La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) est devenue l’une des maladies les plus préoccupantes au monde depuis son épidémie initiale. Il est très important que la surveillance des nouvelles variantes du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) soit en cours, car les mutations pourraient modifier les propriétés biologiques virales. Les altérations du génome viral pourraient altérer l’efficacité de la neutralisation résultant de l’immunité acquise naturellement, et il peut y avoir des différences dans la présentation clinique de la maladie.
Étude : Le paysage évolutif de la variante B.1.1.519 du SRAS-CoV-2 et son impact clinique à Mexico. Crédit d’image : Eve Orea/Shutterstock
La variante SARS-CoV-2 BII519 était responsable de 90% des cas détectés en février 2021 à Mexico. Cette variante est caractérisée par trois changements d’acides aminés dans la protéine de pointe (P681H, T478K et T732A).
La présente étude rapporte le nombre de reproduction effectif de B.1.1.519 et présente son origine géographique sur la base d’une analyse phylogénétique. Cette évolution des variantes a également été étudiée grâce à l’analyse des haplotypes, et les haplotypes les plus récents ont été identifiés. Enfin, les auteurs ont examiné l’impact clinique des patients infectés par le variant B.1.1.519 par rapport aux individus infectés par le SRAS-CoV-2 non-B.1.1.519.
Une version préimprimée de l’étude est disponible sur le site medRxiv* serveur pendant que l’article est soumis à une évaluation par les pairs.
Sommaire
Identification des variantes à Mexico
Le premier patient infecté par la variante B.1.1.519 à Mexico a été identifié le 3 novembre 2020, seul le deuxième cas enregistré dans le monde. À Mexico, la fréquence des variantes est passée de 16 % à 90 % en février 2021, mais a diminué à 51 % en mai 2021.
Parmi les séquences générées à partir des infections au SRAS-CoV-2, la variante B.1.1.519 représentait 74,3% de novembre 2020 à mai 2021 à Mexico. Le variant B.1.1.519 a été détecté dans 31 pays, représentant 55 % des cas au Mexique. La variante B.1.1.519 est regroupée dans un clade indépendant dérivé de la classification du clade 20B NextClade selon l’analyse phylogénétique. Le variant B.1.1.519 est caractérisé par neuf mutations, dont quatre sont des substitutions ORF1 et trois substitutions de pointe.
Numéro de reproduction
Pour déterminer la transmissibilité du variant B.1.1.519, les auteurs ont étudié le nombre effectif de reproduction (Rt), défini comme le nombre moyen de cas secondaires par cas primaire à un moment donné de l’année. Il a été observé une forte augmentation du Rt pour la variante B.1.1.519, jusqu’à une valeur de 2,9 au cours de la deuxième semaine de décembre 2020, ce qui correspondait à l’augmentation de la détection. Cependant, la valeur Rt a commencé à se stabiliser dans les mois suivants, entre 0,5 et 1.
La variante B.1.1.519 était la deuxième plus fréquemment détectée à Mexico. La valeur Rt pour la variante B.1.1.519 a fortement fluctué au cours des mois suivant décembre, ce qui peut avoir été influencé par le petit nombre de cas associés à cette variante. Cette forte fluctuation diffère des autres variantes détectées dans cette région car d’autres variantes se sont stabilisées ou ont disparu au fil de l’année.
Résultats génomiques
La phylogénie maximale a été calculée, qui comprenait tous les génomes d’intérêt du SRAS-CoV-2 pour examiner l’origine géographique de la variante B.1.1.519 et sa relation évolutive avec la variante B.1.1.222. L’arbre phylogénétique contient trois groupes définis. Deux seulement correspondent aux variantes B.1.1.519 et B.1.1.222, avec une séparation nette et un cluster mixte, affichant une séparation indéfinie entre les lignées. Cela démontre que l’évolution de cette lignée de variantes du SRAS-CoV-2 reste incertaine, bien que le groupe mixte formé par les séquences de variantes B.1.1.519 soit le plus étroitement lié aux séquences de variantes B.1.1.222.
Figure 4. Réseau d’haplotypes de séquences B.1.1.519. Les couleurs des nœuds représentent le mois d’apparition (rose : novembre ou décembre, jaune : janvier, février ou mars ; vert : avril ou mai). La taille des nœuds est proportionnelle au nombre d’échantillons pour cet haplotype spécifique, et la largeur de la bordure est proportionnelle à la prévalence de l’haplotype. Les nombres correspondent au nombre d’échantillons pour cet haplotype spécifique. Le nœud bordé de bleu indique l’haplotype avec la date d’apparition la plus ancienne pour la lignée B.1.1.519.
Association clinique
Les auteurs ont étudié l’impact clinique du variant B.1.1.519 en analysant les associations entre le variant et le nombre de traits cliniques. Les seules séquences considérées pour les analyses étaient celles avec des ensembles complets de données cliniques (N=600). L’évaluation des données a révélé que les patients infectés par le variant B.1.1.519 présentaient une augmentation significative de la probabilité de développer des symptômes affectant les voies respiratoires par rapport aux variants non-B.1.1.519.
Les modèles de régression logistique ajustés pour le seuil du cycle viral, le nombre de comorbidités, l’âge et le sexe ont révélé que la variante B.1.1.519 était associée à une augmentation de 1,786 fois de l’essoufflement, une augmentation de 1,489 fois de la douleur thoracique et une augmentation de 3,655 multiplié par la cyanose. De plus, la variante B.1.1.519 était associée à une fraction plus élevée de patients développant une maladie grave ou décédant.
Figure 5. Gravité de la maladie dans tous les groupes d’âge des patients et par présence d’infections B.1.1.519 ou non B.1.1.519 SARS-CoV-2. La figure montre les nombres absolus (en haut) et les proportions de patients (en bas).
Implications
Les auteurs ont observé que la variante B.1.1.519 SAR-CoV-2 était significativement associée à l’hospitalisation, à une maladie grave et à la mort. Les patients infectés par la variante B.1.1.519 semblaient également présenter une prévalence plus élevée de symptômes tels que l’essoufflement, les douleurs thoraciques et la cyanose.
Les résultats les plus graves associés à la variante B.1.1.519 sont similaires à ceux présentés avec la variante delta. Des recherches récentes ont montré que les infections par la variante delta exposent les patients à un risque plus élevé de maladie grave entraînant une hospitalisation.
Une surveillance génomique soutenue est importante pour identifier les nouvelles variantes émergentes. Toute association clinique significative pourrait être d’une grande importance pour tenter de contenir la pandémie.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
