Dans une prépublication récente publiée sur le bioRxiv* serveur, les chercheurs ont caractérisé deux nouvelles variantes de XBB, EG.5.1 et XBB.2.3, la première étant en passe de devenir la variante dominante du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2).
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.
Sommaire
Arrière-plan
La variante originale d’Omicron est apparue dans le monde en 2022 et est rapidement devenue la variante dominante du SRAS-CoV-2 dans le monde. Les sous-lignées XBB d’Omicron ont évolué début 2023. XBB.2.3 a évolué directement à partir de la sous-lignée Omicron XBB, tandis que EG.5.1 est un mutant XBB.1.5.
Le premier a deux mutations supplémentaires dans sa pointe (S), P521S dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) et D253G dans le domaine N-terminal (NTD), tandis que EG.5.1 présente des mutations Q52H et F456L dans le NTD et le RBD, respectivement. .
Toutes les variantes de XBB, y compris XBB.2.3 et EG.5.1, ont présenté des capacités d’évasion immunitaire plus élevées qu’Omicron, en particulier contre les anticorps neutralisants (nAb) provoqués par les vaccins de convalescence du SRAS-CoV-2 et de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) basés sur le technologie de l’acide ribonucléique messager (ARNm).
Ainsi, la Food and Drug Administration (FDA) a recommandé d’inclure les sous-variantes XBB dans les futures itérations des vaccins à ARNm COVID-19.
Cependant, l’empreinte immunitaire peut nuire à l’efficacité du vaccin contre les variantes en évolution. Ainsi, une série de vaccination à trois doses basée sur S du virus de type sauvage biaise les attrapes provoqués par le vaccin en faveur de lignées antérieures et altère les réponses immunitaires envers les sous-lignées Omicron récemment apparues.
Un vaccin de rappel bivalent à ARNm basé sur des pointes de type sauvage et BA.4/5 améliore la réponse immunitaire contre les sous-lignées Omicron, bien que dans une mesure limitée par rapport à une série de vaccins monovalents à trois doses.
Certaines méthodes pour contrecarrer l’empreinte immunitaire comprennent l’administration de doses supplémentaires de vaccins à ARNm à base d’Omicron S ou l’exposition à une infection par Omicron. Néanmoins, il est nécessaire de reconfigurer les approches actuelles de vaccination par ARNm contre la COVID-19.
En outre, les efforts de surveillance continus pour caractériser les variantes émergentes du SRAS-CoV-2 sont essentiels.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont étudié les protéines S de EG.5.1 et XBB.2.3 pour déterminer leur pouvoir infectieux, leur fusogénicité et leur évasion des attrapes dans des sérums bivalents vaccinés par rappel d’ARNm, des sérums de convalescence BA.4/5 et XBB.1.5 en utilisant HEK293T-. Cellules ACE2 et CaLu-3 et anticorps monoclonal (mAb) de classe III, S309.
De plus, ils ont comparé ces paramètres aux pointes des sous-variantes ancestrales D614G et Omicron BA.4/5, XBB, XBB.1.5 et XBB.1.16.
Résultats
Comme prévu, la vaccination bivalente à ARNm a provoqué des titres de nAb relativement faibles contre toutes les variantes de XBB, en particulier EG.5.1 et XBB.2.3, par rapport à D614G et Omicron BA.4/5 malgré la présence de BA.4/5 S dans cette formulation vaccinale.
La réponse nAb ciblait principalement le D614G, fournissant des preuves supplémentaires de l’empreinte immunitaire provoquée par les vaccins monovalents à ARNm.
Le SRAS-CoV-2 a acquis de nombreuses mutations au cours de son parcours évolutif. L’analyse de la cartographie antigénique a établi des phénotypes antigéniquement distincts des sous-lignées XBB, en particulier EG.5.1.
Pourtant, il est encourageant de constater que la vaccination bivalente à ARNm continue de conférer une meilleure protection contre la réinfection que les vaccinations monovalentes et l’infection naturelle. Les auteurs ont noté que la mutation XBB.1.5-F456L améliorait la fuite du nAb de EG.5.1 par rapport à XBB.1.5.
La modélisation moléculaire a démontré que le F456L n’avait pas d’impact sur la liaison du S au S309, mais qu’il diminuait probablement la liaison du S aux mAb SARS-CoV-2 de classe 1, S2E12, conformément aux résultats d’études récentes.
La majorité des membres de la cohorte de vaccination bivalente présentaient des infections révolutionnaires par rapport aux cohortes de convalescents. Les infections par XBB.1.5 ont élargi les titres de nAb contre les vaccins contenant des pointes XBB.1.5 et XBB.1.16.
À partir de cette logique, les vaccins à ARNm contenant EG.5.1 S sont plus susceptibles de surmonter l’empreinte immunitaire et de conférer davantage d’immunité contre les sous-lignées XBB.
Bien que le pouvoir infectieux de XBB.2.3 et EG.5.1 ne soit pas significativement différent des variants de XBB dans les deux lignées cellulaires testées, le pouvoir infectieux de EG.5.1 était modérément plus élevé dans les lignées cellulaires 293T-ACE2 mais moindre dans la lignée cellulaire épithéliale des voies respiratoires CaLu-3.
Cela atténue les inquiétudes concernant sa pathogenèse accrue dans les poumons. De plus, la fusogénicité de leurs pointes était similaire à celle des autres variantes de XBB.
La modélisation moléculaire a révélé l’effet de la mutation XBB.1.5-F456L. La substitution de la phénylalanine au résidu d’acide aminé leucine dans XBB.1.5 S a réduit la taille de la chaîne latérale et augmenté la distance entre son RBD et le récepteur ACE2 de l’hôte, ce qui a entraîné une diminution de l’affinité RBD-ACE2.
Conclusions
En conclusion, la présente étude n’a trouvé aucun in vitro preuve du potentiel pathogène accru des variantes XBB nouvellement apparues, EG.5.1 et XBB.2.3. Cependant, la nécessité de in vivo et les preuves cliniques demeurent.
L’inclusion de pointes de variantes de la lignée XBB dans les nouvelles formulations de vaccins à ARNm pourrait améliorer leur efficacité. Il reste nécessaire de poursuivre les efforts de surveillance de ces variants afin d’éclairer les décisions concernant les stratégies de vaccination de nouvelle génération contre la COVID-19.
Certaines sociétés pharmaceutiques ont déjà proposé à la FDA de nouvelles formulations de vaccins à ARNm contenant XBB.1.5 S, qui pourraient être déployées en septembre 2023.
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.
