Présence de virus du monkeypox chez des espèces de petits mammifères éloignés

Une étude récente publiée sur Place de la recherche* Le serveur de préimpression a montré que de minuscules espèces de mammifères éloignées de la République démocratique du Congo (RDC) hébergent des virus de la variole du singe (MPXV).

Arrière plan

Le MPXV, appartenant à la Orthopoxvirus (OPXV) sous le genre Poxviridae famille, provoque le monkeypox humain, une maladie zoonotique. Ses manifestations cliniques sont similaires à la variole. Le taux de létalité chez les adultes est généralement faible, mais il peut dépasser 10 % chez les enfants.

Deux clades génétiques MPXV ont été reconnus en Afrique, où le virus se trouve généralement. Les clades génétiques discernés sont un clade du bassin du Congo (MPXV-CB) trouvé exclusivement en Afrique centrale et un clade d’Afrique de l’Ouest (MPXV-WA) trouvé uniquement dans les pays à l’ouest du Cameroun.

Bien que le MPXV-CB était auparavant considéré comme plus transmissible et virulent chez l’homme en raison de la petite taille de l’échantillon, l’épidémie de MPXV-WA de 2017 à 2018 au Nigeria a révélé la virulence accrue du MPXV-WA. La prévalence croissante et la transmission interpersonnelle des deux souches dans les régions endémiques soulignent la nécessité de mieux comprendre les déterminants éco-épidémiologiques de la maladie.

Le réservoir naturel du MPXV est inconnu, tout comme la source animale supposée des infections humaines initiales. Le MPXV n’a été extrait que de trois mammifères sauvages indigènes africains : Funisciurus anérythrus (écureuil arboricole sans rouge) en RDC et Cercocebus atys atys (un mangabey fuligineux), Pan troglodyte verus (chimpanzés de l’Ouest) dans le Parc National du Ta en Côte d’Ivoire.

Alors que les primates sont considérés comme des hôtes accidentels, les rongeurs tels que Heliosciurus sp., Cricetomys, Funisciurus et Graphiurus sont considérés comme des réservoirs possibles du virus. Néanmoins, les preuves empiriques à l’appui de ces théories sont limitées et principalement centrées sur des informations sérologiques ou des amplicons d’acide désoxyribonucléique (ADN) dépourvus de confirmation de séquençage.

À propos de l’étude

Dans les travaux en cours, les chercheurs ont évalué des génomes MPXV complets et quasi-complets dans un Crocidura littoralis (musaraigne), Funisciurus bayonii et F. anerythrus (écureuils) de la RDC. De plus, ils ont évalué Cricétomys sp. 2 et Stochomys longicaudatus (rats) pour la présence de séquences MPXV.

L’équipe surveille la biodiversité et les agents pathogènes des petits mammifères dans de nombreux sites des provinces de la Tshopo et de l’Ituri en RDC depuis 2010. Un sous-ensemble de 256 échantillons sélectionnés au hasard, y compris des tissus prélevés sur six ans auprès de 97 rongeurs, 93 musaraignes et 66 chauves-souris, ont été testés. pour l’existence de l’ADN MPXV en utilisant deux évaluations de réaction en chaîne par polymérase (PCR) visant des gènes viraux distincts (hémagglutinine et P4A), avec des positifs validés par séquençage Sanger. Les chercheurs ont appliqué le séquençage à haut débit et la capture d’hybridation en solution pour F. anérythrus, C. littoraliset F. bayoni.

Résultats et discussions

Les résultats de l’étude ont démontré que les tissus de quatre espèces de rongeurs, à savoir Funisciurus bayonii, Funisciurus anérythrus, Cricetomys sp. 2, et Stochomys longicaudatuset une musaraigne, Crocidura littoralis, ADN MPXV hébergé. L’équipe a réussi à extraire deux génomes MPXV entiers de C. littoralis, F. anérythruset un génome partiel (59 %) de F. bayoni. Par conséquent, MPXV circule probablement spontanément dans de nombreuses espèces de rongeurs éloignées d’au moins trois familles différentes, en particulier Nésomyidés, Sciuridéset muridés, et en musaraignes de l’ordre Eulipotyphla. Bien que peu de ces incidences de détection puissent indiquer des infections sans issue, elles étaient cohérentes avec l’idée que le MPXV a une grande diversité d’hôtes et potentiellement une écologie multi-hôtes compliquée.

Le fait que le MPXV ait été initialement extrait d’un écureuil Funisciurus peut avoir faussé la vision des auteurs sur l’écologie du MPXV, car une multitude de recherches de suivi se sont concentrées sur les écureuils et pourraient avoir négligé d’autres ordres d’animaux tels que les chauves-souris ou les musaraignes. Les chercheurs ont également souligné que la définition d’un réservoir primaire peut varier selon la situation.

De plus, les MPXV rapportés dans le F. anérythrus et la musaraigne étaient fortement corrélées les unes aux autres et appartiennent à la gamme des souches MPXV observées chez les personnes en Afrique centrale, selon les études phylogénétiques bayésiennes et du maximum de vraisemblance (ML). Ils possédaient également le temps jusqu’à l’ancêtre commun le plus récent (tMRCA), basé sur les génomes rapportés les plus proches de 1959. Analyse ML du génome partiel du MPXV découvert dans F. bayoni a révélé qu’il se groupe avec d’autres souches de MPXV-CB.

La découverte de nouvelles séquences d’origine animale a permis aux chercheurs de réévaluer la théorie de longue date selon laquelle la diversité du MPXV était principalement due à des processus de vicariance passés déclenchés par la constriction de l’habitat forestier à médiation climatique, comme l’ouverture de la brèche du Dahomey ou le dernier maximum glaciaire. Fait intéressant, les scientifiques ont découvert qu’une telle diversité était très récente pour être cohérente avec ces occurrences, le meilleur modèle plaçant la racine de l’arbre MPXV à environ 600 ans.

Néanmoins, étant donné la variance mineure entre MPXV-CB et MPXV-WA, l’équipe n’a pas prévu que cela pourrait avoir un impact significatif sur l’échelle de temps évolutive projetée de MPXV, ce qui la rend compatible avec les paramètres climatiques importants tels que présentés par Nakazawa et al. Au lieu de cela, ils pensent que la séparation géographique des deux clades s’est produite plus récemment ou que des facteurs évolutifs alternatifs étaient à l’œuvre.

conclusion

Dans l’ensemble, la présente recherche implique qu’en plus des écureuils (familles Nésomyidés et muridés) et musaraignes (ordre Eulipotyphla), plusieurs autres rongeurs pourraient être d’éventuels réservoirs viraux du monkeypox. En outre, les résultats s’ajoutent au peu de preuves que Funisciurus les écureuils pourraient être des réservoirs clés du MPXV.

Pour conclure, la présente étude améliore la compréhension de l’écologie du MPXV en démontrant la prévalence de l’ADN du MPXV chez de nombreux rongeurs et musaraignes résidant dans les forêts. Cette découverte nécessite une surveillance accrue dans un éventail plus large de mammifères africains pour en savoir plus sur la distribution et la gamme d’hôtes du MPXV et analyser si diverses cohortes d’animaux possèdent différentes souches de MPXV à virulence variable.

*Avis important

Research Square publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.