Fin décembre 2019, une nouvelle infection pulmonaire de type pneumonie a été signalée dans la province chinoise du Hubei. Ceci, à son tour, a conduit à la pandémie actuelle de la maladie à coronavirus-19 (COVID-19). Le COVID-19 est causé par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), qui est étroitement lié au SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) et au MERS (le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient).
Ce virus est principalement transmis par une infection par gouttelettes et également par des aérosols et peut provoquer une maladie légère, modérée ou grave. Le virus infectieux peut être isolé des patients COVID-19 au cours de la première semaine de symptômes et des porteurs asymptomatiques.
Dans la plupart des cas, les patients infectés sont mis en quarantaine pendant 14 jours puis libérés sans autre test s’ils sont asymptomatiques depuis au moins 48 heures. Cependant, certains rapports ont indiqué une infectiosité pendant au moins 24 jours après le début de la maladie chez les patients atteints de COVID-19 sévère.
L’objet d’une nouvelle étude publiée dans la revue Allergie était d’étudier si la persistance de particules virales infectieuses pendant des périodes prolongées – de plus de quatre semaines – ne se produit que chez les patients atteints de COVID-19 sévère ou peut également survenir chez les patients présentant des symptômes légers.
L’étude
Ici, des échantillons d’écouvillons de patients positifs ou négatifs pour le SRAS-CoV-2 ont été remis en suspension dans 1 ml de milieu de culture Vero E6 immédiatement après le prélèvement. Après 48 heures, le surnageant et les cellules ont été contrôlés visuellement pour des indications d’infections
Les patients PCR-positifs à long terme étaient P1-P3, tandis que les volontaires PCR-négatifs étaient notés P4-P6. Chez P1 (un homme de 27 ans), les valeurs seuil du cycle (Ct) étaient faibles après cinq jours, alors que chez P2 (un homme de 36 ans) et P3 (une femme de 36 ans), Les niveaux de Ct n’ont été détectés qu’après sept jours.
D’autre part, tous les contrôles négatifs ont suscité des valeurs élevées de Ct par rapport au contrôle de l’eau. De plus, la détection du gène ARN-polymérase ARN-dépendante (RdRP) a toujours été associée aux valeurs de Ct les plus élevées chez les patients positifs au COVID-19.
La réplication virale a été mise en évidence par microscopie à immunofluorescence dans des cellules infectées avec les isolats de P1 et P2. De plus, des signaux spécifiques aux pointes ont également été détectés lors de l’infection avec des spécimens de P3. Ainsi, un virus infectieux capable de se répliquer était présent dans le tractus pharyngé de tous les patients positifs à la PCR à long terme.
De plus, des coronavirus ont été identifiés par microscopie électronique dans des isolats des trois patients testés. Cela a reconfirmé que le tractus pharyngé des trois patients testés positifs à la PCR à long terme contenait le SRAS-CoV-2 infectieux et capable de se répliquer.
Le SRAS-CoV-2 isolé de patients infectés à long terme appartenait aux clades 20A et 20C. Une analyse détaillée de l’ensemble du génome a décrit onze mutations dans P1 et P3 et dix dans P2 par rapport à la souche alignée NC_045512.2. Ces mutations comprennent les mutations courantes D614G de la protéine de pointe, ainsi que les mutations souvent concomitantes P314L dans ORF1b/RdRP et T265I dans ORF1a 23-26.
De plus, la mutation Q57H dans ORF3a et la mutation S686G dans le pic ont été identifiées. Autres mutations moins courantes – H125Y dans la protéine M ; mutations V818A dans ORF1b; D35Y et A51S en ORF8 ; et T95I et H245R dans la protéine de pointe ont également pu être identifiés. Dans le même temps, il n’y avait pas d’anomalies définies dans le domaine de liaison au récepteur (RBD).
Des anticorps spécifiques de RBD ont été détectés chez les trois patients. Une réponse plus élevée d’immunoglobuline (Ig) G a été trouvée dans P1 ; une réponse IgM plus élevée a été provoquée par P2 ; et de faibles taux d’IgA ont été trouvés dans P1 et P2.
Par rapport aux sujets infectés par le SRAS-CoV-2, tous les individus positifs à la PCR à long terme avaient des valeurs inférieures de taux d’anticorps IgG et IgA, mais des taux d’IgM plus élevés. Les résultats suggèrent que le modèle d’épitopes séquentiels diffère entre les patients infectés à long terme et ceux qui pourraient parvenir à l’éradication de l’infection en dix jours.
De plus, les capacités de neutralisation des trois sérums utilisés – avec une capacité de neutralisation faible (S1), moyenne (S2) et élevée (S3) – des patients positifs à long terme différaient en conséquence lorsqu’elles étaient testées sur un isolat du SRAS-CoV-2 alpha. -variante (B.1.1.7). Les résultats ont indiqué que les isolats de P2 et P3 pourraient être neutralisés plus efficacement par les sérums d’individus vaccinés par rapport à la variante B.1.1.7 du SRAS-CoV-2. Pendant ce temps, l’infection avec des isolats de P1 pourrait être bloquée de manière moins efficace par tous les sérums par rapport aux autres isolats de patients positifs à long terme ou au variant alpha.
Les résultats rétablissent le concept selon lequel les patients positifs à la PCR à long terme pourraient être porteurs de virus intacts et infectieux. Par conséquent, l’arrêt de la quarantaine après dix jours sans test basé sur la PCR doit être reconsidéré pour réduire le risque de transmission du virus.
Les résultats ont montré que les particules virales actives restaient dans la région pharyngée profonde des patients qui s’étaient remis d’une maladie COVID-19 symptomatique légère jusqu’à 37 jours. Par conséquent, il existe un besoin médical urgent de comprendre la physiopathologie des particules actives persistantes du SRAS-CoV-2 chez certains patients.
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