Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont déterminé la prévalence des variantes circulantes du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) et la fréquence de cooccurrence de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) et du paludisme au Burkina Faso, en Afrique de l’Ouest.
Sommaire
Arrière plan
La transmission du SRAS-CoV-2 en Afrique a été signalée comme ayant une incidence plus faible, comprenant principalement des cas asymptomatiques, et des taux de mortalité associés plus faibles par rapport aux pays développés. Une plus grande proportion de jeunes et une variabilité socioécologique (c’est-à-dire une faible population, un temps chaud et des réponses immunitaires entraînées contre les troubles infectieux) et l’application rapide de mesures sanitaires telles que les fermetures gouvernementales peuvent expliquer la plus faible incidence.
Des études ont documenté que la pandémie de COVID-19 a eu un impact plus important sur certains pays (comme la Tunisie, le Maroc et l’Afrique du Sud), ce qui indique une propagation du SRAS-CoV-2 spécifique à la région ; cependant, les résultats pourraient être dus à des niveaux faibles et disproportionnés de tests de diagnostic et de mesures de surveillance.
De plus, le paludisme est endémique en Afrique, dont les cas ont augmenté au cours de la première vague de COVID-19, ce qui peut être dû à des perturbations dans les campagnes de lutte contre le paludisme et aux capacités de diagnostic et de test au cours de la première vague pandémique.
À propos de l’étude
Dans la présente étude basée sur la population, les chercheurs ont évalué la fréquence des co-infections au COVID-19 et au paludisme dans la nation du Burkina Faso en Afrique de l’Ouest.
L’étude a été menée sur 998 volontaires asymptomatiques résidant dans différentes régions rurales ou urbaines dans 11 villages des régions du sud du Burkina Faso entre le 22 août et le 19 novembre 2020. Des échantillons de sang ont été prélevés sur les participants et soumis à un examen microscopique pour le parasite du paludisme, Plasmodium falciparum détection (aux stades asexué et gamétocyte) et tests de diagnostic rapide pour la détection du SRAS-CoV-2 basés sur la présence d’anticorps sériques d’immunoglobuline G (IgG), A et M contre la protéine de la nucléocapside (N) du SRAS-CoV-2.
La séroprévalence du SARS-CoV-2 a été estimée comme la fraction de participants avec des anticorps anti-SARS-CoV-2 N. En outre, des échantillons d’écouvillonnage nasopharyngé ont été obtenus des participants à l’étude pour une analyse quantitative de la réaction en chaîne par polymérase inverse (RT-qPCR), et les valeurs de seuil de cycle (Ct) ont été obtenues. En outre, l’acide ribonucléique (ARN) du SRAS-CoV-2 a été extrait d’échantillons d’individus séropositifs avec des valeurs Ct ≤ 35 (n = 19) et soumis à une analyse de séquençage du génome entier (WGS), après quoi des bibliothèques de génomes ont été construites.
Les séquences ont également été analysées via des analyses génomiques et phylogénétiques comparatives, et la classification PANGOLIN (affectation phylogénétique des lignées d’épidémies mondiales nommées) a été utilisée pour identifier les lignées et les clades du SRAS-CoV-2. Les données démographiques et cliniques obtenues auprès des participants comprenaient le sexe, la température corporelle et l’âge.
Résultats
La plupart des participants (55 %, n = 549) étaient des femmes, et les individus ont été stratifiés selon l’âge dans les groupes d’âge suivants : cinq ans à 12 ans, 13 ans à 20 ans, 21 ans à 40 ans et plus de 40 ans. L’analyse a montré une séroprévalence du SRAS-CoV-2 de 3,2 % (n = 32), une positivité de la RT-qPCR du SRAS-CoV-2 de 2,5 % et une incidence du paludisme de 22 % (n = 219), la plupart des cas de co-infection étant détectés chez les enfants âgés <12 ans (42 %) sans différences significatives fondées sur le sexe.
La séropositivité au SRAS-CoV-2 la plus élevée (cinq pour cent) a été signalée pour la ville de Bobo-Dioulasso dans les régions urbaines d’Afrique de l’Ouest et était significativement plus élevée chez les personnes âgées de plus de 40 ans (sept pour cent), suivies de celles âgées de 13 à 20 ans (trois pour cent), de cinq ans à 12 ans (deux pour cent) et de 21 ans à 40 ans (un pour cent). Des taux d’incidence d’infection par le SRAS-CoV-2 significativement plus élevés (six pour cent) ont été observés en novembre 2020 ; cependant, aucune différence significative basée sur le sexe n’a été observée dans la séroprévalence du SRAS-CoV-2 et la positivité de la PCR.
L’analyse WGS a mis en évidence 13 souches de SRAS-CoV-2 circulant au Burkina Faso au cours de la période d’étude, attribuées aux lignées A.19, A.21, B.1, B.1.1.118 et B.1.1.404 regroupées en les clades 19B, 20A et 20B. Les lignées en circulation trouvées au Burkina Faso lors de la première vague de la pandémie étaient les premiers clades dérivés de la souche Wuhan. La plupart des lignées signalées ont déjà été décrites au Burkina Faso ou dans les pays voisins. Cependant, nous avons également identifié deux lignées moins fréquentes (B.1.1.118 et B.1) qui ont probablement été importées au Burkina-Faso depuis les USA ou l’Europe.
Parmi les échantillons séropositifs pour le SRAS-CoV-2/positifs pour la RT-qPCR (n = 7), aucun n’a montré de co-infection palustre, alors que le paludisme et le COVID-19 se sont produits simultanément dans deux (sur 17) séronégatifs/RT-qPCR- spécimens positifs. Sur les autres individus séropositifs/RT-qPCR négatifs (n = 25), huit présentaient une co-infection palustre. Par conséquent, deux et huit cas de co-infections confirmées et suspectées ont été détectés, respectivement, dont huit étaient âgés de moins de 14 ans et deux étaient âgés de plus de 40 ans. Seul un (sur deux) échantillons co-infectés positifs à la RT-qPCR a été séquencé et a reçu la lignée A.21.
La plupart des tranches d’âge les plus touchées par les deux maladies ne présentaient pas de chevauchement ; cependant, dix cas de co-infection ont été observés chez les jeunes. Les tests sérologiques ont mesuré les titres d’anticorps totaux (IgG, A et M) contre le SRAS-CoV-2, ce qui rend difficile la distinction entre les cas d’infection antérieurs séropositifs et les infections actuelles par le SRAS-CoV-2 et, par conséquent, si les données dénotaient un nouveau une infection ou une co-infection ne peut pas être clairement définie.
Semblable aux tendances temporelles observées du COVID-19, les cas de paludisme ont augmenté de manière significative, passant de 5 % au début de l’étude à 29 % à la fin de la période d’étude, ce qui indique un impact potentiel sur le contrôle de l’infection palustre en raison de la pandémie de COVID-19.
Conclusion
Les résultats de l’étude ont montré une faible fréquence de co-infections au COVID-19 et au paludisme (1%) au Burkina Faso. Les auteurs pensent que la présente étude est la première du genre et fournit des données pour estimer la véritable prévalence et les variantes circulantes des infections par le SRAS-CoV-2 en Afrique subsaharienne.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
