L’évolution du syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus-2 (SRAS-CoV-2), l’agent causal de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) en cours, a réduit l’efficacité des vaccins disponibles. Ces vaccins ont été développés sur la base de la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 ancestral, apparu à Wuhan, en Chine, en 2019.
Les scientifiques ont classé les variantes du SRAS-CoV-2 nouvellement apparues en variantes préoccupantes (VOC), variantes d’intérêt (VOI) et variantes surveillées (VBM). Les chercheurs ont déclaré que pour un virus équipé de nsp14, c’est-à-dire de machines de relecture, le taux rapide de mutations est surprenant.
Sommaire
Arrière-plan
La recherche a révélé que les COV du SRAS-CoV-2 sont hautement contagieux, virulents et capables d’échapper à la protection immunitaire induite par la vaccination contre le COVID-19 ou une infection naturelle. À ce jour, cinq COV ont été identifiés, à savoir Alpha, Beta, Gamma, Delta et Omicron.
Dans la plupart des pays du monde, la variante Omicron a remplacé la variante Delta et est devenue la souche dominante en circulation. L’Organisation mondiale de la santé a classé la variante Omicron dans la lignée B.1.1.529 et les sous-lignées BA.1, BA.1.1, BA.2 et BA.3. À l’heure actuelle, la sous-lignée BA.2 d’Omicron circule principalement dans de nombreuses régions du monde. Des études antérieures ont révélé que cette souche est plus contagieuse que BA.1. Par conséquent, il est impératif de comprendre pourquoi cette souche est plus transmissible que les autres sous-lignées Omicron.
L’étude
Récemment, les scientifiques ont étudié le profil de mutation de BA.2 et analysé ses résultats en fonction de l’interaction avec le récepteur et/ou les anticorps monoclonaux. Cette étude est disponible dans le Journal international des sciences moléculaires.
Pour étudier le profil de mutation de BA.2, les scientifiques ont analysé un grand nombre de séquences disponibles. Cela les a aidés à déterminer les mutations de la signature BA.2. De plus, pour évaluer le résultat de ces mutations, les auteurs ont analysé les structures du domaine de liaison au récepteur de pointe (S-RBD) de Wuhan (souche ancestrale) et de la souche Omicron en complexe avec des anticorps monoclonaux (mAbs).
Dans cette étude, les chercheurs ont identifié les mutations dans BA.1 et BA.2 à partir de séquences obtenues à partir du référentiel GISAID. Ces séquences ont été alignées à l’aide de différents programmes d’alignement de séquences, tels que MEGA X, MAFFT et JalView, pour identifier les mutations de la signature BA.2. Les changements d’acides aminés ont été déterminés à l’aide de Nextclade et, ainsi, les mutations BA.2 ont été identifiées. Dans cette étude, les scientifiques ont considéré toute mutation dont la prévalence était supérieure à 50 % comme une mutation caractéristique.
Principales conclusions
Dans la présente étude, les chercheurs ont analysé le profil de mutation de BA.2 et l’ont comparé à BA.1 (souche Omicron originale). Ils ont signalé une différence considérable dans le nombre et la distribution des mutations entre les souches BA.2 et BA.1 Omicron. Les données structurelles ont démontré que BA.2 maintenait un contact critique avec l’ACE2 de l’hôte, qui est le principal mode d’entrée du virus. De plus, cette variante a montré une évasion ou une liaison réduite avec des mAb neutralisants. Les scientifiques ont déclaré que la combinaison de ces deux facteurs fait de BA.2 une variante alarmante qui peut avoir un impact sur les stratégies de vaccination COVID-19 existantes et futures.
Les chercheurs ont rapporté que BA.2 a conservé la majorité des mutations de BA.1 et a en outre acquis des mutations, telles que le G142D de la variante Delta, qui est responsable de l’évasion des mAb ou de la réduction de leur capacité de liaison, par rapport à la souche d’origine. L’étude actuelle a révélé que la variante BA.2 a évolué et contient des mutations spécifiques liées à la protéine S et aux anticorps.
La détermination des fonctions associées aux mutations BA.2 dans les ORF, autres que la région codant pour la protéine S, avait été difficile. En effet, la fréquence des structures de protéines S rapportées est nettement supérieure à celle des structures nsp. De plus, les chercheurs ont eu des difficultés à prédire structurellement le rôle des mutations dans les protéines (par exemple, nsp3, nsp5, nsp12 et nsp13) qui possèdent un nombre élevé de fonctions enzymatiques, à moins qu’une mutation ne se produise sur un site actif hautement conservé.
Conclusion
Les auteurs ont souligné que l’une des limites de cette étude était que toutes les séquences avaient été obtenues à partir du référentiel GISAID pour analyser les mutations dans BA.1 et BA.2. Bien que ces séquences aient été d’une couverture et d’une qualité élevées, certaines des séquences contenaient des lacunes dans différents gènes. Cela a limité l’identification de certaines mutations dans certains gènes.
Les scientifiques pensent que de nouvelles lignées Omicron ont émergé d’individus non vaccinés ou immunodéprimés. Dans cette étude, les auteurs ont souligné que la souche BA.2 contenait des mutations vitales qui réduisaient l’efficacité des mAb neutralisants ainsi qu’une activité d’entrée médiée par les récepteurs conservée similaire à celle de la souche ancestrale du SRAS-CoV-2.
