Dans cette interview, Istvan Szatmari, responsable de la plateforme génomique du département de biochimie et de biologie moléculaire, parle à NewsMed de l’évolution de la biologie moléculaire.
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Pourriez-vous vous présenter et qu’est-ce qui a inspiré votre carrière en biologie moléculaire ?
Je suis Istvan Szatmari, professeur agrégé à l’Université de Debrecen, Hongrie. Je suis également responsable de la plate-forme centrale de génomique au département de biochimie et de biologie moléculaire.
J’ai été inspiré pour entreprendre une carrière en biologie moléculaire en raison de mon intérêt pour la biologie. Pendant ma formation universitaire, nous avions un excellent programme de biologie moléculaire, alors je me suis inscrit et j’ai beaucoup appris sur la biologie moléculaire. Plus tard, je me suis occupé de la régulation de la transcription et de la régulation de l’expression des gènes pendant mon post-doctorat.
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Vous avez récemment fait une présentation à l’ICG-17 intitulée « Run X-Ray and ZBTB-46 Dependent Gene Expression Profile with the MGI DNBSEQ-G400 ». Qu’avez-vous abordé dans votre discours et comment les gens ont-ils réagi ?
C’était une étude comparative; dans notre plate-forme, le MGI DNBSEQ-G400, le séquenceur d’ADN est disponible, et nous essayons de comparer ces technologies de séquençage avec la technologie illumina. C’est pourquoi nous utilisons des cellules capables d’exprimer Run X-Ray ou les facteurs de transcription ZBTB 46, et nous essayons d’identifier les gènes que ces facteurs de transcription peuvent réguler.
Nous avons comparé la partie expression génique obtenue en utilisant le séquençage illumina et MGI. J’ai fourni les résultats de cette analyse, et nous avons trouvé de nombreux cas de chevauchement dans le même carré de gène régulé à l’aide des deux plates-formes. Ces résultats suggèrent que la plate-forme MGI est bien adaptée à l’analyse de la transcription.
István Szatmári à ICG17 – L’évolution de la biologie moléculaire
MGI lance également une nouvelle chimie, HotMPS, idéale pour générer des séquences plus élevées et plus d’informations. Pouvez-vous nous donner un aperçu de votre expérience avec cette technologie ?
Nous avons obtenu des résultats très similaires lors de l’utilisation de la chimie HotMPS en utilisant la technologie MGI. Avec le HotMPS, nous avons obtenu d’excellentes données et expressions. Depuis lors, nous avons analysé d’autres échantillons d’ADN en utilisant le séquençage original et obtenu des résultats prometteurs avec la technologie HotMPS.
Nous avons également effectué le séquençage de l’exome, le séquençage du génome et d’autres études à l’aide de ce HotMPS et obtenu d’excellents résultats.
Quelle est l’importance de parler de données et de disposer d’un ensemble de données diversifié lors de la réalisation d’un profilage mondial des transcriptions ?
C’est une question complexe car nous devrions utiliser plusieurs répliques biologiques. Par exemple, dans ce cas, nous utilisons quatre répétitions pour obtenir des données cohérentes et une analyse statistique, mais cela dépend du type d’échantillons.
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Vous aurez probablement besoin de plus de répétitions pour obtenir des résultats cohérents si vous avez des échantillons cliniques humains. L’autre possibilité est que si nous différencions les cellules, les cellules différenciées pourraient être plus hétérogènes. Une autre potentialité est que nous pouvons appliquer une analyse unicellulaire car, dans ce cas, l’hétérogénéité cellulaire peut être prise en compte lors de l’étude. Dans ce cas, nous pouvons utiliser moins de répliques.
La recherche en sciences de la vie, notamment en génomique transcriptomique, nécessite souvent un haut niveau de collaboration entre les chercheurs. Quelle est l’importance des conférences telles que l’ICG-17 dans la promotion de cette collaboration internationale, et quels sont les avantages d’un événement et d’une conférence en personne de 10 minutes ?
