Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de prétirage, les chercheurs effectuent des enquêtes multi-échelles approfondies pour explorer les caractéristiques virologiques de la sous-variante XBB.1.16 du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2) Omicron.
Étude: Caractéristiques virologiques du variant SARS-CoV-2 Omicron XBB.1.16. Crédit d’image : Limbitech / Shutterstock.com
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
Arrière-plan
La variante SARS-CoV-2 XBB.1.16 est associée à un nombre effectif de reproduction 1,27 et 1,17 fois plus élevé (Re) par rapport aux sous-variants XBB.1 et XBB.1.5, respectivement, indiquant ainsi la capacité de cette nouvelle variante d’Omicron à se disséminer rapidement.
En raison de cette transmissibilité accrue, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a commencé à surveiller XBB.1.16 le 30 mars 2023, suite à sa détection dans plusieurs pays, dont l’Inde. Plus tôt, les sous-variants SARS-CoV-2 Omicron XBB avec la substitution F486P dans leur protéine de pointe (S), qui incluent XBB.1.5 et XBB.1.9, circulaient largement dans le monde entier.
Résultats de l’étude
Les analyses actuelles ont montré que par rapport à ses souches mutantes prédécesseurs, XBB.1.16 avait deux substitutions S, y compris E180V et T478R dans le domaine N-terminal (NTD) et le domaine de liaison au récepteur (RBD), respectivement. De plus, la constante de dissociation (KD) du XBB.1.16 RBD pour l’enzyme de conversion de l’angiotensine du récepteur hôte 2 (ACE2) était 2,4 fois plus élevé que XBB.1.5 ; cependant, son KD les valeurs étaient nettement inférieures à celles de XBB.1, reflétant ainsi les affinités de liaison de cette nouvelle sous-variante.
Les tests de pseudovirus ont montré que l’infectivité de XBB.1.16 était comparable à celle de XBB.1 mais contrairement à XBB.1.5, ce dernier ayant une infectivité plus élevée que le mutant XBB.1 parental. A noter que les mutations de substitution S:T478R et S:E180V ont une influence significative sur l’infectiosité de ce variant viral. Alors que la mutation S : T478R augmente l’infectivité de XBB.1.16, la substitution S : E180V réduit significativement son infectivité virale.
XBB.1.16 a probablement acquis ces deux mutations de la protéine S simultanément comme stratégie d’évolution. Ce comportement a déjà été observé dans d’autres sous-variantes d’Omicron, notamment BA.5 et XBB.1. En effet, XBB.1.16 suit le chemin évolutif des sous-variantes d’Omicron qui ont émergé plus tôt.
En ce qui concerne la sensibilité aux sérums, les tests de neutralisation ont montré que XBB.1.16 était très résistant aux sérums d’individus réinfectés avec Omicron BA.2/BA.5, 18 et 37 fois plus résistants qu’Omicron B.1.1/B.1.1. Cependant, la sensibilité de ce variant aux sérums convalescents de hamsters infectés par XBB.1 était similaire aux mutants XBB.1/XBB.1.5.
XBB.1.16 était hautement résistant aux six anticorps monoclonaux cliniquement disponibles pour le SRAS-CoV-2. Seul le sotrovimab a présenté une activité antivirale contre XBB.1.16 ; cependant, cet effet était faible. Enfin, la cartographie antigénique a montré que XBB.1.16 avait une antigénicité proche de XBB.1 ; cependant, cette caractéristique différait considérablement de celle associée à XBB.1.5.
conclusion
Dans l’ensemble, les analyses exploratoires approfondies actuelles ont révélé que la sous-variante SARS-CoV-2 Omicron XBB.1.16 a un immense potentiel de diffusion et d’infection dans le monde entier dans une plus grande mesure que les sous-variantes XBB.1 et XBB.1.5. De plus, XBB.1.16 présente un potentiel d’évasion immunitaire plus élevé, similaire à celui de XBB.1 et XBB.1.5.
Les auteurs ont estimé que XBB.1.16 bénéficiait d’un avantage de fitness et de croissance supérieur en raison d’une antigénicité différente de XBB.1.5. De plus, des mutations dans les protéines non-S SARS-CoV-2 ont également potentiellement contribué à sa meilleure forme physique.
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
