De multiples mutations de la protéine Spike (S) dans la variante Omicron du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) contribuent à l’évasion du virus des réponses d’anticorps neutralisants, réduisant ainsi la protection vaccinale contre l’infection. On ne sait pas dans quelle mesure d’autres composants de réponse adaptative, tels que les cellules T, peuvent toujours cibler Omicron et contribuer à la protection contre les résultats catastrophiques. La capacité des lymphocytes T à répondre au pic Omicron a été testée chez des participants qui avaient été vaccinés avec Ad26.CoV2.S ou BNT162b2, ainsi que chez des patients COVID-19 convalescents non vaccinés.
Dans une nouvelle étude, une équipe de chercheurs d’institutions multinationales a découvert que 70 à 80 % des réponses des lymphocytes T CD4 et CD8 au pic étaient cohérentes entre les groupes de recherche. De plus, bien qu’ayant beaucoup plus de mutations, l’ampleur des cellules T à réactivité croisée Omicron était comparable à celle des variantes Beta et Delta. De plus, les réponses des lymphocytes T aux protéines de pointe, de nucléocapside et de membrane ancestrales chez les patients hospitalisés infectés par Omicron étaient équivalentes à celles observées chez les individus hospitalisés dans des vagues antérieures dominées par les variations ancestrales, bêta ou delta.
Selon ces résultats, malgré les mutations généralisées d’Omicron et sa sensibilité plus faible aux anticorps neutralisants, la majeure partie des réponses des lymphocytes T provoquées par la vaccination ou l’infection spontanée reconnaissent la variation. Les premières observations cliniques en Afrique du Sud suggèrent qu’une immunité bien conservée des cellules T contre Omicron peut contribuer à la protection contre le COVID-19 sévère.
Une version pré-imprimée de cette étude, qui doit encore faire l’objet d’un examen par les pairs, est disponible sur le site medRxiv* serveur.
Étude : Les réponses des lymphocytes T à pointes SARS-CoV-2 induites lors de la vaccination ou de l’infection restent robustes contre Omicron. Crédit d’image : Fusebulb/Shutterstock
L’étude
Les réponses des lymphocytes T ont été étudiées chez des personnes ayant reçu une ou deux doses du vaccin Ad26.COV2.S (Johnson et Johnson/Janssen, n = 20 par groupe), deux doses du vaccin à ARNm BNT162b2 (Pfizer-BioNTech, n = 15), ou s’était rétabli de l’infection. Les donneurs convalescents ont été examinés après une médiane de 1,4 mois de maladie modérée ou asymptomatique. Les réponses des lymphocytes T à la vaccination ont été évaluées 22 à 32 jours après la dose finale chez plus de 85 % des sujets vaccinés. L’immunisation et l’infection ont toutes deux produit des réponses des lymphocytes T CD4 spécifiques aux pointes, tandis qu’une réponse CD8 a été trouvée moins fréquemment. Le marquage intracellulaire des cytokines a été utilisé pour évaluer la production de cytokines en réponse à des pools de peptides qui couvraient la totalité de la protéine de pointe Wuhan-1 et la pointe Omicron.
Réponse des lymphocytes T au pic ancestral et Omicron SARS-CoV-2 après la vaccination et chez les patients convalescents COVID-19 non vaccinés. a, Caractéristiques cliniques des groupes d’étude. * : les données concernant le temps après l’infection par Covid-19 n’étaient disponibles que pour 6 des 13 participants ayant reçu une dose d’Ad26.COV2.S. b, Proportion de participants présentant une réponse des lymphocytes T CD4 spécifique aux pointes ancestrales après vaccination avec une ou deux doses d’Ad26.COV2.S ou deux doses de BNT162b2. c, Profil de la réponse des cellules T ancestrales spécifiques aux pointes chez les sujets vaccinés et les individus convalescents. d, Exemples représentatifs de la production d’IFN-γ en réponse au pic ancestral et Omicron chez deux individus qui ont reçu deux doses d’Ad26.COV2.S. Par exemple, fréquence des cellules CD4 (e) et CD8 T (g) spécifiques aux pointes produisant l’une des cytokines mesurées (IFN-γ, IL-2 ou TNF-α) en réponse aux pools de peptides ancestraux et à pointes Omicron. Les barres représentent la médiane des répondeurs. Les différences entre les variantes du SRAS-CoV-2 ont été calculées à l’aide d’un test t apparié de Wilcoxon. f, h, changement de pli dans la fréquence des cellules T CD4 (f) et CD8 spécifiques aux pointes (h) entre les réponses de pointe ancestrales et Omicron. Les barres représentent les médianes. Aucune différence significative n’a été observée entre les groupes en utilisant un test de Kruskal-Wallis avec le post-test de comparaisons multiples de Dunn. Le nombre de participants inclus dans chaque analyse est indiqué sur les graphiques.