Une conférence en personne présente de nombreux avantages. Par exemple, nous pouvons montrer aux autres les résultats et obtenir des commentaires. Après ma présentation, j’ai reçu beaucoup de bons commentaires et suggestions. De plus, j’ai aussi beaucoup appris sur l’analyse unicellulaire ou l’analyse de transcription spatiale. Ce sont des sujets très chauds, et il existe quelques articles publiés qui font référence à ces techniques. Une conférence offre la possibilité de se concentrer sur la recherche émergente et vous permet de suivre les nouvelles tendances.
Le domaine de la biologie moléculaire a considérablement évolué au cours de la dernière décennie. Comment les progrès des nouvelles technologies ont-ils accéléré le domaine ?
La génomique et l’analyse des transcriptions ont contribué à accélérer le domaine de la biologie moléculaire. Il y a environ 20 ans, lorsque nous avons lancé le premier mercure, l’analyse de l’expression globale était une méthode moderne et avancée. De nos jours, l’analyse unicellulaire et l’analyse spatiale-transcriptomique peuvent aider à améliorer encore cette technologie, et nous pouvons obtenir une image détaillée de divers processus solaires.
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L’analyse doit également être, ou peut être, combinée pour obtenir une image complète des différents processus, y compris des échantillons pathologiques.
Y a-t-il des domaines au sein de la biologie moléculaire que vous souhaitez particulièrement explorer dans les années à venir ?
Nous sommes extrêmement intéressés par l’approche unicellulaire car, en particulier dans notre domaine, nous nous concentrons sur la différenciation cellulaire. L’hétérogénéité des cellules est donc un gros problème, et l’approche unicellulaire peut nous aider à comprendre certains des divers événements transcriptomiques. .
Quelle est l’importance de l’Europe pour la communauté des sciences de la vie ?
Dans de nombreux pays européens, il existe d’excellentes autorités au niveau de la recherche. Je connais bien les autorités au niveau transcriptomique, et beaucoup de données sont disponibles auprès d’elles. Il existe également de nombreux échantillons cliniques disponibles dans toute l’Europe, ces échantillons sont donc essentiels pour accéder aux mégadonnées.
Quelle est la prochaine étape pour vous et votre recherche ?
Récemment, nous avons généré une quantité considérable de données transcriptomiques. Cependant, une grande partie de ces données doivent être confirmées et validées, en particulier au niveau des protéines. Nous devons également valider la phase de réussite que nous avons identifiée à l’aide de l’approche génomique. C’est pourquoi nous entendons rémunérer de nombreuses fonctions d’études.
Il y a un dicton, « les omiques pour tous ». En tant que scientifique, qu’est-ce que cela signifie pour vous ?
Comme je m’intéresse à l’analyse transcriptomique, l’accessibilité et la pénétration des omiques, en particulier la transcriptomique, sont cruciales, y compris le séquençage d’ARN unicellulaire et d’autres approches connexes. Ceux-ci peuvent aider à définir les régions génériques qui peuvent être ouvertes pendant l’expression du gène.
À propos de MGI
MGI Tech Co., Ltd. (appelée MGI) s’engage à créer des outils et des technologies de base pour diriger les sciences de la vie grâce à l’innovation intelligente. MGI se concentre sur la R&D, la production et la vente d’instruments de séquençage d’ADN, de réactifs et de produits connexes pour soutenir la recherche en sciences de la vie, l’agriculture, la médecine de précision et les soins de santé. MGI est l’un des principaux producteurs de séquenceurs de gènes cliniques à haut débit, et ses plateformes multi-omiques comprennent le séquençage génétique, la spectrométrie de masse, l’imagerie médicale et l’automatisation des laboratoires.
Fondée en 2016, MGI compte plus de 1000 employés, dont près de la moitié sont du personnel de R&D. MGI opère dans 39 pays et régions et a établi de multiples bases de recherche et de production à travers le monde. Fournissant des solutions complètes, en temps réel et tout au long de la vie, sa vision est de permettre des solutions de soins de santé efficaces et abordables pour tous.
