Les mutations les plus sévères du coronavirus du syndrome respiratoire aigu (SARS-CoV-2) ne causent que des dommages légers. Cependant, un petit pourcentage de mutations peut augmenter la virulence virale et favoriser les interactions hôte-virus qui sont essentielles à l’entrée et à l’infection virales. Par exemple, les mutations de la protéine de pointe SARS-CoV-2 peuvent affecter de manière significative le comportement viral, car la protéine de pointe médie l’attachement viral aux récepteurs de surface de la cellule hôte.
Il est crucial de surveiller et de réduire la circulation du virus pour empêcher l’émergence de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 qui pourraient ne pas être sensibles aux vaccins et médicaments actuellement disponibles. Malgré les efforts généralisés déployés par de nombreux pays à travers le monde, les campagnes de vaccination de masse n’ont pas atteint la couverture démographique requise pour empêcher la transmission du SRAS-CoV-2.
Étude : À combien de variantes pertinentes du SRAS-CoV-2 pouvons-nous nous attendre à l’avenir ? Crédit d’image : Naeblys/Shutterstock.com
Sommaire
Classification des variantes du SRAS-CoV-2
Afin de contrôler efficacement la pandémie, il est impératif d’étudier l’émergence et la propagation des variantes et leur impact sur la transmission de la maladie et la santé humaine. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a classé les variantes du SRAS-CoV-2 présentant un risque possible pour la santé publique en trois catégories distinctes, notamment les variantes sous surveillance (VUM), les variantes d’intérêt (VOI) et les variantes préoccupantes (VOC).
Les VUM sont des variantes avec des mutations génétiques qui modifient les caractéristiques virales, bien que l’impact phénotypique ou épidémiologique de ces mutations ne soit pas clair. Les VOI présentent des mutations qui peuvent affecter l’infectiosité, l’évolution de la maladie et l’échappement diagnostique ou thérapeutique, ce qui pourrait entraîner une transmission communautaire et un risque pour la santé publique mondiale. Les COV sont associés à une transmissibilité, une virulence ou une gravité de la maladie accrues, ainsi qu’à la capacité de diminuer l’efficacité des interventions, des diagnostics, des thérapies et des vaccins.
Ces variantes peuvent nécessiter une reclassification au fil du temps, car le virus subit une évolution continue. La quantification du nombre de variants pouvant présenter un risque potentiel pour la santé publique est cruciale pour la planification future de la lutte contre les épidémies virales.
À propos de l’étude
Dans une étude récente publiée sur le serveur de préimpression medRxiv*, les chercheurs ajustent les données sur les variantes du SRAS-CoV-2 les plus pertinentes selon l’OMS en exploitant une fonction qui dépend exclusivement du nombre mondial de cas infectés depuis le début de la pandémie. Leur ajustement permet une estimation assez précise du nombre de variantes pertinentes du SRAS-CoV-2 qui peuvent émerger pour un nombre particulier d’individus infectés dans le monde. Cette nouvelle approche peut également prédire le nombre de nouvelles variantes pertinentes pour dix millions de cas dans n’importe quelle situation épidémiologique.
L’équipe a recueilli des informations sur les variantes du SRAS-CoV-2, y compris les caractéristiques des variantes signalées par l’OMS, l’affectation phylogénétique de l’épidémie mondiale nommée (PANGO) et la classification de l’OMS, la pertinence actuelle (VOC, VOI ou VUM), la date et le pays de la première détection , le nombre total de cas globaux à la fin du mois de détection, et un nombre cumulé de variantes. PANGO est un système de nomenclature utilisé pour nommer et suivre les lignées génétiques du SRAS-CoV-2. L’ajustement numérique de ces données de l’OMS a été obtenu en utilisant la fonction v(N) = k X Nlog N, où k est la constante de l’ajustement numérique et est égal à 3,35 x 10-6.
« Notre méthode dépend de manière critique de l’efficacité de l’OMS dans le suivi des variantes du SRAS-CoV-2 les plus pertinentes. »
Résultats de l’étude
Les résultats de l’étude ont montré que le nombre de variantes pertinentes du SRAS-CoV-2, jusqu’en novembre 2021, s’élevait à près de 44. Comparativement, le nombre de nouvelles variantes pertinentes pour dix millions de cas était de 1,64 en novembre 2021, ce qui représentait une réduction de 28,4 % contre 2,29 signalés en mars 2020.
Nombre cumulé de variantes pertinentes du SRAS-CoV-2 par rapport au nombre cumulé de cas dans le monde. Les points de 1 à 10 indiquent les données rapportées par l’OMS [1, 2] de mars 2020 à mai 2021 ; la ligne continue représente l’ajustement numérique ?? = k · N/Journal N obtenu avec Wolfram Mathematica.
Jusqu’en novembre 2021, le nombre cumulé de cas mondiaux de COVID-19 était d’environ 252 millions, ce qui correspond à 43,7 variantes pertinentes. Cela reflète près de 19 variantes de plus que ce qui a été signalé par l’OMS en mai 2021.
Conclusion
Les observations de cette étude ont révélé que le nombre de nouvelles variantes pertinentes pour dix millions de cas diminuait très lentement avec une augmentation du nombre cumulé de cas. Ainsi, tant que le virus restera en circulation, de nouvelles variantes pertinentes du SRAS-CoV-2 continueront d’émerger.
Les auteurs ont construit un modèle mathématique pour calculer le nombre de variantes pertinentes du SRAS-CoV-2 en utilisant le nombre mondial cumulé de cas infectés. Ce modèle se concentrait uniquement sur la relation entre le nombre de réplications du virus et l’émergence de variants pertinents et ignorait tous les autres facteurs impliqués dans la diffusion de nouveaux variants.
La capacité de prédire le nombre de nouvelles variantes pertinentes possibles du SRAS-CoV-2 est très cruciale à l’avenir pour une planification optimale des campagnes de vaccination, car de nouvelles variantes peuvent modifier les caractéristiques virales et affecter considérablement la gestion globale de la pandémie.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
