Dans une étude récente publiée dans le PLoS ONE journal, les chercheurs ont évalué la faisabilité de la surveillance du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) à l’aide d’un échantillonnage des eaux usées.
Il a été constaté que les patients atteints de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) excrétaient le virus dans leurs selles sans présenter de symptômes gastro-intestinaux. En conséquence, l’acide ribonucléique (ARN) du SRAS-CoV-2 peut être trouvé dans les eaux usées environnementales, qui comprennent les excréments humains et les eaux usées des installations de traitement des eaux usées. La surveillance des eaux usées à des fins de santé publique a été utilisée pour vérifier la présence de drogues d’abus, telles que les opioïdes, les bactéries entériques résistantes aux antimicrobiens et le poliovirus dans les populations locales. Il a été suggéré que des tests réguliers pour le SRAS-CoV-2 dans les eaux usées pourraient aider à identifier les épidémies actuelles ou à anticiper les épidémies potentielles.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont étudié la faisabilité de mener une surveillance épidémiologique basée sur les eaux usées (WBE) en Indonésie.
L’équipe a mis en place le premier programme de surveillance épidémiologique du SRAS-CoV-2 basé sur les eaux usées dans la région spéciale de la province de Yogyakarta en Indonésie. La province dispose de deux types différents de systèmes de stations d’épuration des eaux usées (WWTP) en fonctionnement : (1) une station d’épuration centrale gérée par le gouvernement provincial et (2) des stations d’épuration communautaires, qui sont gérées de manière autonome par chaque communauté locale.
Dans trois des cinq districts de la région spéciale de la province de Yogyakarta, une surveillance de routine de la WBE et des analyses de sol ont été lancées. Comme ces régions ont la couverture maximale du système central d’assainissement, l’équipe a sélectionné six sous-districts de la ville de Yogyakarta et deux du district de Sleman et du district de Bantul. En outre, 12 établissements regroupés ont été choisis qui utilisaient de petites stations d’épuration communautaires. La technique d’échantillonnage ponctuel ou d’échantillonnage passif a été utilisée pour collecter les échantillons.
Les codes-barres de chaque échantillon ont été pré-imprimés sur les bouteilles. Les stations d’épuration centrale et communautaire, les rivières, les fosses septiques et plusieurs sites d’entrée d’un échantillonneur passif de type torpille ont été utilisés pour recueillir des échantillons. Les échantillonneurs passifs ont été collectés 24 heures après le déploiement. Des sacs à fermeture éclair ont été utilisés pour recueillir les échantillons de sol. Avant l’extraction d’ARN et l’analyse quantitative de la réaction en chaîne par polymérase en temps réel (RT-qPCR) par transcription inverse, tous les échantillons traités d’échantillons de sol, d’échantillonneurs passifs et d’échantillons d’eaux usées ont été conservés à -80 ° C. Le test SARS-CoV-2 RT-PCR et le contrôle synthétique de l’ARN SARS-CoV-2 ont été utilisés pour identifier l’ARN SARS-CoV-2.
L’efficacité de récupération et la valeur réelle de l’ARN du SRAS-CoV-2 ont également été signalées. Plusieurs contrôles d’ARN du SRAS-CoV-2, tels qu’un contrôle de phage MS2 à diverses concentrations connues et un contrôle négatif, ont été inclus dans chaque cycle de qPCR. De plus, la limite de détection (LOD) du test RT-qPCR a été établie.
Résultats
Un total de 544 échantillons ont été obtenus tout au long de la période d’échantillonnage de 10 semaines, et 54 % d’entre eux ont été testés positifs pour l’ARN du SRAS-CoV-2. Pour les résultats positifs pour les gènes de la nucléocapside (N) et du cadre de lecture ouvert (ORF)-1ab du SRAS-CoV-2, les valeurs médianes du seuil de cycle (Ct) étaient de 35,1 et 33,9, respectivement. Les échantillons de trou d’homme avaient le taux positif le plus élevé, tandis que les échantillons de sol avaient le plus faible.
Les échantillons prélevés en juillet 2021 avaient le taux de positivité le plus élevé de 77 %. Fin septembre 2021, le taux était tombé à 25 %, reflétant une diminution du taux de détection corrélée à une réduction de la fréquence des cas cliniques de COVID-19 signalés dans la communauté. En utilisant l’approche par benne, le gène N a été trouvé dans 74 % des échantillons d’eaux usées, 64 % des échantillons d’eau de suivi à proximité de la source (NST), 50 % des échantillons de rivière et 3 % des échantillons de sol NST. Ce résultat était conforme à la cible du gène ORF1ab ; cependant, plus d’échantillons de sol ont été testés positifs pour le gène ORFlab que pour le gène N.
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré qu’il était possible de suivre le fardeau communautaire des infections en Indonésie en mettant en œuvre un système de surveillance WBE pour le SRAS-CoV-2. Des informations supplémentaires sur la prévalence et la distribution du COVID-19 dans la communauté sont révélées par cette combinaison de techniques d’échantillonnage. Des recherches futures sont nécessaires pour déterminer si WBE peut détecter les épidémies de SRAS-CoV-2 tôt dans cet environnement.
