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La faune urbaine de Madrid représente une menace zoonotique croissante, les chauves-souris et les oiseaux hébergeant des niveaux élevés d'agents pathogènes potentiellement dangereux, suscitant des inquiétudes quant aux risques pour la santé publique.
Étude: Potentiel zoonotique des excréments de la faune urbaine, évalué par métabarcodage. Crédit d'image : Kateryna Kon/Shutterstock.com
Dans une étude récente publiée dans Science de l'environnement total, Des chercheurs caractérisent les agents pathogènes zoonotiques potentiels présents dans des échantillons fécaux d'espèces de vertébrés urbains à Madrid, en Espagne, afin de déterminer leur prévalence et leurs principaux réservoirs.
Qu'est-ce qu'une zoonose ?
La zoonose désigne la transmission de maladies infectieuses des animaux aux humains. Ces maladies peuvent être causées par des virus, des bactéries ou des parasites et sont directement transmises aux humains par l'ingestion d'aliments ou d'eau contaminés ou par des vecteurs, tels que les moustiques et les tiques.
Les maladies infectieuses émergentes à potentiel zoonotique constituent une menace importante pour la santé publique. Plusieurs facteurs ont contribué à l’émergence d’épidémies zoonotiques, notamment l’augmentation des interactions entre les humains, la faune sauvage et le bétail, la mondialisation, l’intensification de l’agriculture, le changement climatique et la disponibilité ou l’accessibilité limitée des systèmes de santé.
Il est donc urgent d’établir des stratégies mondiales de surveillance des maladies zoonotiques et des agents pathogènes. Pour une évaluation précise des risques et la mise en place d’un système d’alerte rapide, une surveillance active doit être effectuée de manière méthodique et régulière, en particulier dans les régions à forte densité de population où la transmission de maladies est plus probable.
Résumé graphique
Résultats de l'étude
Le métabarcodage est une technique de séquençage de nouvelle génération abordable qui permet de caractériser les micro-organismes présents dans un échantillon grâce au séquençage de fragments d'ADN spécifiques. Dans l'étude actuelle, les scientifiques ont utilisé une technique de métabarcodage pour analyser les agents pathogènes potentiellement zoonotiques présents dans des échantillons fécaux de neuf espèces de vertébrés urbains, dont six oiseaux et trois mammifères.
Au total, 21 genres bactériens potentiellement zoonotiques ont été isolés à partir d'échantillons fécaux de toutes les espèces de vertébrés urbains étudiées. Dix de ces genres comprenaient des espèces zoonotiques dont la surveillance était obligatoire dans l'Union européenne.
Parmi les espèces de vertébrés urbains étudiées, les chauves-souris ont été identifiées comme les hôtes les plus fréquents d'agents pathogènes potentiellement zoonotiques, suivies des cigognes, des pigeons et des moineaux. Parmi les espèces zoonotiques identifiées de grande importance, Campylobacter et Listeria ont été détectés chez les oiseaux, alors que Chlamydia et Vibrio cholerae ont été détectés chez les chauves-souris.
Étant donné la présence omniprésente de lapins dans les régions urbaines et rurales, les scientifiques ont collecté et analysé des échantillons de matières fécales de lapins vivant en milieu urbain et rural. Une prévalence plus élevée de certaines espèces bactériennes a été observée chez les lapins urbains par rapport à celle des lapins ruraux. La différence la plus significative a été observée pour Campylobacter et Staphylocoquecar Campylobacter a été identifié dans plus de 50 % des échantillons de lapins urbains, contre seulement 11 % des échantillons de lapins ruraux.
Importance de l'étude
L’étude actuelle fournit un aperçu complet des agents pathogènes potentiellement zoonotiques qui circulent actuellement parmi les espèces vertébrées urbaines. Les oiseaux et les chauves-souris urbains ont été identifiés comme les principaux réservoirs de ces agents pathogènes, soulignant ainsi un risque potentiel de zoonose.
Les espèces bactériennes les plus abondantes détectées comprenaient Clostridium perfringens et Escherichia coli. Les deux espèces peuvent être des membres naturels du microbiote fécal de l'hôte ; cependant, Clostridium perfringens est connu pour avoir des souches pathogènes.
Le métabarcodage permet de détecter des pathogènes dans un échantillon. Cependant, cette technique ne peut pas fournir d'informations sur la capacité pathogène des pathogènes identifiés. Par conséquent, des études futures incluant des amorces spécifiques pour les souches pathogènes dans le métabarcodage sont nécessaires.
D’autres espèces potentiellement zoonotiques identifiées dans l’étude actuelle comprennent Brucella, Campylobacter, Chlamydia, Listeria, Mycobacterium, Salmonella, Vibrioet Yersinia. Parmi ces espèces, Campylobacter a déjà été décrit chez les oiseaux comme un agent pathogène zoonotique.
Dans l’étude actuelle, la prévalence la plus élevée de Campylobacter a été observé chez les pigeons et les moineaux, suivis par les lapins urbains. Campylobacter jéjuni a été détecté chez les pigeons et les moineaux, et il est principalement responsable de la plupart des campylobactérioses chez l'homme.
Les pigeons, les moineaux et les lapins sont les espèces les plus courantes qui rencontrent facilement les humains, augmentant ainsi le risque zoonotique de campylobactériose.
Les chauves-souris ont été identifiées comme l'espèce la plus importante en tant que réservoir d'agents pathogènes zoonotiques. Les espèces potentiellement zoonotiques les plus importantes identifiées chez les chauves-souris comprennent Chlamydia et Vibrio cholerae.
Les résultats de l’étude démontrent l’utilité du métabarcodage pour le dépistage rapide des agents pathogènes potentiellement zoonotiques, ce qui peut en fin de compte faciliter les efforts de surveillance de la plupart des agents pathogènes et des espèces hôtes pertinents.
