La plateforme d'IA unique de PrecisionLife a trouvé 68 gènes associés au risque de développer un COVID-19 sévère après analyse des génomes de 929 patients de la Biobanque britannique qui ont eu une réponse sévère au SRAS-CoV-2.
Architecture de la maladie de la population de patients COVID-19 sévère générée par la plateforme PrecisionLife. Chaque cercle représente un génotype SNP associé à la maladie, les bords représentent la co-association chez les patients et les couleurs représentent des sous-populations de patients distinctes. Copyright PrecisionLife
Avant un vaccin efficace et largement disponible, les informations de PrecisionLife peuvent aider à identifier les patients les plus à risque de développer les formes les plus sévères de COVID-19. Ils peuvent éclairer le développement de tests basés sur les biomarqueurs, d'un blindage ciblé et de nouvelles stratégies thérapeutiques, dans le but d'identifier les personnes à haut risque, de réduire la charge de morbidité et d'améliorer les taux de survie.
Les résultats de cette nouvelle étude ont été téléchargés sur le site de prépublication, medRxiv.
Les approches établies des études d'association à l'échelle du génome (GWAS) ont été limitées par la nature hétérogène de COVID-19, ce qui rend difficile d'expliquer clairement le large éventail de symptômes et les impacts des comorbidités prédisposantes associées à la maladie. L'étude a surmonté cet obstacle en évaluant des combinaisons de caractéristiques génétiques, ce qui n'est pas possible avec les approches GWAS existantes.
En utilisant une approche d'analyse combinatoire (épistase d'ordre élevé), PrecisionLife a identifié 68 gènes codant pour des protéines qui étaient fortement associés à COVID-19 sévère, dont neuf étaient auparavant liés à la réponse différentielle au SRAS-CoV-2. Ces 68 gènes comprennent plusieurs cibles et voies de protéines médicamenteuses, dont neuf sont ciblées par des médicaments qui ont atteint au moins les essais cliniques de phase I.
Il s'agit de notre deuxième étude portant spécifiquement sur la génomique de l'hôte pour identifier les personnes les plus à risque et trouver des opportunités de traiter les patients atteints d'une maladie grave à un stade avancé où les processus immunitaires de l'hôte commencent à devenir incontrôlables. Nous savons que le remodelage systémique, la vascularisation qui fuit et la micro-coagulation peuvent causer des problèmes graves chez les patients atteints de COVID-19 dans les poumons ainsi que dans d'autres organes. Nous sommes encouragés que plusieurs des gènes identifiés soient liés à la programmation lipidique, à la signalisation de la bêta-caténine et de la protéine kinase C dont les processus convergent dans une voie centrale impliquée dans la réparation de la membrane plasmique, la coagulation et la cicatrisation des plaies. Cette voie est largement dictée par l'activation des ions calcium, qui est un biomarqueur sérique connu associé à des COVID-19 et ARDS sévères. Nous avons l'intention d'effectuer des analyses supplémentaires pour étudier cette hypothèse. Nous cherchons également à valider davantage 12 gènes associés à une réponse immunitaire dysfonctionnelle qui sont le premier indice d'une signature génétique potentielle pour un risque accru de basculer dans un état de maladie grave. »
Dr Steve Gardner, PDG de PrecisionLife
Commentant ces données encourageantes, le Dr Duncan McHale, co-fondateur de Weatherden, une société de conseil en développement clinique, a déclaré:Les réponses à l'infection par le SRAS CoV2 vont de l'absence de symptômes à la mort avec une hétérogénéité marquée des caractéristiques cliniques et pathologiques. Des associations significatives du risque de gravité de la maladie ont été observées avec des facteurs épidémiologiques, notamment l'âge, le sexe, le groupe sanguin et l'origine ethnique, en plus de la comorbidité avec de nombreuses conditions courantes telles que les maladies cardiovasculaires, le diabète, l'hypertension et les maladies pulmonaires chroniques, dont l'asthme. Il serait extrêmement utile de pouvoir identifier les caractéristiques pathologiques sous-jacentes qui entraînent des réponses différentielles de l'hôte, en particulier celles qui prédisposent certains patients à développer un COVID-19 sévère, permettant des améliorations des soins cliniques ainsi que l'identification et le développement de nouvelles approches thérapeutiques .«
La Société a divulgué tous les détails des gènes qu'elle a identifiés, y compris les cibles et les voies médicamenteuses, pour encourager une utilisation rapide et collaborative des résultats afin d'améliorer la gestion des populations à risque. Alors que davantage de dossiers génomiques et de données médicales supplémentaires deviennent disponibles dans la Biobanque britannique et d'autres sources de données, PrecisionLife étendra ses analyses pour déterminer pleinement les différences entre les cas graves et légers de COVID-19 et fournira une couche supplémentaire de validation aux résultats de cette étude. .
PrecisionLife note qu'une limitation de l'ensemble de données UK Biobank est que la distribution ethnique des participants est fortement biaisée pour les participants britanniques blancs et qu'il n'a donc pas été possible d'étudier complètement les facteurs de risque supplémentaires chez les patients BAME. Il cherche activement à enquêter sur les facteurs de risque graves de COVID-19 dans d'autres ensembles de données mondiaux avec des populations plus diverses ethniquement. L'ajout de données phénotypiques et cliniques supplémentaires dans ses analyses peut également être utilisé pour acquérir une meilleure compréhension de l'association d'autres facteurs de risque épidémiologiques observés tels que les groupes sanguins, l'environnement, le statut socioéconomique et les antécédents de médicaments sur ordonnance avec le développement de COVID-19 sévère.
