L’avènement de la variante B.1.1.529 (Omicron) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), détecté initialement au Botswana et en Afrique du Sud et désormais présent dans plus de 135 pays au 3 janvier 2022, a déclenché craintes d’une nouvelle vague mondiale d’infections et d’hospitalisations. En outre, le nombre important de délétions et de mutations, dont certaines sont similaires à celles trouvées dans les précédentes variantes préoccupantes (VoC), sont préoccupantes car elles pourraient entraîner une transmission accrue, une affinité de liaison virale et une fuite immunologique.
Ces craintes se sont accrues alors qu’une nouvelle génération de cas de COVID-19 est apparue en Afrique du Sud à un taux plus élevé que n’importe laquelle des trois vagues précédentes, malgré des réglementations continues sur les masques et une séropositivité élevée en anticorps en raison d’une infection ou d’une vaccination antérieure. L’expansion rapide d’Omicron en Europe et aux États-Unis indique qu’une compréhension plus approfondie de la dynamique de transmission d’Omicron, en particulier la propagation asymptomatique parmi les populations immunocompétentes et immunodéprimées, est nécessaire de toute urgence.
Une version pré-imprimée de cette étude, qui doit encore faire l’objet d’un examen par les pairs, est disponible sur le site medRxiv* serveur.
Étude : Taux élevé de portage asymptomatique associé à la souche variante Omicron. Crédit d’image : Orpheus FX/Shutterstock.com
L’étude
Le 2 décembre 2021, une équipe de chercheurs d’institutions d’Afrique du Sud et des États-Unis a commencé à inscrire des personnes à l’essai clinique multicentrique de phase 3 Ubuntu en Afrique subsaharienne pour voir l’efficacité du vaccin à ARNm COVID-19 ARNm-1273 (Moderna) est chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) et/ou avec au moins une comorbidité connue pour être associée à une COVID-19 sévère. L’expérience comprend également un plus petit groupe de personnes séronégatives. Les patients qui ont déjà été immunisés ne sont pas admissibles.
Le dépistage du VIH, la numération des lymphocytes T CD4+, la charge virale du VIH (si VIH positif) et un prélèvement nasal pour le test de réaction en chaîne de la polymérase par transcriptase inverse (RT-PCR) font tous partie du test de base. Le statut de base des anticorps SARS-CoV-2 a été déterminé à l’aide du test rapide Assure Ecotest IgG/IgM (Assure Tech). Pour être vaccinés, les participants à l’étude doivent être en bonne santé clinique et ne présenter aucun signe ni symptôme de COVID-19.
Au 17 décembre 2021, 330 personnes avaient été inscrites dans sept régions d’Afrique du Sud. Les participants étaient âgés de 18 à 76 ans, 79 % d’entre eux s’étant vu attribuer un sexe féminin à la naissance. Pour 230/330 participants inscrits dans cinq provinces, des données de base sur l’écouvillonnage nasal étaient disponibles. Par RT-PCR, 31 % (71) des individus présentaient des indications d’infection aiguë par le SRAS-CoV-2, la province de Gauteng ayant le pourcentage le plus important.
La détection du SRAS-CoV-2 était similaire chez les individus séropositifs vs séronégatifs, et il n’y avait aucune corrélation entre la détection et le nombre de lymphocytes T CD4+. L’abandon du gène S a été évalué dans 62 des infections détectées ; 56 échantillons ont été amplifiés avec succès pour les gènes Orf et N par TaqPathTM COVID 19 CE IVD RT PCR (ThermoFisher) ; tous ont montré un abandon du gène S, indiquant une infection à Omicron.
Plusieurs essais d’efficacité du vaccin COVID-19 ont utilisé des échantillons d’écouvillonnage nasal lors de la visite de vaccination initiale pour déterminer si les patients étaient infectés au moment de l’entrée dans l’étude. Le portage asymptomatique de variantes pré-Omicron a été trouvé chez 1% des individus dans les recherches menées avant Omicron, y compris un sous-groupe de 1 227 PVVIH dans la recherche Ensemble 1, qui était principalement enrôlée pendant l’épidémie Beta en Afrique du Sud. En plus de ces enquêtes CoVPN, l’essai Sisonke, qui a été mené principalement en Afrique du Sud entre juin et août 2021 lors de l’épidémie de Delta, a trouvé un taux de portage asymptomatique de 24% dans le sous-groupe échantillonné le jour de la vaccination.
À ce jour, 91 des 577 participants du sous-groupe Sisonke qui ont été rééchantillonnés de la mi-novembre au 7 décembre 2021, lors de la visite de suivi de 6 mois, présentaient le SRAS-COV-2 dans leur échantillon d’écouvillonnage nasal. Entre les PVVIH (27 sur 169 : 16 %) et les patients séronégatifs (62 sur 405 : 153 %), l’incidence de la positivité de la PCR avec Omicron était similaire.
Implications
Ces résultats montrent fortement qu’Omicron a un taux de portage asymptomatique significativement plus élevé que les autres VoC, et que ce taux élevé d’infection asymptomatique est probablement un élément majeur de la propagation mondiale de la variante, en particulier parmi les communautés ayant des taux passés élevés de SRAS-COV-2 infection. Bon nombre de ces porteurs asymptomatiques avaient des titres de virus nasaux élevés, ce qui implique que le portage subclinique peut être un élément important de l’expansion mondiale d’Omicron. L’impact de la vaccination sur la prévalence ou les titres d’infection asymptomatique est inconnu.
Les échantillons de la recherche Ubuntu provenaient entièrement de personnes non vaccinées, et les données de l’essai Sisonke ne représentent qu’une petite partie, ce qui rend impossible toute estimation de l’efficacité du vaccin. Néanmoins, il est essentiel de collecter des données sur le portage asymptomatique et la transmissibilité chez les personnes vaccinées. Dans les populations à haut risque de transmission comme les établissements de soins de longue durée et les hôpitaux, les thérapies non pharmaceutiques et les mesures de détection rapide pour un tel portage doivent être abordées. Ces résultats appuient également les efforts continus visant à créer des vaccins de deuxième génération qui pourraient prévenir l’infection par le SRAS-CoV-2.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
