaux sauvages, ainsi qu'entre les humains eux-mêmes.
Fer à cheval intermédiaire (Rhinolophus affinis). Crédit d'image: Binturong-tonoscarpe / Shutterstock
Facteurs favorisant le contact humain-animal sauvage
Ces facteurs comprennent une population en plein essor empêchée de diverses manières de s'étendre dans des espaces moins encombrés, une croissance accrue des villes; une augmentation du revenu par habitant dans les pays à revenu intermédiaire; et les changements des habitudes alimentaires liés à ces changements. Autrement dit, la demande croissante de produits animaux qui accompagne la plus grande disponibilité de liquidités gratuites fait en sorte que davantage de terres forestières sont revendiquées pour l'agriculture et l'élevage – également appelé empiètement forestier.
Cela affecte inévitablement l'écologie des systèmes forestiers. L'entrée des humains dans des zones autrefois habitées par des animaux sauvages, la poursuite de la chasse, le défrichement des forêts pour créer des pâturages pour le bétail à paître ou pour l'élevage, peuvent tous encourager les virus animaux à entrer dans la communauté humaine. De plus, la perte de la vieille forêt et le fractionnement d'une seule forêt en fragments plus petits et non viables entraînent la disparition des communautés animales de niche tout en favorisant la survie des espèces généralistes.
Trouver le lien: utilisation des terres et émergence d'une pandémie
Cette recherche se concentre donc sur la recherche d'un lien, le cas échéant, entre le changement de la façon dont les terres sont utilisées à l'époque moderne et la pandémie COVID-19, y compris en tant que principaux moteurs de la fragmentation des forêts et de l'empiètement des humains sur la patrie de la nature. Les chauves-souris fer à cheval du genre Rhinolophus est utilisé comme système d'index pour démontrer comment de futures épidémies d'infections à coronavirus peuvent survenir, compte tenu de la grande variété de ces chauves-souris en Chine, ainsi que des coronavirus de chauves-souris (CoV) ressemblant au SRAS-CoV.
Les chercheurs ont découvert que deux des quatre genres de CoV se trouvent chez les chauves-souris, à savoir les alpha et bêta-CoV. Les quatre sous-genres betaCoV infectent les chauves-souris, y compris le CoV lié au SRAS (SARSr-CoV). Le SRAS lui-même a commencé dans le sud-est de la Chine et a ensuite été retracé à R. sinicus et R. affinis, parmi d'autres chauves-souris fer à cheval. La ressemblance étroite entre le SRAS-CoV et le dangereux SRAS humain les a amenés à examiner les perturbations de l'habitat des chauves-souris en association avec les chauves-souris elles-mêmes. Cela comprenait l'Asie du Sud et de l'Est et la Chine.
Analyse spatiale univariée des facteurs d'épidémie de coronavirus (A) Points d'échantillonnage générés aléatoirement en Chine (violet foncé) et en dehors de la Chine (violet clair) et points de localisation des chauves-souris (jaune), pondérés par les distributions d'espèces de chauves-souris en fer à cheval présentes dans l'Est, le Sud et le Sud-Est Asie; (B) points chauds (rouge) et points froids (bleu) de la densité du bétail; (C) les points chauds de la fragmentation des forêts; (D) les points chauds des établissements humains.
La Chine bondée de bétail
En Chine, le bétail est abondant dans les régions avec des chauves-souris fer à cheval. En fait, il s'agit d'un hotspot de diversité, par rapport au reste du pays, contenant des pourcentages plus élevés de volailles, de porcs et de bovins domestiques. Les chercheurs ont dessiné un cercle avec un rayon de 30 km de chaque emplacement de chauve-souris et ont constaté que ces animaux domestiques étaient trouvés à des densités beaucoup plus élevées que dans des zones sélectionnées au hasard.
Perte et fragmentation des forêts
Le couvert forestier et la fragmentation de la forêt sont à nouveau plus évidents, statistiquement parlant, dans la région autour d'une zone aléatoire en Chine par rapport à d'autres régions. Cela montre que le couvert forestier et la densité des terres cultivées sont plus faibles ici et que la forêt est divisée en morceaux, contrairement aux autres zones examinées dans la même étude. Ceci est plus significatif autour des points où les chauves-souris sont réellement vues, par rapport aux endroits choisis au hasard en dehors de la Chine mais dans la région de distribution des chauves-souris.
Empiètement humain
Les humains ont également empiété sur les habitats des chauves-souris en fer à cheval, y construisant leurs villages et leurs villes, avec une forte densité de population. Ainsi, ces deux espèces partagent les mêmes hotspots d'activité. Les chercheurs affirment: «Ces résultats démontrent que la Chine présente des signes plus forts d'empiètement humain, de densité du bétail et de perturbation des forêts du SARSr-CoV hébergeant des distributions de chauves-souris en fer à cheval que d'autres régions. Les régions proches des fragments de forêt présentent un couvert forestier et des terres cultivées plus faible. »
En d'autres termes, la Chine est l'un des points chauds importants réunissant tous ces facteurs – fragmentation, densité du bétail et établissement humain, d'autres se trouvant dans l'est du Népal, au Bangladesh, dans le nord-est de l'Inde et au Kerala. Les chercheurs utilisent ces connaissances pour identifier les futurs potentiels de propagation du virus. Cela peut se produire si un ou plusieurs de ces facteurs franchissent la frontière entre un changement mineur et un état de hotspot.
Ils concluent que la région de la Chine au sud du grand port de Shanghai va probablement devenir un hotspot car les forêts y sont rapidement fragmentées. Le Japon et le nord des Philippines sont également prêts à faire la transition pour la même cause.
Les facteurs d'interaction augmentent le risque d'épidémie
La zone géographique entre le hotspot en Chine et le point moins chaud d'Indochine, et celle autour du hotspot thaïlandais, montrent des signes d'augmentation de l'activité humaine et animale, respectivement. Cela signifie que ces régions sont «adaptées aux retombées du SRAS-CoV de la faune aux humains (ou) qui risquent de devenir sujettes à des retombées» à mesure que les modes d'utilisation des terres et les empiétements humains augmentent.
Outre l'impact écologique et l'expansion des terres agricoles, les déplacements des personnes ou des animaux, et l'activité commerciale, interagissent avec les propriétés intrinsèques de l'hôte ainsi que les interventions adoptées à ce moment (biosécurité, port d'équipement de protection individuelle, hygiène stricte de la viande préparation et consommation) pour réduire le risque final.
Actions futures
Les chercheurs attirent l'attention sur la nécessité de contrer ces tendances dangereuses observées dans les points chauds menaçants ou potentiels, par exemple en maintenant ou en reconstruisant les forêts, en supprimant les pâturages et les fermes pour le bétail beaucoup plus loin des frontières des forêts et en réduisant la densité de l'activité humaine dans ces zones tampons. . Les futures évaluations des incidences sur l'environnement devraient également prendre en compte le risque de transformer la région concernée en nouveaux points chauds pour l'émergence de maladies zoonotiques de contagion.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.
