L’Inde a connu une deuxième vague incroyablement importante de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) en 2021. En plus de la propagation du virus dans l’arrière-pays, largement non desservi par les grands hôpitaux dotés d’installations de soins intensifs, le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS -CoV-2) semble avoir acquis de nouvelles caractéristiques qui ont largement contribué à sa propagation rapide et dévastatrice à travers le pays.
Un rapport détaillé, disponible sur le serveur de préimpression medRxiv*, décrit les différentes facettes de la deuxième vague qui la distinguent de la première. Le rapport contient également les résultats d’un modèle SIR étendu qui a exploré les effets potentiels de l’intervention à divers moments de la deuxième vague.
Nous soutenons qu’une surveillance génomique améliorée ainsi qu’une évaluation constante du risque associé à une transmission accrue sont essentielles pour la réactivité à une pandémie, écrivent les auteurs du rapport.
Sommaire
Histoire de la deuxième vague
Peu de temps après la première détection du virus en Inde, dans les deux semaines qui ont suivi la déclaration officielle de COVID-19 comme pandémie par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), un verrouillage national a été déclaré qui a duré plus de deux mois. À ce stade, il y avait un peu plus de 500 cas dans l’ensemble du pays, avec une population de plus de 1,3 milliard d’habitants.
Après le 1er juin 2020, un assouplissement progressif du verrouillage a été mis en œuvre, mais avec de grandes variations locales d’un État à l’autre. Cependant, le nombre de cas a continué d’augmenter jusqu’au pic du 16 septembre, mais le temps de doublement a considérablement diminué, tout comme le taux de létalité.
Une fois le pic dépassé, l’incidence des cas est tombée à moins de 10 000 nouveaux cas par jour en février 2021. Cependant, de nombreuses études de séroprévalence indiquent qu’il s’agit d’une sous-estimation massive de l’ordre de 6% du total des cas.
À cette époque, des rassemblements politiques, des foules électorales, des fêtes religieuses et certains événements sociaux ont eu lieu, reflétant l’humeur enthousiaste des hauts responsables qui ont affirmé que la pandémie était dans sa «fin de partie». Alors que les vaccins Oxford-AstraZeneca et indigène Covaxin étaient soumis à des essais cliniques, des directives opérationnelles étaient en cours de discussion pour mettre en œuvre la vaccination à l’échelle nationale.
Les travailleurs de la santé étant le premier groupe à recevoir le vaccin, la campagne a été interrompue le 16 janvier. Pourtant, le rythme était lent, couvrant moins de 1 % du pays au cours du mois suivant (remarque : cela signifie environ 8,7 millions de doses ), et d’ici le 1er avril 2021, plus de 5 % de la population, avec une seule dose.
En février 2021, cependant, le Maharashtra, le Chattisgarh et le Pendjab ont noté une forte augmentation des cas, et le nombre de reproduction pour l’ensemble du pays est passé au-dessus de 1, indiquant une pandémie naissante le quatorze du même mois. Aucun verrouillage au niveau national n’a été imposé avant le 14 avril.
À cette époque, l’Inde avait subi une épreuve du feu, avec des pénuries aiguës d’oxygène, aucun lit d’hôpital et des décès dépassant la capacité du système à se débarrasser décemment des cadavres. Bien que le bilan officiel soit assez horrible, de nombreuses sources suggèrent qu’il s’agit d’un sous-dénombrement flagrant et que les chiffres réels pourraient ne jamais être connus.
Plusieurs variantes en circulation
Dans le même temps, l’émergence de multiples variantes est devenue évidente, tout comme dans le monde au cours de l’hiver 2020. L’Indian SARS-CoV-2 Genome Sequencing Consortia (INSACOG) a été créé en décembre 2020, bien que ses efforts initiaux aient été entravés. par manque de réactifs et de matériel.
Cependant, le séquençage précoce reflétait la présence de variantes mondiales préoccupantes, à savoir B.1.1.7, B.1.351 et P.1 (les COV alpha, bêta et gamma, respectivement). Entre décembre 2020 et février 2021, les variantes delta et kappa (B.1.617.2 et B.1.617.1, respectivement) comprenaient 60% des séquences du Maharashtra, la première étant étiquetée COV par l’OMS en Inde .
D’autres variantes importantes incluent la lignée B.1.36, représentant 44% des cas à Bengaluru, le centre des technologies de l’information au Karnataka. La variante alpha représentait 80% des cas du Pendjab, tandis que B.1.618 est en train de se manifester dans le Bengale occidental.
Augmentation du nombre de cas et de décès lors de la deuxième vague
Le ratio des taux de cas quotidiens standardisés dans chaque État et territoire de l’Union en Inde montre une valeur supérieure à 1 et une valeur médiane de 3,8, indiquant que la vague 2 a frappé le pays beaucoup plus durement que la vague 1. Les ratios les plus élevés se trouvaient dans l’Uttarakhand et l’Himachal Pradesh. , suivi du Pendjab et du Gujarat.
En ce qui concerne le ratio des taux de mortalité standardisés, la même tendance prévaut, avec seulement deux États signalant un ratio inférieur à 1, tandis que les taux de mortalité étaient significativement plus élevés lors de la deuxième vague pour toutes les autres régions – le ratio médian étant de 3,2. Cependant, les États les plus touchés ont un ratio de 6,6 à 8,4.