Dans tous les groupes étudiés, les fréquences des lymphocytes T CD4 par rapport au pic Omicron étaient systématiquement et considérablement inférieures au pic ancestral. Cela a entraîné une baisse médiane de 14 à 30 % de la réactivité des CD4 à Omicron, comme en témoigne le foldchange. Dans le cas de la réponse des lymphocytes T CD8, les vaccinés qui avaient reçu deux doses d’Ad26.COV2.S et les donneurs convalescents ont montré une réduction significative de l’ampleur des lymphocytes T CD8 spécifiques aux pointes d’Omicron, contrairement aux autres groupes. Par rapport au virus ancestral, la réponse CD8 à Omicron a été réduite de 17 à 25 %. Un petit pourcentage de répondeurs a montré une perte de reconnaissance des cellules T CD8 d’Omicron, ce qui est probablement dû à des mutations dans des épitopes CD8 spécifiques affectant des molécules spécifiques d’antigène leucocytaire humain (HLA).
L’affinité des cellules T peut être réduite par des mutations dans des épitopes variants, ce qui peut avoir un impact sur la capacité fonctionnelle d’une cellule. En conséquence, les auteurs ont évalué les profils polyfonctionnels des cellules T chez les vaccinés et les patients convalescents et ont découvert que les cellules T ancestrales et spécifiques à Omicron ont une capacité similaire de co-expression de cytokines dans tous les groupes. Il n’y avait aucune variation dans les profils polyfonctionnels des cellules T CD4 ou CD8 entre les pointes ancestrales et Omicron, ce qui indique qu’il n’y avait aucune altération fonctionnelle des réponses croisées des cellules T Omicron. En examinant les pools de peptides de pointe correspondant aux séquences virales des souches bêta et delta, les auteurs ont pu comparer les réponses de pointe d’Omicron à d’autres variantes préoccupantes chez les vaccinés Ad26.CoV2.S.
À l’exception d’une baisse plus importante de la réponse Omicron CD4 par rapport à Beta chez les receveurs de deux doses d’Ad26.COV2.S, il n’y avait pas de variations significatives dans les réponses croisées des lymphocytes T CD4 et CD8 entre Beta, Delta et Omicron. Une infection antérieure par le SRAS-CoV-2 était liée à une fréquence plus élevée de lymphocytes T spécifiques aux pointes chez les vaccinés, mais n’a pas affecté la réactivité croisée d’Omicron. Ces résultats révèlent que la reconnaissance des cellules T CD4 et CD8 à pointe Omicron est principalement conservée par rapport à la souche ancestrale et comparable à d’autres variantes pertinentes avec trois fois moins de mutations.
Implications
Dans l’ensemble, ces résultats montrent que la vaccination et l’infection provoquent une réponse robuste des lymphocytes T CD4 et CD8 qui réagit principalement de manière croisée avec Omicron, conformément aux recherches récentes sur l’échappement des lymphocytes T par Beta, Delta et d’autres variantes. Malgré un échappement de neutralisation significatif contre Omicron, la réponse des lymphocytes T est conservée dans 70 à 80 % des cas. Étant donné que les mutations d’Omicron ont une influence limitée sur la réponse des lymphocytes T, l’immunisation ou une infection antérieure peut toujours offrir une protection significative contre une maladie grave.
En fait, par rapport à la dernière vague Delta, l’Afrique du Sud a enregistré une probabilité plus faible d’hospitalisation et de morbidité grave. Les effets apparemment plus légers d’Omicron peuvent être dus à des réactions croisées des lymphocytes T établies par la vaccination ou l’infection. La résilience de la réponse des lymphocytes T a été établie dans cette étude, ce qui est de bon augure pour l’émergence future de types plus fortement altérés.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
