Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de prétirage, les chercheurs ont évalué la diversité génomique du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) dans les ménages.
Sommaire
Arrière plan
Les virus à acide ribonucléique (ARN) évoluent et accumulent généralement des mutations avec l’ampleur croissante d’une épidémie. Il en résulte une relation évolutive entre les cas séquencés qui contient des données essentielles sur les mécanismes qui font avancer l’épidémie. De même, des données séquentielles sur le SRAS-CoV-2 peuvent être utilisées pour déduire les liens de transmission entre les patients atteints de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) dans les hôpitaux et autres environnements similaires.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont utilisé le séquençage du génome entier (WGS) des populations de SRAS-CoV-2 pour déduire les liens de transmission au sein des ménages ayant au moins deux personnes infectées par le SRAS-CoV-2.
L’étude Coronavirus Household Evaluation and Respiratory Testing (C-HEaRT) a inclus des ménages de l’Utah et de New York entre août 2020 et février 2021 et les a surveillés pour les infections par le SRAS-CoV-2 de septembre 2020 à août 2021.
De plus, les communautés organisées pour la prévention des arbovirus (COPA) ont évalué l’épidémiologie du COVID-19, ce qui a conduit à la création de l’étude COCOVID qui a recruté des ménages de ponce, à Porto Rico.
Les ménages éligibles à l’étude C-HEaRT avaient plus d’un enfant âgé de zéro à 17 ans, tandis que les personnes éligibles résidaient dans le ménage pendant trois mois consécutifs ou plus et étaient disposées à répondre aux enquêtes de l’étude et à signaler les symptômes chaque semaine et à s’auto-collecter. prélèvements respiratoires.
Les participants devaient prélever eux-mêmes des échantillons nasaux du cornet moyen chaque semaine, quels que soient les symptômes de la maladie, et placer les écouvillons dans un milieu de transport viral. L’équipe a contacté les participants par e-mail ou SMS chaque semaine pour leur demander s’ils présentaient des symptômes de type COVID-19 (CLI) ou d’autres symptômes de maladie. De plus, les participants ont été invités à prélever eux-mêmes des écouvillons nasaux supplémentaires après l’apparition des symptômes de la CLI. L’étude a défini CLI comme un ou plusieurs des symptômes suivants : fièvre, toux, mal de gorge, essoufflement, diarrhée, frissons, douleurs musculaires ou altérations de l’odorat ou du goût. Des échantillons respiratoires ont été expédiés et analysés. Les échantillons positifs au COVID-19 du ménage échantillon qui ont été détectés dans les 14 jours les uns des autres ont été considérés comme épidémiologiquement liés.
Le séquençage génomique du SRAS-CoV-2 a été effectué sur tous les échantillons avec un seuil de cycle de transcription inverse-réaction en chaîne par polymérase (RT-PCR) de 30 ou moins sur les cibles de la protéine 1 ou 2 de la nucléocapside du SRAS-CoV-2. L’ARN a été extrait des échantillons d’écouvillon collectés et transcrits avant l’amplification de l’acide désoxyribonucléique complémentaire (ADNc) du SRAS-CoV-2.
Résultats
Les études C-HEaRT et COCOVID ont activement surveillé les participants pour les infections à COVID-19 et les symptômes de CLI dans 706 ménages abritant 2 369 participants. Au cours de la période d’étude, l’incidence cumulée de COVID-19 était de 11 % dans l’Utah, de 7 % à New York et de 5 % à Porto Rico.
Parmi les 706 ménages, 56 comprenaient deux participants ou moins dont le test COVID-19 était positif sur une période de 14 jours, ce qui indiquait une transmission au sein du ménage. De plus, 26 des ménages ont affiché une haute qualité de données séquentielles sur deux ou plusieurs des cas contemporains. Notamment, les clades et lignées de SARS-CoV-2 détectés étaient les mêmes parmi les individus résidant dans le même ménage et reflétaient les virus qui étaient prédominants aux États-Unis au cours des périodes correspondantes.
Près de 15 des 26 ménages étudiés avaient des séquences consensus indiscernables regroupées sur leurs arbres phylogénétiques correspondants. Étant donné que ces cas étaient épidémiologiquement liés, ils pourraient être considérés comme des événements de transmission à séquence confirmée. L’équipe a également trouvé plusieurs structures arborescentes avec un groupement monophylétique avec des séquences indiscernables et contemporaines dérivées de membres non domestiques de la même localité. Deux des ménages de New York ont présenté plusieurs de ces séquences lorsque la variante SARS-CoV-2 B.1.526 (Iota) était répandue aux États-Unis. Cela indiquait que même des niveaux d’échantillonnage modestes montraient des séquences virales indiscernables d’individus infectés résidant dans la même zone avec une absence présumée de tout lien épidémiologique.
Onze ménages ont affiché des séquences virales consensuelles d’un ou plusieurs membres du ménage qui ne différaient que d’une à deux positions. De plus, les arbres correspondant à tous les cas de ces ménages avaient des relations ancêtre/descendant et/ou des liens pour les séquences virales.
Certaines des lignées des ménages étaient également phylogénétiquement différentes des séquences locales contemporaines. Ces structures arborescentes indiquaient des liaisons de transmission ; cependant, le faible nombre d’échantillons de cas soulève des doutes quant à tout lien manqué entre les membres du ménage et la communauté dans son ensemble.
Conclusion
Les résultats de l’étude ont souligné que l’intégration des données épidémiologiques et séquentielles du SRAS-CoV-2 pourrait s’avérer un outil puissant pour étudier la transmission du COVID-19. Les chercheurs pensent que les futures études sur la transmission virale dans les hôpitaux, les ménages et les lieux de rassemblement similaires pourraient utiliser des méthodes bayésiennes qui intègrent des informations épidémiologiques et séquentielles pour une inférence améliorée.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