La distribution maximale des cas a également varié dans la première vague de celle observée dans la deuxième vague. Dans le premier, le pic le plus ancien a eu lieu vers la fin juillet 2020, pour l’État méridional du Tamil Nadu, tandis que l’Himachal Pradesh a enregistré le dernier, le 29 novembre.
Pour la vague 2, le territoire himalayen du Ladakh a enregistré son pic le 17 avril 2021, tandis que le Mizoram a culminé le 30 mai. La majorité des États ont eu beaucoup plus de cas et de décès dans la deuxième vague, tandis que le pic de décès de la vague 2 était quatre fois supérieur de la première vague.
Variante delta mortelle
Vers le début de la deuxième vague, de nombreux COV se sont avérés avoir été introduits dans le pays. Le variant delta est devenu la souche dominante, représentant plus de 99% de tous les génomes séquencés à la fin avril 2021. Il est associé à une résistance à la neutralisation médiée par des anticorps, similaire au variant bêta B.1.351.
La variante delta est également susceptible d’être plus transmissible que la variante alpha B.1.1.7. Au Maharashtra, où le nombre de cas a été le plus élevé et où une abondance de données est disponible, ce COV est passé de 1,5% du total à 87% de février à mai 2021.
À l’aide d’un modèle à deux souches, les chercheurs ont combiné les données de mortalité avec les données de distribution génomique téléchargées à partir de la base de données de l’Initiative mondiale pour le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID). Malgré la vaste échelle d’incertitude concernant le taux de mortalité par infection (IFR), le modèle suggère que si seulement 50% des décès sont supposés avoir été manqués, selon eux une hypothèse très prudente, et si l’IFR est supposé être de 0,25% , le nombre de décès dus à la variante delta est passé de 15 % à 83 % du 1er avril au 15 mai 2021.
Globalement, au cours de cette période, 55 % des décès ont été causés par ce COV. Les scientifiques ont conclu que la souche delta est beaucoup plus transmissible que toute autre lignée précédente. Par conséquent, cela soutient l’idée que la taille de la deuxième vague n’est pas seulement due à la diminution de l’immunité ou au relâchement des interventions non pharmaceutiques (NPI), mais au changement de la transmissibilité du virus et de la sensibilité aux anticorps neutralisants.
Le confinement aurait pu éviter des milliers de morts
les scientifiques suggèrent qu’un verrouillage précoce, vers le 15-30 mars 2021, aurait pu empêcher environ 92% des cas au cours du mois suivant. Cela aurait entraîné un pic entre 20 000 et 49 000 cas par jour plutôt que plus de 410 000, comme cela s’est réellement produit.
Un verrouillage ultérieur jusqu’au 15 avril aurait toujours induit une réduction, mais l’effet n’est pas certain, alors qu’après cela, la deuxième vague aurait culminé et serait déjà en déclin.
Cependant, les résultats montrent également que la capacité de soins est de la plus grande importance puisqu’elle détermine le taux de létalité. Avec un faible CFR, le moment et l’intensité du verrouillage sont beaucoup moins importants, avec des réductions systématiquement marquées des décès dus à un verrouillage. Autrement dit, un verrouillage du 15 mars réduirait les décès de 98,5%, mais un verrouillage du 15 avril réduirait toujours 92% des décès d’ici le 15 mai.
Quelles sont les implications ?
Malgré les limites évidentes de l’étude, telles que l’absence de données solides sur les cas et les décès, que ce soit en général ou par âge, et l’absence d’intégration du déploiement du vaccin.
De plus, le nombre de variantes circulantes en Inde est actuellement élevé et les chercheurs ont choisi d’utiliser les statistiques du Maharashtra, à la fois en raison de sa part majeure dans le nombre de cas et de mortalité, et de sa mise en œuvre du verrouillage en premier lieu. Ainsi, la transmission continue du virus renforce la théorie selon laquelle le virus delta est épidémiologiquement apte à se propager rapidement et largement, surmontant les barrières immunitaires préexistantes.
Néanmoins, la vaccination semble être le moyen le plus efficace de prévenir encore plus de cas et de décès. Ceci malgré le fait que, comme le soulignent les chercheurs, la variante B.1.617 réduit la neutralisation des anticorps de 50 % et 67 % chez les personnes ayant des antécédents d’infection naturelle et de vaccination, respectivement.
Étant donné que la vaccination de l’ensemble de la population prendra nécessairement un certain temps, et compte tenu des graves pénuries de vaccins actuelles dans le monde, les scientifiques concluent également que les interventions de santé publique non pharmaceutiques, appliqué dans les délais manière, continuera d’être la clé pour contenir le COVID-19 en Inde.
Pour résumer, si des mesures avaient eu lieu à n’importe quel moment en mars, il est plausible que plus de 90 % des cas et des décès observés entre le 1er mars et le 15 mai pourraient potentiellement être évités dans les scénarios d’intervention forte et modérée.. «
Une surveillance génomique et virale méticuleuse et à grande échelle sera d’autant plus nécessaire pour prévoir et préparer les futures vagues en construisant des infrastructures, en formant le personnel, et en collectant et utilisant correctement les données.
Il est nécessaire de donner la priorité au séquençage des réinfections, ainsi qu’aux infections à rupture vaccinale, pour comprendre l’efficacité des vaccins et les besoins de développement contre les variantes émergentes préoccupantes,», concluent les auteurs.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
